Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
556,834 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 556,834 | 0 | A | T | 99.6%
| 526.7
/ NA
| 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (110/109); total (111/109) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 556,835 | 0 | C | G | 100.0%
| 522.5
/ NA
| 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (111/109); total (111/109) |
| * | CP042583 | 556,836 | 0 | T | A | 99.6%
| 529.9
/ NA
| 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (110/109); minor base C (1/0); total (111/109) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
GGTTCATTAATTAAGCGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAAACTGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGGCTAGTACGCCGACTTACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAATTAAACTATTGGTAGTACCGAGATCGATACCAATGGCGAGTTCTGCATTATCCATTGCATTTATATCTTGAAAGAAAAAGAGATAAACAGATTAAGACCACCCAGGTAACGCGTGGTGATCTTAATCAATGACGTGTGTTAAGCGTAAAATT > CP042583/556559‑557107
|||
ggTTCATTAATTAAGCGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGtt > 1:1663498/1‑289 (MQ=255)
ttCATTAATTAAGCGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGttt < 2:757212/288‑1 (MQ=255)
aaGCGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTaaaa < 2:953770/289‑1 (MQ=255)
aaGCGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTaaaa > 2:1477568/1‑289 (MQ=255)
cGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAatat > 2:2367428/1‑289 (MQ=255)
aCCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGat < 2:1916792/289‑1 (MQ=255)
ccGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGatt > 1:1031914/1‑289 (MQ=255)
ccGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGatt > 2:795856/1‑289 (MQ=255)
ggCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAAAGGAGATCACCACATCTTTCATCGGACGTTTCAGAAATCCTTCGGCACCTTCTTTTAATGAGCGTAATACAAAAGAGGACACTCATGGCGCGTTAAATGTTACGCCGCCACACCGCCAGTGGGCATTACTCCCCCTTGCACGTTTAAATCACGCTGCAGATTTATCCCGATGCCACGTACGCCGTGATACTGCCGGCTGTCCGACTAAACTGTGATTCTTTTCTTCCac > 2:1417198/1‑287 (MQ=255)
ggCTAACGCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATg < 2:64564/289‑1 (MQ=255)
ccGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTCTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTat > 1:1476691/1‑289 (MQ=255)
ctgctAAACGGGTATGGTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAAAGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATAACAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTatgga < 1:1839058/289‑1 (MQ=255)
tgctAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTatgga < 2:532959/288‑1 (MQ=255)
tgctAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTatgga < 1:1932645/288‑1 (MQ=255)
tgctAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTatgga < 1:729821/288‑1 (MQ=255)
gctAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTatggatg < 1:562909/289‑1 (MQ=255)
gTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGgt < 2:375794/282‑1 (MQ=255)
gTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAat > 1:397392/1‑289 (MQ=255)
tGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTatgga > 1:2632832/1‑275 (MQ=255)
cTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTc > 2:1003071/1‑288 (MQ=255)
tGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTcccc > 1:1003441/1‑289 (MQ=255)
ttCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTa > 2:1549242/1‑289 (MQ=255)
cGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTgg > 2:2696849/1‑289 (MQ=255)
aaaTAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGaatta > 2:1328707/1‑289 (MQ=255)
aCGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCAc < 2:1161811/289‑1 (MQ=255)
agaTCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATg < 1:600678/227‑1 (MQ=255)
agaTCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATg > 2:600678/1‑227 (MQ=255)
accacATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTcc > 1:903303/1‑289 (MQ=255)
aTCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTAt > 1:1583910/1‑254 (MQ=255)
cTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGc > 1:2159167/1‑216 (MQ=255)
cTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGc < 2:2159167/216‑1 (MQ=255)
ttAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGAc < 2:1995146/284‑1 (MQ=255)
ttAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGAc > 1:1995146/1‑284 (MQ=255)
aaTCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAAtt < 2:2006101/289‑1 (MQ=255)
gACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATc < 2:1284519/202‑1 (MQ=255)
gACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATc > 1:1284519/1‑202 (MQ=255)
gACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAATTAAACt > 1:2676742/1‑289 (MQ=255)
aCGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTatggatg > 1:2498816/1‑218 (MQ=255)
tGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAATTAAACTATTgg < 1:2116840/289‑1 (MQ=255)
tGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAATTAAACTATTgg < 2:682636/289‑1 (MQ=255)
cttcGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTatggatg > 2:2294257/1‑204 (MQ=255)
cttcGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTatggatg < 1:2294257/204‑1 (MQ=255)
ttaatgagCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAATTAAACTATTGGTAGTACCGAGATCGATACCAATGGc < 1:2051850/282‑1 (MQ=255)
ttaatgagCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAATTAAACTATTGGTAGTACCGAGATCGATACCAATGGc < 1:1549242/282‑1 (MQ=255)
taatgagCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAATTAAACTATTGGTAGTACCGAGATCGATACCAATGGCg > 1:1072056/7‑289 (MQ=255)
agCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAATTAAACTATTGGTAGTACCGAGATCGATACCAATGGc < 1:462276/282‑1 (MQ=255)
agCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAATTAAACTATTGGTAGTACCGAGATCGATACCAATGGc > 2:462276/2‑283 (MQ=255)
cGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAATTAAACTATTGGTAGTACCg > 2:539616/1‑264 (MQ=255)
cGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAATTAAACTATTGGTAGTACCGAGATCGATCCCAATGGCGatgtct > 2:1347955/1‑283 (MQ=255)
taaatccaagtatgACCGTTCTTGCGCGTTAACTTTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTAGTATTACTGCCCAGTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAATTAAACTATTGGTAGTACCGAGATCGATACCAATGGCGAGTTCTGCa < 2:1467536/276‑1 (MQ=255)
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tGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAATTAAACTATTGGTAGTACCGAGATCGATACCAATGGCGAGtt < 2:588097/212‑1 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
