Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
736,083 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 736,083 | 0 | A | T | 100.0%
| 435.2
/ NA
| 181 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (98/83); total (98/83) |
| * | CP042583 | 736,084 | 0 | G | C | 100.0%
| 431.7
/ NA
| 181 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (98/83); total (98/83) |
| * | CP042583 | 736,085 | 0 | T | A | 99.5%
| 429.9
/ NA
| 181 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (98/82); total (98/83) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
AATTTTTGCAGCGGCACAGCGTTCAGATAGTTATTTTGTTAAATGTATTAACATGCTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGAGTTTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTAAGCGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTAGCGCCCTGACATTAAAGGACAGTCTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACAGCGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTAGCCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGAGTGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCAAGCAAACGACCGTGGAGCGTGGCTAGTGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATAC > CP042583/735821‑736364
|||
aaTTTTTGCAGCGGCACAGCGTTAATATAGTTATATTGTTAAATTGATTAACAGTCTGAGTTTATACGAAGAGATAACGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTTATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATGAACTATCAACTGGTATCTGAGCGAGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACagag < 2:2458541/289‑1 (MQ=255)
ttCAGATAGTTATTTTGTTAAATGTATTAACATGCTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGAtt > 1:162740/1‑289 (MQ=255)
tGTTAAATGTATTAACATGCTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTCTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAatg > 1:534431/1‑289 (MQ=255)
ttAAATGTATTAACATGCTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTaaa < 2:2472034/241‑1 (MQ=255)
tAACATGCTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGtattta > 1:862023/1‑226 (MQ=255)
cgttGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGActc > 1:1350102/4‑287 (MQ=255)
cTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGTCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGa > 2:1525718/1‑284 (MQ=255)
cTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGa < 1:1525718/284‑1 (MQ=255)
cTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGActcgg > 2:600313/1‑285 (MQ=255)
cTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGActcgg > 1:660278/1‑285 (MQ=255)
tGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGActcggt < 1:5754/289‑6 (MQ=255)
tGAGTGTATAAGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGAACTGTCATTTATTGTTCTTTTTTTCATCAATAACTATCAACATGTATCGGAGCGCGCAGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAACACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTTAAGGACTCACTGTATTTATTCAAAAATACAGAGGATATTCAACGCGCGGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGActcggt < 2:1666131/289‑6 (MQ=255)
aGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACTTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAAATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGTAAATTATTCCATTTGTAGACactggtg > 2:1882128/1‑283 (MQ=255)
aGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGa < 2:1410635/281‑1 (MQ=255)
aGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGa > 1:1410635/1‑281 (MQ=255)
ttATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGa < 1:2332502/288‑1 (MQ=255)
tataCGAAAAGATAAAGATCAGTCTTATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACt < 2:660278/289‑1 (MQ=255)
taCGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGa > 2:656393/1‑275 (MQ=255)
taCGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGa < 1:656393/275‑1 (MQ=255)
taCGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTgg < 2:2715710/289‑1 (MQ=255)
aaaaGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTaaa > 2:714199/1‑211 (MQ=255)
aaaaGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACt > 1:266635/1‑289 (MQ=255)
aaagataaagatAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACtt > 2:1368661/1‑289 (MQ=255)
aagataaagataAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAgagg < 1:2098167/220‑1 (MQ=255)
aagataaagataAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAgagg > 2:2098167/1‑220 (MQ=255)
taaagataaGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTtgatg < 2:2021234/288‑1 (MQ=255)
taaagataaGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTtgat < 2:2391720/287‑1 (MQ=255)
tGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATT‑AAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAAtatta < 1:2265152/288‑1 (MQ=255)
aTAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATTATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAAAAAAtatta > 2:2695707/1‑287 (MQ=255)
aTAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGataat < 2:1361514/279‑1 (MQ=255)
aTAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAAtatta > 2:442039/1‑287 (MQ=255)
tAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTaaa < 1:638688/190‑1 (MQ=255)
tttatttttattGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATAc > 2:2607366/1‑192 (MQ=255)
tatttttattGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCttttttc > 1:1783798/1‑287 (MQ=255)
ttttattGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCttttttcgcg > 1:2629729/1‑284 (MQ=255)
ggCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCg < 2:214927/289‑1 (MQ=255)
cagcaCTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGaa > 2:317454/1‑289 (MQ=255)
tGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTaaa > 2:2251210/1‑156 (MQ=255)
tGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTaaa < 1:2251210/156‑1 (MQ=255)
tGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGCGGGACTGGTACTTTATGATAATAAATATTATATTTTTTCGCGAGTGGGGAATTATAAAATCtttgtt > 2:1450257/1‑289 (MQ=255)
gTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTa > 1:330109/1‑189 (MQ=255)
gTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGAct < 2:2678389/216‑2 (MQ=255)
gTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTa > 2:87140/1‑289 (MQ=255)
gTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTa > 2:1011909/1‑289 (MQ=255)
gTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTa > 1:922213/1‑289 (MQ=255)
tCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCTATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTa < 1:1531/288‑1 (MQ=255)
tCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTa < 1:1092542/288‑1 (MQ=255)
cTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTatc > 2:833327/1‑289 (MQ=255)
ttCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAgg < 1:1368661/289‑1 (MQ=255)
ttCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAgg < 1:180788/289‑1 (MQ=255)
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tCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAATATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTGTATCATCAGGAACAAGTAAATGGa > 1:546742/1‑289 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
