Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
810,624 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 810,624 | 0 | A | T | 100.0%
| 702.4
/ NA
| 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (159/133); total (159/133) |
| * | CP042583 | 810,625 | 0 | G | C | 99.7%
| 690.9
/ NA
| 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (159/132); minor base T (0/1); total (159/133) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 810,626 | 0 | T | A | 99.7%
| 700.5
/ NA
| 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (158/133); minor base C (1/0); total (159/133) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
GGATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTAGCCTAATCAAAGAATATAGTGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTAGTCGCGGTATGAAAAGCCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGAGTCTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTAGTATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTAT‑GCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCAGCCTGGCGATGGGGATGATGTTT > CP042583/810349‑810905
|||
ggATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTAtgt > 2:2574245/1‑289 (MQ=255)
ggATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTAtgt > 1:559151/1‑289 (MQ=255)
gATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTAtgtg > 1:269521/1‑289 (MQ=255)
tAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCg < 1:1042549/289‑1 (MQ=255)
ccGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCATGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGcc < 1:497604/289‑1 (MQ=255)
ccGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGTGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACcgcg > 1:1356013/1‑287 (MQ=255)
ggACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCt > 1:2388252/1‑288 (MQ=255)
aCTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGc < 1:1119443/288‑1 (MQ=255)
aCTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCGGGGGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTATGTGGCAGGGCTTGCGATGGTTGTTATGTCACTCCTGTTTGTGGCGATGGCGGTaaggcggtcttga > 2:2528791/1‑278 (MQ=255)
gCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAAtt > 1:2713302/1‑288 (MQ=255)
gCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAAtt > 1:1761469/1‑288 (MQ=255)
cTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTa < 1:1481719/288‑1 (MQ=255)
ttcccgccgcGTGGACCTACTGGTTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGa < 2:1353680/285‑1 (MQ=255)
accccgccgcGTGGACCTACTGGGTGGTGCATAGTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGTGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGa < 2:1817847/285‑1 (MQ=255)
aTCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGa < 1:2144347/289‑1 (MQ=255)
aCTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACcac < 2:2713302/289‑1 (MQ=255)
tggtgCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCaa < 2:212352/258‑1 (MQ=255)
ggtgCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACAt < 2:269521/288‑1 (MQ=255)
ggtgCATATTCCCTATCGGGCACAAAAACACCAGGCAATTCTGATTGCTCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGGATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACAt < 2:2616013/288‑1 (MQ=255)
cATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATGCGGATGGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCCCTCCTGTATGTGGCGGTGGCGGTCACCGCGCCTGCAATTACTGAAGCTCATAGTGCGACCAGCAACATTAcc > 2:2149992/1‑288 (MQ=255)
atTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTg > 1:1238574/1‑261 (MQ=255)
tCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGaa > 2:690644/1‑289 (MQ=255)
tCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGaa > 1:1853846/1‑289 (MQ=255)
tCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGaa > 1:1815281/1‑289 (MQ=255)
cTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACg > 1:233681/1‑289 (MQ=255)
aTCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTa > 2:1809326/1‑246 (MQ=255)
cTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCa < 2:2089736/289‑1 (MQ=255)
gCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGT‑GGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACa < 1:1925050/267‑1 (MQ=255)
cacaAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTc < 1:224958/288‑1 (MQ=255)
aacaAAAACCCCGGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTTGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTc < 2:138626/287‑1 (MQ=255)
aaCCCACGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGTGGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCATTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTTCTGTTTATCTTCTTTATGTTGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCTCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCatat < 2:1956505/289‑1 (MQ=255)
ggCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGc > 2:1161327/1‑222 (MQ=255)
ggCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACttt > 1:2470309/1‑289 (MQ=255)
aaTTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTAcc < 2:2470309/289‑1 (MQ=255)
aaTTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTAcc < 1:690644/289‑1 (MQ=255)
aaTGCTGATGGCGCTCGGTTGGGTGAGGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGATTATTCAGTCGTTGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTAcc < 2:285143/289‑1 (MQ=255)
tCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACttt > 2:347825/1‑283 (MQ=255)
tCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACttt < 1:347825/283‑1 (MQ=255)
tGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGTTGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACAt > 1:1529683/1‑289 (MQ=255)
aTTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGACAGGGCTTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGCGACAACTTCTTTCCTCATATCGACTTTACCTACCTTa > 2:2249023/1‑289 (MQ=255)
ttGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTAc < 1:233145/289‑1 (MQ=255)
gcTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGa < 2:1063700/216‑1 (MQ=255)
gcTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACAt < 2:808077/282‑1 (MQ=255)
gcTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACAt > 1:808077/1‑282 (MQ=255)
gcTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCAc < 1:1414435/288‑1 (MQ=255)
ggCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTAtttcaat > 2:1627533/1‑283 (MQ=255)
gATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTAtttcaatgct < 1:1048236/288‑9 (MQ=255)
aaaGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTg > 1:2124362/1‑199 (MQ=255)
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ttgttATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTAT‑GCCTGGCGGTGa < 1:2097390/240‑1 (MQ=255)
|||
GGATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTAGCCTAATCAAAGAATATAGTGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTAGTCGCGGTATGAAAAGCCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGAGTCTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTAGTATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTAT‑GCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCAGCCTGGCGATGGGGATGATGTTT > CP042583/810349‑810905
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
