Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,459,537 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,459,537 | 0 | A | T | 99.6%
| 513.7
/ NA
| 222 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (116/104); total (118/104) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,459,538 | 0 | G | C | 100.0%
| 521.0
/ NA
| 222 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (118/104); total (118/104) |
| * | CP042583 | 1,459,539 | 0 | T | A | 100.0%
| 525.8
/ NA
| 222 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (118/104); total (118/104) |
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
ATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGAGTAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCAGTGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCTTCACCCTGTGGTGGGTCGACTCCAGTAAGCCCGGCATTAAGATTAACCCGCTGCATAAAATCGGCTGGCATATGCTCAGCACCTGCGAAGTCTATCTCGACAACGTGGAGGTTGAAGAGAGCGACATGG > CP042583/1459259‑1459816
|||
atCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATaacaa > 2:544994/1‑289 (MQ=255)
tCCGCGTGGGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATaacaac < 2:276347/289‑1 (MQ=255)
cgcgTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAg < 1:1901673/289‑1 (MQ=255)
tGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTTGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGc < 1:100275/288‑1 (MQ=255)
tGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGc < 2:339163/288‑1 (MQ=255)
gAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGcc > 2:1198957/1‑288 (MQ=255)
tttATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTa < 2:974286/289‑1 (MQ=255)
ttATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTa < 2:1430926/288‑1 (MQ=255)
ggCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCATCTACCACTTac > 1:1858498/1‑289 (MQ=255)
gcgcTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTac > 1:1639649/1‑288 (MQ=255)
cgcTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTaca > 1:1310524/1‑288 (MQ=255)
cGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGc > 1:411932/1‑289 (MQ=255)
ggTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCa < 2:301618/289‑1 (MQ=255)
ggTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCa < 2:1740387/289‑1 (MQ=255)
ggTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCa < 2:1807668/289‑1 (MQ=255)
gTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCaa > 1:756054/1‑289 (MQ=255)
gTATTTCCATGCTTGGCGGGCCGGAAGAATTTGGGGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCa < 2:409115/288‑1 (MQ=255)
tGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACa > 1:1620443/1‑288 (MQ=255)
tGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAACGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCa < 2:135067/279‑1 (MQ=255)
ttGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCaa < 1:1198957/289‑1 (MQ=255)
ccTGGGGATTACGTCAACCAAATGCTGGGGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGa < 2:756054/289‑1 (MQ=255)
cTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTTCCGGTTCGaa > 1:1167456/1‑289 (MQ=255)
tGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGaaa > 1:361472/1‑289 (MQ=255)
gCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAag > 1:1361818/1‑289 (MQ=255)
ttACGTCACCCCAATGCTGGGCAGGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGAATTTTTAATTACAAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTa < 2:1310524/288‑1 (MQ=255)
ttACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTa < 2:1620443/288‑1 (MQ=255)
ttACGCAACCCAAATCCTTGCGCAGATGGAAGTTTCAAAATGCGTGTCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTTCCGGTGCGAAAGAGTAc < 2:1167456/289‑1 (MQ=255)
cccAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATaacaac < 2:1886987/197‑1 (MQ=255)
cccAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATaacaac > 1:1886987/1‑197 (MQ=255)
aTGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATAtgctgg > 1:570719/1‑289 (MQ=255)
ggCGCTGATGGAAGTGGCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTGCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATAtgctggtgct < 2:1505262/288‑1 (MQ=255)
gcgcTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATAtgctggtgctg > 1:1218220/1‑288 (MQ=255)
gcgcTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACAACAACGGCCAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAATACCCGTATAggcgggttcgt > 2:1582262/1‑284 (MQ=255)
agtgtaaaaaTGCGGTTCTCGGGCATTTTTAATTACCAAAGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCg < 2:1073041/282‑1 (MQ=255)
gtcaaaaTGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCa > 2:484554/5‑288 (MQ=255)
tcaaaaTGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTa < 2:1250903/251‑1 (MQ=255)
tcaaaaTGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTa > 1:1250903/4‑254 (MQ=255)
aaTGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGAACCGCAACCGaa > 1:1073041/1‑289 (MQ=255)
cGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCCACCGAAAGa > 2:1984217/1‑288 (MQ=255)
tttttAATTACAAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCATATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCt < 1:796782/289‑1 (MQ=255)
tttAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCTTc < 1:1131771/289‑1 (MQ=255)
aagtACCCACGGTCGATGTCTTCACAGTCTGCTCCGTTTCGGTTCGGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGCGCACCCGGGAGACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCTTCAcc < 2:1607086/286‑1 (MQ=255)
aaTTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCTTCAcc < 1:484554/289‑1 (MQ=255)
aaTTACCAACGGTCAAGGTATTGAGAGTATGGGCAGTTTCGGTGCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGGGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCTTCAcc < 2:1137746/289‑1 (MQ=255)
aTTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCTTCAccc < 1:635788/289‑1 (MQ=255)
ggTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCtt < 1:956279/275‑1 (MQ=255)
aaTGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGgcgcg < 1:526515/238‑1 (MQ=255)
aaTGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGgcgcg > 2:526515/1‑238 (MQ=255)
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aTGAGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACATAAAGCGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAATCCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCTTCACCCTGTGGTGGGTCGACTCCAGTAAGccc < 1:585879/288‑1 (MQ=255)
tGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCTTCACCCTGTGGTGGGTCGACTCCAGTAAGCCCg > 1:1426171/1‑288 (MQ=255)
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ttCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCTTCACCCTGGGGTGGGTCGACCCCAGTAAGCCCGGCACTAAGa > 2:457786/1‑289 (MQ=255)
ttCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCAACCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCTTCACCCTgtggt < 1:716593/259‑1 (MQ=255)
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gTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCTTCACCCTGTGGTGGGTCGACTCCAGTAAGCCCGGCATTAAGATTAACCCGCTGCATAAAATCgg < 2:571359/289‑1 (MQ=255)
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tAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCg < 2:1840705/199‑1 (MQ=255)
tAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCTTCACCCTGTGGTGGGCCGACTCCAGTAAGCCCGGCATTAAGATTAACCCGCTGCATAAAATCgg > 2:1724206/1‑288 (MQ=255)
aaaaCGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCTTCACCCTGTGGTGGGTCGACTCCAGTAAGCCCGGCATTAAGATTAACCCGCTGCATAAAATCGGCt < 2:1639649/289‑1 (MQ=255)
aaaaCGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCTTCACCCTGTGGTGGGTCGACTCCAGTAAGCCCGGCATTAAGATTAACCCGCTGCATAAAATCGGCt < 1:847798/289‑1 (MQ=255)
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agcataagCACCCGGGAAACGGGTGCTCCCGCCTAGGCCCTGGCGGTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCTTCACCCTGTGGTGGGTCGACTCCAGTAAGCCCGGCATTAAGATTAACCCGCTGCATAAAATCGGCTGGCat < 2:625172/282‑1 (MQ=255)
cAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCTTCACCCTGTGGTGGGTCGACTCCAGTAAGCCCGGCATTAAGATTGACGCGCTGCATAAAATCGCCTTGCatat > 1:650479/1‑289 (MQ=255)
acaccTGGAAGCGGGTGTTTCGGCCTATTCCCTGCGGCTGACGAAAGCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACAATTTACACCCGGAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGAACAAAAAACCTTTATTTCGGGTGAGAAAGAGAACCCGTATATGCTGGTGCTGGAGCGCGATCCGCAACCGAAAGAACCCATAAAAGCCTTCAACCTGTAGTGGGTCGACTCCAGGAAGCCCCGCATTAAGATTAACCCGCTGCATAAAATCGGCAGGCATATGCTCAg < 2:1882743/285‑1 (MQ=255)
tGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCTTCAcc > 2:1246502/1‑209 (MQ=255)
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aaCCAGGTGCTGGCTCAGTTAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCTTCACCCTGTGGTGGGTCGACTCCAGTAAGCCCGGCATTAAGATTAACCCGCTGCATAAAATCGGCTGGCATATGCTCAGCACCTGCGAAGTCTATCTCGACAACGTGGAGGTTGAAGAGAGCg > 1:1818689/1‑288 (MQ=255)
aCCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCTTCACCCTGTGGTGGGTCGACTCCAGTAAGCCCGGCATTAAGATTAACCCGCTGCATAAAATCGGCTGGCATATGCTCAGCACCTGCGAAGTCTATCTCGACAACGTGGAGGTTGAAGAGAGCGAc < 2:884098/289‑1 (MQ=255)
|||
ATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGAGTAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCAGTGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCTTCACCCTGTGGTGGGTCGACTCCAGTAAGCCCGGCATTAAGATTAACCCGCTGCATAAAATCGGCTGGCATATGCTCAGCACCTGCGAAGTCTATCTCGACAACGTGGAGGTTGAAGAGAGCGACATGG > CP042583/1459259‑1459816
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
