Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
785,011 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 785,011 | 0 | A | T | 99.1%
| 512.4
/ NA
| 219 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (112/104); minor base C (2/0); total (115/104) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 785,012 | 0 | G | C | 99.5%
| 513.3
/ NA
| 219 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (114/104); minor base A (1/0); total (115/104) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
| * | CP042583 | 785,013 | 0 | T | A | 98.6%
| 507.4
/ NA
| 219 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (113/103); minor base C (2/1); total (115/104) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
CGGAAAGAAGGATTTCTTTACCTGGAACATGGACGGCGTCTTGAAAACTGTTGAAAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTAGCCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGAGTGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGAGTCTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTAGTCCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCAGCACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAGCCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATGAGACAGAAGAGTTATGCGACTGCCGCTTCTACTTCGACGGG > CP042583/784731‑785289
|||
cGGAAAGAAGGATTTCTTTACCTGGAACATGGACGGCGTCTTGAAAACTGTTGAAAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTa < 1:334339/289‑1 (MQ=255)
agGATTTCTTTACCTGGAACATGGACGGCGTCTTGAAAACTGTTGAAAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCtt < 1:1129761/288‑1 (MQ=255)
aTTTCTTTACCTGGAACATGGACGGCGTCTTGAAAACTGTTGAAAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCa < 2:1392167/288‑1 (MQ=255)
tACCTGGAACATGGACGGCGTCTTGAAAACTGTTGAAAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAg < 1:1189556/289‑1 (MQ=255)
gAACATGGACGGCGTCTTGAAAACTGTTGAAAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCttt > 2:904967/1‑287 (MQ=255)
aaCATGGACGGCGTCTTGAAAACTGTTGAAAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCt > 2:403772/1‑289 (MQ=255)
tGGACGGCGTCTTTAAAACTGTTGATAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCGGCCGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGCTCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTAcc < 2:832959/289‑1 (MQ=255)
tGGACGGCGTCTTGAAAACTGTTGAAAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTaa < 2:1039236/261‑1 (MQ=255)
ggACGGCGTCTTGAAAACTGTTGAAAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGCGTAATGAATATAATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCTCGTTGGGCGTAACATCGTCACTGTAAATTCCTTTCCCCTGCCACCTTTTCTTcccg > 2:1161128/1‑288 (MQ=255)
aCTGTTGAAAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGtt > 2:823094/1‑289 (MQ=255)
tGTTGAAAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGtttt > 1:723369/1‑289 (MQ=255)
aaaGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGtttttcacc < 1:904967/288‑6 (MQ=255)
cacaCGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGgcg < 1:403772/289‑1 (MQ=255)
cTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTtc > 2:290412/1‑289 (MQ=255)
tttCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGGATAACACTGTCCCTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCTGGCTGGGAGAGTGGGTTTTCTCCGTTGGCGCTGCTGCTGGCggtgctgt > 2:1839883/1‑282 (MQ=255)
tttCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTtc > 1:1041228/1‑286 (MQ=255)
tCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGAt < 2:736620/249‑1 (MQ=255)
cGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTgctcga < 1:878330/288‑5 (MQ=255)
tggtggCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGc > 2:1085973/1‑219 (MQ=255)
tggtggCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCACGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTgctcgacgg > 2:1456088/1‑281 (MQ=255)
ggtggCGGTGATTTCGCCGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGCGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAACCGATGCTTTCCAACCGTTCCCGCTCGAAGCCGTACTGGTCTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGCAATCACACCGTCACTGTTAATCGCGTTCACCTTGTCGCCTTCCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTCTCACCGTCGGCGCTGCCGCTCTCGTTTCTCTgctcgacgct > 2:531999/1‑280 (MQ=255)
ttaagggacagggtggtggGCGGTATTGGTGTAATGAAGATTAGGCTGGTGTCATTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAGGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGa < 2:22779/278‑1 (MQ=255)
tggtttcgctgggtgtggGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGGCCGAGCGGACGCGTGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGa < 2:1189/274‑1 (MQ=255)
tcgcTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTAt < 2:157292/286‑1 (MQ=255)
tggGCGGGTGTGGTGTAATGAATATTATGGTGGGGTCAGTGACCGGGCGGACGAGGGGAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGt < 2:1751689/288‑1 (MQ=255)
gTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGc > 1:1765743/1‑289 (MQ=255)
tATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGCGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTTACCGGGCTTTTATTTGGCCGGTTACCCGc > 2:1872342/1‑288 (MQ=255)
tATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGc > 1:327327/1‑288 (MQ=255)
tATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTGGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCCCCGTTGGCGCTCCTGTTGTCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGCTTTTTTTTGCTTGTTTTCCCGc > 2:292058/1‑288 (MQ=255)
tAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATg < 2:58035/288‑1 (MQ=255)
aTGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTaa > 2:22241/1‑160 (MQ=255)
aTGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGCGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCTACGTTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACTAAATGCg > 2:1478582/1‑288 (MQ=255)
aTGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGGTTTTTTTTGGCTGGTTACCCGCACGGAATGCgg > 2:433653/1‑289 (MQ=255)
aTGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGaaa < 1:1259165/284‑1 (MQ=255)
aTGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCg > 1:621412/1‑288 (MQ=255)
aTGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCg > 2:1953177/1‑288 (MQ=255)
tGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGc < 1:1730718/289‑1 (MQ=255)
tattatGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCTCCGGGATTTTATTTGGCTGGTTCACCGCTAGAATGGCGGCCCgc > 1:313742/1‑288 (MQ=255)
ttatGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGTCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACt < 1:1635430/289‑1 (MQ=255)
ttatGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACt < 1:507325/289‑1 (MQ=255)
tGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGa > 1:44313/1‑289 (MQ=255)
tGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGa > 2:718182/1‑289 (MQ=255)
tGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGa > 2:1974829/1‑289 (MQ=255)
tGCTGGTGTCAGGGACCAGGCGGACTCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCATGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGTGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGTAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGa < 2:1765743/289‑1 (MQ=255)
tggtgtcagtgACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCAc > 2:476688/9‑238 (MQ=255)
tggtgtcagtgACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGAc > 1:115335/9‑282 (MQ=255)
gtgtcagtgACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTACTTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTATCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAg > 2:234144/7‑289 (MQ=255)
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aaGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAGCCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATGAGAc > 1:1349282/1‑289 (MQ=255)
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ggAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAGCCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATGAGACAGAAGAGCTATGCGACTGCCGCTTCTACTTCGACg > 1:1719287/1‑289 (MQ=255)
aTAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTTCACCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCTCGACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAGCCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATGAGACAGAAGAGCTATGCGACTGCCGCTTCTACTTCGACggg < 2:1779117/288‑1 (MQ=255)
|||
CGGAAAGAAGGATTTCTTTACCTGGAACATGGACGGCGTCTTGAAAACTGTTGAAAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTAGCCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGAGTGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGAGTCTGTTAATTGCTTTCACCTTGCAGCTTTTCTTACCCGGCTGGGAGATTGGTTTTAGTCCGTTGGCGCTGCTGCTGGCGTTTCTCTGCAGCACGGTCACCGGGATTTTATTTGGCTGGTTACCCGCACGAAATGCGGCACGACTGGATCCAGTAGATGCTCTGGCACGAGAGTAATTTTTGAGATAAAAATGCCAGCCGATCGGGCTGGCATTTTGCCTTTAGGATGTACACAATGAGACAGAAGAGTTATGCGACTGCCGCTTCTACTTCGACGGG > CP042583/784731‑785289
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
