Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,953,142 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,953,142 | 0 | A | T | 99.2%
| 585.2
/ ‑6.1
| 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (128/120); total (129/121) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.79e-01 |
| * | CP042583 | 1,953,143 | 0 | G | C | 100.0%
| 590.8
/ NA
| 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (129/121); total (129/121) |
| * | CP042583 | 1,953,144 | 0 | T | A | 100.0%
| 595.2
/ NA
| 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (129/121); total (129/121) |
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
GCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTAGTGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGAGTGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCAGTTGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAG > CP042583/1952865‑1953423
|||
gCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCATTCGTTCTATGTCAGGCATTAt > 1:1888644/1‑288 (MQ=255)
gCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTAt > 1:1006638/1‑288 (MQ=255)
gCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTAt > 2:207792/1‑288 (MQ=255)
gCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTAt > 2:1606787/1‑288 (MQ=255)
gCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTAt > 2:511389/1‑288 (MQ=255)
gCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTAt > 1:327464/1‑288 (MQ=255)
gCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTAt > 1:130948/1‑288 (MQ=255)
gCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTAt > 1:1538168/1‑288 (MQ=255)
ccGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATcc > 1:1639976/1‑289 (MQ=255)
ccGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATc > 1:266261/1‑288 (MQ=255)
tttttGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTaa < 1:820458/289‑1 (MQ=255)
gatgaACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTc < 2:1368531/289‑1 (MQ=255)
aaCGCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCa < 2:341853/289‑1 (MQ=255)
aCTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTCCTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCa < 2:652224/288‑1 (MQ=255)
aCTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCa < 1:564106/288‑1 (MQ=255)
aCTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCa < 1:1976698/288‑1 (MQ=255)
aTGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCaa > 2:222561/1‑261 (MQ=255)
aTGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTa > 2:102265/1‑289 (MQ=255)
cGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCgg < 1:540425/289‑1 (MQ=255)
aCCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACACGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACTATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGct < 2:574694/289‑2 (MQ=255)
cACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGctcatgg > 2:1619141/1‑283 (MQ=255)
ggCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTg > 2:1423905/1‑289 (MQ=255)
aaTATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGa < 1:1221567/288‑1 (MQ=255)
atatTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGaaa > 2:1765504/1‑289 (MQ=255)
atatTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCCCTGCGGATTAGCGGCTCAGGGACCGGTTATCCGCCGTaaa > 2:1272962/1‑289 (MQ=255)
tGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTg > 2:563767/1‑288 (MQ=255)
cTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTa < 1:274257/198‑1 (MQ=255)
cTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTa > 2:274257/1‑198 (MQ=255)
cTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCg > 1:1361299/1‑289 (MQ=255)
gCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGgc > 2:776665/1‑289 (MQ=255)
tCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGc > 1:1151054/1‑289 (MQ=255)
gCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATtct < 2:1131404/286‑1 (MQ=255)
gCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGATACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATtct < 2:1876329/286‑1 (MQ=255)
tgttTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGTAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTgcg < 1:998042/289‑1 (MQ=255)
tgttTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTgcg < 2:1685169/289‑1 (MQ=255)
tgttTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTgcg < 1:1593579/289‑1 (MQ=255)
tgttTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTCCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTgcg < 1:1095538/289‑1 (MQ=255)
tttGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCa > 1:919439/1‑289 (MQ=255)
cTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGt < 1:207792/288‑1 (MQ=255)
aaGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCtt < 2:264260/288‑1 (MQ=255)
aGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTa < 2:1106059/288‑1 (MQ=255)
ggCACCCAGCAGCAGCTACTGCATACCGCGTTTAACACTGGATAACTTGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTTGTTTACCCGGCTTGATGTGCAGTCGTTCTATGTCATGCCTTATCCAACACTTAGCGATTTATGTTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAATCCGCGCTGCGTATTAGCGGTTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATc < 2:839090/289‑1 (MQ=255)
gCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATc < 2:1535651/288‑1 (MQ=255)
aCCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATcc > 1:1790767/1‑287 (MQ=255)
aCCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATcc > 1:675358/1‑287 (MQ=255)
cccAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCt < 1:742503/289‑1 (MQ=255)
ccAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTg < 2:994464/289‑1 (MQ=255)
ccAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTg > 1:768624/1‑289 (MQ=255)
ccAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTg > 1:1138932/1‑289 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
