Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
812,784 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 812,784 | 0 | A | T | 100.0%
| 558.8
/ NA
| 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (118/116); total (118/116) |
| * | CP042583 | 812,785 | 0 | G | C | 99.1%
| 549.1
/ NA
| 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (117/114); minor base A (1/1); total (118/116) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 812,786 | 0 | T | A | 100.0%
| 558.9
/ NA
| 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (118/116); total (118/116) |
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
TTATGCCGCCTGCGTAAAGTGCGCTCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATAGTTTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATAGTGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAAAGTTTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTG > CP042583/812511‑813061
|||
ttATGCCGCCTGCGTAAAGTGCGCTCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGCAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAAc > 1:1797916/1‑289 (MQ=255)
tGCCGCCTGCGTAAAGTGCGCTCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATg > 1:1498042/1‑289 (MQ=255)
ccTGCGTAAAGTGCGCTCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACg > 1:96857/1‑289 (MQ=255)
gTAAAGTGCGCTCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTTATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAgt > 2:1475255/1‑289 (MQ=255)
gcTCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGTAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGTtttt > 2:555983/1‑289 (MQ=255)
cTCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGttttt > 2:9135/1‑289 (MQ=255)
cTCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCAATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAATCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGttttt > 2:224733/1‑289 (MQ=255)
tCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGttttt < 1:1326167/288‑1 (MQ=255)
cGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTggtggt > 1:680281/1‑289 (MQ=255)
ggAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTAc < 1:1694548/288‑1 (MQ=255)
gCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATg > 2:1140259/1‑289 (MQ=255)
tCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGGGGTACAGCTTCCCGGCAATGCGaa > 1:1468807/1‑289 (MQ=255)
taaagTATTTATTTGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGGTTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAg < 2:1658120/285‑1 (MQ=255)
cGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCATAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGat < 1:25565/289‑1 (MQ=255)
atttatttGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGatata > 1:891243/1‑289 (MQ=255)
tttatttGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGCAAATACAGGTGACGGAACTCGAATTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAAACAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTATCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCATGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCGGTTGGTCCAGCTTCCCGGCACTGTCAAACGGatacat > 2:1062844/1‑289 (MQ=255)
tttatttGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCctc > 1:633147/1‑249 (MQ=255)
tttatttGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCctc < 2:633147/249‑1 (MQ=255)
tttatttGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCtggt < 1:1977341/255‑1 (MQ=255)
tttatttGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGatatat > 1:371620/1‑289 (MQ=255)
tttatttGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGatatat > 1:947001/1‑289 (MQ=255)
atttGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGa < 1:1489526/289‑1 (MQ=255)
atttGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGAACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGa < 1:856656/289‑1 (MQ=255)
tttGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGAc < 1:600789/289‑1 (MQ=255)
ttGGTATGTGCCCATCCTCGTCATGATTCATGGACCGAACATATTGCTGAGGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACa < 2:891243/289‑1 (MQ=255)
ttGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTTGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACa < 1:937226/289‑1 (MQ=255)
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ttGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACa < 1:67693/289‑1 (MQ=255)
ttGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACa < 1:1198619/289‑1 (MQ=255)
ttGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACa < 1:400500/289‑1 (MQ=255)
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ttGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATACATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATGTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACa < 2:1926679/289‑1 (MQ=255)
ttGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGAACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTCGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACa < 2:1381223/289‑1 (MQ=255)
ttGGTAGGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACa < 1:336209/289‑1 (MQ=255)
tATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCtg < 1:786393/244‑1 (MQ=255)
tATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCtg > 2:786393/1‑244 (MQ=255)
tATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACaga < 1:1509088/287‑1 (MQ=255)
aTCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACa < 1:530682/276‑1 (MQ=255)
tCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAg > 1:1961263/1‑263 (MQ=255)
tCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAg < 2:1961263/263‑1 (MQ=255)
tCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTa < 2:1487240/280‑1 (MQ=255)
tCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATg < 1:740286/282‑1 (MQ=255)
tCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATg > 2:740286/1‑282 (MQ=255)
tCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACAAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTGAGTGGTGGTTTTTCCTCTATGGGGGTACAGCTTCCCGGCAAATCTAAAAGGATATATTGAAagatgcgggaagaat > 2:473957/1‑277 (MQ=255)
tCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATggg < 2:402015/289‑1 (MQ=255)
tCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATggg < 1:806345/289‑1 (MQ=255)
tCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATggg < 2:277045/289‑1 (MQ=255)
tCGGCATGATTCATTGACCACACATATTGCGGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATggg < 2:841398/289‑1 (MQ=255)
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gTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACa > 1:1908822/1‑199 (MQ=255)
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gTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCctc < 1:628315/225‑1 (MQ=255)
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gTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATgg > 1:50790/1‑286 (MQ=255)
gTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATgg > 2:806345/1‑286 (MQ=255)
gTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGggct < 2:412243/289‑1 (MQ=255)
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gattcattGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACaga < 2:1150927/261‑1 (MQ=255)
gattcattGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTAAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGGGGTGGGTTTTCCTACCTGGTGGTACAGCTTCCCGTGAATGCGAATGGGAAATCTCTACAGAGGACGGAATAATGggcaggagc > 2:1891253/7‑286 (MQ=255)
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cacaTATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGc < 1:1277653/229‑1 (MQ=255)
cacaTATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGc > 1:1179970/1‑288 (MQ=255)
tGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACACAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTa < 1:406757/289‑1 (MQ=255)
tGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTAcc < 1:1048438/288‑1 (MQ=255)
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tGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCAtt < 1:1299522/288‑1 (MQ=255)
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aTCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATa > 1:1143722/1‑289 (MQ=255)
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atatCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAg > 1:1394154/1‑289 (MQ=255)
cGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGa < 2:68038/176‑1 (MQ=255)
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cGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATgg < 2:1759511/194‑1 (MQ=255)
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tgatgaCGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAg > 1:1894977/1‑289 (MQ=255)
gCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGattat > 2:941589/1‑289 (MQ=255)
aCCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGAGGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAGAATAtg > 1:455930/1‑289 (MQ=255)
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tatGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGt > 2:252150/1‑289 (MQ=255)
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cGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGAGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATGTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTg > 1:1516282/1‑283 (MQ=255)
tcatcaGTTTTAGTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCGCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGAAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATTGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCtt < 1:1414064/288‑1 (MQ=255)
catcaGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTtgt > 1:34797/1‑289 (MQ=255)
atcaGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCa > 2:1495209/1‑146 (MQ=255)
atcaGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTtgtg < 2:34797/289‑1 (MQ=255)
|||
TTATGCCGCCTGCGTAAAGTGCGCTCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATAGTTTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATAGTGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAAAGTTTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTG > CP042583/812511‑813061
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
