Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,960,434 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,960,434 | 0 | A | T | 100.0%
| 544.1
/ NA
| 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (115/112); total (115/112) |
| * | CP042583 | 1,960,435 | 0 | G | C | 99.6%
| 533.8
/ NA
| 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (114/112); minor base A (1/0); total (115/112) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,960,436 | 0 | T | A | 99.6%
| 534.7
/ NA
| 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (115/111); total (115/112) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
CCCAGACTGGCCCTTTAGTGAAAGTATTTTAGTTATCACCACTGCTAGTCCAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGAGTGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTAGTCCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGATGCAGCATATGGTAACGGAGACTGTTTCGGTTTGTACTGGCCTATTGGTCAGGAGCATAAACTACCTATAGTGTGCGAAACGTACCATGACGAATGGCGAATCGTACCTGCCTTTTCCAGCATTAAGAAGTTCGAAGAATGGCTGGAAGTGAATGATGATGATCCCCATGAAAATGGCATCAGCATCGAAGATCAAGACTTTGCAGCAAATCTCTT > CP042583/1960162‑1960714
|||
gCCCTTTAGTGAAAGTATTTTAGTTATCACCACTGCTTCACCAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGccc > 1:1747913/1‑289 (MQ=255)
gCCCTTTAGTGAAAGTATTTTAGTTATCACCACTGCTTCACCAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGccc > 2:571644/1‑289 (MQ=255)
gCCCTTTAGTGAAAGTATTTTAGTTATCACCACTGCTTCACCAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGACTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGccc > 2:242945/1‑289 (MQ=255)
cccTTTAGTGAAAGTATTTTAGTTATCACCACTGCTTCACCAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGc > 2:1271139/1‑286 (MQ=255)
ccTTTAGTGAAAGTATTTTAGTTATCACCACTGCTTCACCAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCg < 1:1455848/288‑1 (MQ=255)
cTTTAGTGAAAGTATTTTAGTTATCACCACTGCTTCACCAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCggg < 1:680125/289‑1 (MQ=255)
gTGAAAGTATTTTAGTTATCACCACTGCTTCACCAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCtt < 2:559704/289‑1 (MQ=255)
gTATTTTAGTTATCACCACTGCTTCACCAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTtcct > 1:90628/1‑288 (MQ=255)
aTTTTAGTTATCACCACTGCTTCACCAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCg > 2:1031533/1‑289 (MQ=255)
aTTTTAGTTATCACCACTGCTTCACCAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCg < 1:1837008/289‑1 (MQ=255)
aTCACCACTGCTTCACCAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGAttt < 2:90628/289‑1 (MQ=255)
caccacTGCTTCACCAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTa > 2:298196/1‑288 (MQ=255)
cttcaccAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCg > 2:72735/6‑270 (MQ=255)
tcaccAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACa > 1:265604/4‑289 (MQ=255)
accAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGa < 1:1431606/288‑1 (MQ=255)
ccAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCTCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGAt > 1:639864/1‑289 (MQ=255)
ccAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGAt > 2:1405482/1‑289 (MQ=255)
gaagaaGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGATgca > 2:380770/1‑289 (MQ=255)
agCTGGGTTATAGAAGAGATGTCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGTTACGGAGCATGGATGGGTTGAACTCCCTGTGGGTATTCATCCTGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGATGCAGCata < 2:365363/282‑1 (MQ=255)
gTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAAtt > 2:808144/1‑224 (MQ=255)
gTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAAtt < 1:808144/224‑1 (MQ=255)
tAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGATg < 1:1300654/265‑1 (MQ=255)
agaagaAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGATGCAGCATATGGTAACGGAGACTGtt < 1:1613748/288‑1 (MQ=255)
gaaATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGATGCAGCATATGGTAACGgaga < 1:526626/279‑1 (MQ=255)
aaTTGCCCCTGATGATTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATTGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACTGATTTACCGTACTTACAGATGCAGCATATGGTAACGGAGACTGTTTCGGt < 2:348437/287‑1 (MQ=255)
aaTTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGATGCAGCATATGGTAACGGAGACTGTTTCGGt < 1:361474/287‑1 (MQ=255)
aaTTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGATGCAGCATATGGTAACGGAGACTGTTTCGGt < 1:236822/287‑1 (MQ=255)
atgaGTGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGAAAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGATGCAGCATATGGTAACGGAGACTGTTTCGGTTTGTACTGGCCTa > 1:1916244/1‑289 (MQ=255)
tGCTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGACGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTAACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGTGCCTTTTCCTCCGAACGAATTTACCGTACTTACAGATTCAGCATATGGTAACGTAGACTGTTTCGGTTTGTACTGGCTAATTGGt > 2:1520148/1‑289 (MQ=255)
cTGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGATGCAGCATATGGTAACGGAGACTGTTTCGGTTTGTACTGGcc > 1:1209790/1‑280 (MQ=255)
tGGGAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATGAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGATGCAGCATATGGTAACGGAGACTGTTTCGGTTTGTACTGGCCTATTGGTCAg < 1:1178988/289‑1 (MQ=255)
ggAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGATGCAGCATATGGTAACGGAGACTGTTTCGGt > 1:1604512/1‑266 (MQ=255)
ggAAGGATGGTCAGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGATGCAGCATATGGTAACGGAGACTGTTTCGGTTTGTACTGGCCTATTGGTCAggg > 1:1959137/1‑288 (MQ=255)
gatggtcagAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAATCTTGTTCCTCGCAGTAGTGATATTTCAACTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGGACTTACAGATGACGCATATGGTAACGGTAACTGTTTCGGTTTGTTCTGGCCTTATGGTCAGGAGCAtc > 2:765130/9‑288 (MQ=255)
gatggtcagAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGATg < 1:34356/224‑1 (MQ=255)
gatggtcagAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGATGCAGCATATGGTAACGGAGACTGTTTCGGTTTGTACTGGCCTATTGGTCAGGAGCATa > 2:661747/9‑289 (MQ=255)
gatggtcagAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGATGCAGCATATGGTAACGGAGACTGTTTCGGTTTGTACTGGCCTATTGGTCAGGAGCATa > 2:533961/9‑289 (MQ=255)
tggtcagAAGGTACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGATGCAGCATATGGTAACGGAGACTGTTTCGGTTTGTACTGGCCTATTGGTCAGGAGCATaa < 2:1928656/282‑1 (MQ=255)
tggtcagAAGATACGGATGATGGATGGAGTTAAGGCCCGGTGGGTTGGGATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATTTAAACGGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTAGGTGAAGGAACAGGATTAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTGCAGATGCAGCATATGGTAACGGAGACTGTTTCGGTTTGTACTGGCCTATTGGTCAGGAGCATaa < 2:1435062/282‑1 (MQ=255)
tggtcagAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTTGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGATGCAGCATATGGTAACGGAGACTGTTTCGGTTTGTACTGGCCTATTGGTCAGGAGCATaa < 2:1244564/282‑1 (MQ=255)
tggtcagAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGTGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGATGCAGCATATGGTAACGGAGACTGTTTCGGTTTGTACTGGCCTATTGGTCAGGAGCATaa < 1:1923312/282‑1 (MQ=255)
tggtcagAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGATGCAGCATATGGTAACGGAGACTGTTTCGGTTTGTACTGGCCTATTGGTCAGGAGCATaaa < 1:1296116/283‑1 (MQ=255)
tggtcagAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGATGCAGCATATGGTAACGGAGACTGTTTCGGTTTGTACTGGCCTATTGGTCAGGAGCATaa < 1:1351253/282‑1 (MQ=255)
tggtcagAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGATGCAGCATATGGTAACGGAGACTGTTTCGGTTTGTACTGGCCTATTGGTCAGGAGCATaa < 2:1606254/282‑1 (MQ=255)
tggtcagAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTTCACCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGTACTTACAGATGCAGCATATGGTAACGGAGACTGTTTCGGTTTGTACTGGCCTATTGGTCAGGAGCATaa > 1:1928656/7‑288 (MQ=255)
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
