Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
759,664 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 759,664 | 0 | A | T | 100.0%
| 565.6
/ NA
| 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (126/113); total (126/113) |
| * | CP042583 | 759,665 | 0 | G | C | 100.0%
| 560.3
/ NA
| 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (126/113); total (126/113) |
| * | CP042583 | 759,666 | 0 | C | G | 100.0%
| 564.2
/ NA
| 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (126/113); total (126/113) |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
CGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTAGCACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGAGCTGGACCAGCTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATAGCCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGAAGCATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCAGCGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGT > CP042583/759389‑759940
|||
cGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAag < 2:730438/288‑1 (MQ=255)
gggCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAagcag < 2:1276137/288‑1 (MQ=255)
gcACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGAtct < 1:298875/288‑1 (MQ=255)
gcACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGAtct < 2:1270145/288‑1 (MQ=255)
tAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGc > 1:1825733/1‑288 (MQ=255)
tAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGc > 2:1659752/1‑288 (MQ=255)
gccttcgaCCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGa > 1:649839/8‑289 (MQ=255)
cttcgaCCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTGGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGCAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGAcc > 1:99610/6‑289 (MQ=255)
cctcgaCCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTTTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGAc < 2:947125/283‑1 (MQ=255)
cgaCCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGAtct < 2:1390997/272‑1 (MQ=255)
cgaCCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGAcc > 1:931724/3‑286 (MQ=255)
ccGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGaaa < 1:557726/289‑1 (MQ=255)
ccGTAAATTTTTATTACTCCTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACGTCGTTTCTGGTCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTTGTCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGAGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGaaa < 2:1035398/289‑1 (MQ=255)
gTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGTAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCTCGACCGCTGcaaag > 2:1090834/1‑288 (MQ=255)
gTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAAc < 2:222126/289‑1 (MQ=255)
atatTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGtt < 1:1684030/289‑1 (MQ=255)
atTTTATTACTACTGGTGATCGTGGCGTCGTGGTCCTCGTTTCTGATCCGCGTTTGTGCCTGGATGGTGATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATGCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCt < 2:1676763/289‑1 (MQ=255)
ttaCTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCttt > 1:1947329/1‑285 (MQ=255)
actGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATc > 1:1296939/1‑289 (MQ=255)
actGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCGGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATc > 2:122932/1‑289 (MQ=255)
tGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGcc > 1:738659/1‑289 (MQ=255)
tCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCt < 1:1090834/289‑1 (MQ=255)
ccTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGTAAACGTTTTTTACTGTGATTGTGCCTCTg > 2:278457/1‑289 (MQ=255)
cctcgtttCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTgg < 1:676673/220‑1 (MQ=255)
cgtttCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAAc > 1:1414469/3‑247 (MQ=255)
cgtttCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGattat > 1:249441/3‑289 (MQ=255)
tGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCgg < 1:1332939/289‑1 (MQ=255)
cgcgTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGatcga > 1:918577/1‑285 (MQ=255)
cgTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGAt > 1:305432/1‑211 (MQ=255)
cgTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGatcgatg > 1:1270646/1‑283 (MQ=255)
ggATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTa > 1:354317/1‑288 (MQ=255)
aTGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACTGCTGAAAACGTTCTTTACTGTCATCGTGCCGCTGACTAAAGGGTGGTTTATTGCCGGATCGATGCTGGTTTTTATc > 2:671080/1‑288 (MQ=255)
gAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCg > 1:1124267/1‑287 (MQ=255)
gAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCg > 1:1437606/1‑287 (MQ=255)
aaTATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCg > 1:15978/1‑286 (MQ=255)
atTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGtt > 2:789599/1‑216 (MQ=255)
atTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGtt < 1:789599/216‑1 (MQ=255)
ttAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGat < 1:1361988/262‑2 (MQ=255)
ttAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGat > 2:1361988/1‑261 (MQ=255)
aacGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTtg > 2:551187/1‑289 (MQ=255)
acGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTTACTAAAGGTGGGATTATTTCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTTGGCTGGTTtgg > 2:928838/1‑288 (MQ=255)
acGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTtgt < 1:257059/289‑1 (MQ=255)
cGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGTTTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGatcgatgct > 1:519726/1‑250 (MQ=255)
ttgCTGAATAATTTTCTGCTTTTGCTGGGGGTTATCGTTCAACCGCTGACCATCCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATcc < 2:677451/288‑1 (MQ=255)
tgCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGat < 1:1617518/246‑2 (MQ=255)
tttCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCg < 2:443100/289‑1 (MQ=255)
tgctgTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGatcgatgct > 2:894620/1‑230 (MQ=255)
gctgTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGc < 1:459161/289‑1 (MQ=255)
acggggCTGGGGGTTATCGATCAACGGCTGACCGTTTTGCATAGCAGTTTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGAGCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGc < 2:1760774/284‑1 (MQ=255)
tgGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAACGGTGGGCTTATTTCCGGATCGATGCTGGGGTTTATCCCTGCTGTGGGCGAGTTTGGGAACCCGGAACTTCTCGGTGGCCCgg > 2:129181/1‑289 (MQ=255)
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|||
CGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTAGCACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGAGCTGGACCAGCTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATAGCCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGAAGCATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCAGCGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGT > CP042583/759389‑759940
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
