Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,918,239 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,918,239 | 0 | A | T | 99.0%
| 711.8
/ NA
| 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (147/151); minor base G (0/3); total (147/155) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,918,240 | 0 | G | C | 99.7%
| 719.8
/ NA
| 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (146/154); minor base T (1/0); total (147/155) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,918,241 | 0 | T | A | 99.7%
| 716.2
/ NA
| 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (146/155); minor base C (1/0); total (147/155) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
CTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTAGCCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGAGCAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGAGCATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGAGTCGCTTCCCGAGTGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGAGTATCCAGGACGATGGCTGCGAAAGCGGCGCATGTAAGATCTGATATTGAGATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACGGCTCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCTCCGGGTGCCGGATGCA > CP042583/1917962‑1918515
|||
cACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCg > 1:1151051/1‑289 (MQ=255)
cGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGAt > 1:825234/1‑289 (MQ=255)
cGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGAt > 2:721176/1‑289 (MQ=255)
ttCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATgcag < 2:79636/289‑1 (MQ=255)
tCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAACTTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATgcag > 1:1289633/1‑288 (MQ=255)
tGCCGTCCGAGACTTCTTCTCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGa < 2:1087467/288‑1 (MQ=255)
tGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGa < 2:225093/288‑1 (MQ=255)
tCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGa > 1:1415469/1‑287 (MQ=255)
tCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGa > 2:1672961/1‑287 (MQ=255)
cttcttcgcAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCa < 2:464641/280‑1 (MQ=255)
ctctAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTc < 2:1692547/289‑1 (MQ=255)
ctAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCgg < 2:825234/289‑1 (MQ=255)
tAACGCCACTAAAGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTTAGGAAAAGTGCTGATGCAGCAGTTGCTGAAAGAATTGCTCACCGCTTACAAATTCggg > 1:1493380/1‑289 (MQ=255)
aCTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCCGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCaaaa > 2:386817/1‑289 (MQ=255)
aCTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCAGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCaaa > 1:1680299/1‑288 (MQ=255)
cTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGCACTTTATCGATCAGTCGATCTATGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCCCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAac > 1:16684/1‑289 (MQ=255)
cTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAac > 2:12516/1‑289 (MQ=255)
cTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAac < 1:401990/289‑1 (MQ=255)
cTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAac < 1:1067447/289‑1 (MQ=255)
aaCGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAacac < 2:860760/289‑1 (MQ=255)
aCGGGAATGAACCGGCGCGCGGTTAAGTAAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGGGGTGCCGGAATACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACt < 2:1071785/289‑1 (MQ=255)
aTTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGtatt < 2:1467887/289‑1 (MQ=255)
aCCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATAAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAg < 2:1642211/289‑1 (MQ=255)
ccgcGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCATTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCAGAAAGACCTGCTCACCGACTACAAATTCGTGGTCAAAACACTGTATTATCAGAac > 1:1364859/1‑288 (MQ=255)
ccgcGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACt > 2:716495/1‑275 (MQ=255)
ccgcGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGCac > 1:1896239/1‑288 (MQ=255)
ccgcGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAac > 1:1791218/1‑288 (MQ=255)
ccgcGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAac > 1:1085103/1‑288 (MQ=255)
gcgggGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTAGTTTGGGCCAGGTGGTGCCGGACTACGGGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACAcc < 2:1220071/289‑1 (MQ=255)
ttACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGa < 1:945070/288‑1 (MQ=255)
cGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGgc > 1:233581/1‑289 (MQ=255)
gCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGa > 2:247631/1‑289 (MQ=255)
gCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGa > 1:280194/1‑289 (MQ=255)
gCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGT‑GGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGaa > 2:1185902/1‑289 (MQ=255)
aTCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCCACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCCGTTGCGGAAAGACCTGCCCACTGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACCCCGTATTATCAGAACACCCGTCACGGCCCTGaa > 2:1800692/1‑288 (MQ=255)
aagcgtcgaaaGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGtt > 2:745226/9‑208 (MQ=255)
cgtcgaaaGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGcaca > 2:393338/6‑289 (MQ=255)
tATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAacac < 2:1938333/236‑1 (MQ=255)
ttGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCgt < 2:1151051/289‑2 (MQ=255)
ttGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCgt < 2:502255/289‑2 (MQ=255)
ttGCGCCAGGTGGGCCCGGACTACGGGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGATGTGGGAAATGACGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCgt < 2:1896239/289‑2 (MQ=255)
tggcgcacggtgggGCCGTAGTAAGAGAACCTGCAGCACGCCAATGAGGTGCTGTGTGGAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGGAGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCCGTCGATCTCTGCCAACAGCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCgg < 2:1364859/281‑2 (MQ=255)
cAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCgtcaatcc > 1:180570/1‑282 (MQ=255)
tgCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGTCAATCCAGGACg < 1:1133282/288‑1 (MQ=255)
cGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGGAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAac < 1:869453/207‑1 (MQ=255)
cGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAac < 2:62288/207‑1 (MQ=255)
cGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGTCAATCCAGGACGATGGCTGCGaa > 2:275530/1‑289 (MQ=255)
gCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGTCAATCCAGGACGATGGCTGCGAAAg < 1:1398429/288‑1 (MQ=255)
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|||
CTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTAGCCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGAGCAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGAGCATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGAGTCGCTTCCCGAGTGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGAGTATCCAGGACGATGGCTGCGAAAGCGGCGCATGTAAGATCTGATATTGAGATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACGGCTCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCTCCGGGTGCCGGATGCA > CP042583/1917962‑1918515
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
