Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
828,183 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 828,183 | 0 | A | T | 100.0%
| 778.2
/ NA
| 326 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (158/168); total (158/168) |
| * | CP042583 | 828,184 | 0 | G | C | 99.4%
| 759.6
/ NA
| 326 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (156/168); minor base T (2/0); total (158/168) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| * | CP042583 | 828,185 | 0 | C | G | 99.4%
| 761.1
/ NA
| 326 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (156/166); total (158/168) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
GCACATCGCTTTTGCGGCGTTGCTGGCTGCCGGACTCATTCGCAGTGGACAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCAGCCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCAGCTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCC > CP042583/827903‑828463
|||
gCACATCGCTTTTGCGGCGTTGCTGGCTGCCGGACTCATTCGCAGTGGACAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTTCGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGt > 1:1799119/1‑289 (MQ=255)
tGCGGCGTTGCTGGCTGCCGGACTCATTCGCAGTGGACAAATTGTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGctctct < 2:2336088/289‑1 (MQ=255)
ttGCTGGCTGCCGGACTCATTCGCAGTGGACAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGTATCCTGTTGCACTTCGCTCGCACATCTGATGGCTCTCTGCCTCTg > 2:2387967/1‑289 (MQ=255)
gACTCATTCGCAGTGGACAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCAt < 2:1641314/288‑1 (MQ=255)
ttCGCAGTGGACAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATAtt < 2:2426499/289‑1 (MQ=255)
ttCGCAGTGGACAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATAtt < 1:394054/289‑1 (MQ=255)
aGTGGACAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGt > 1:630418/1‑289 (MQ=255)
gACAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCa > 1:1323942/1‑289 (MQ=255)
gACAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCa > 1:308867/1‑289 (MQ=255)
gACAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCGGGGATGTATGGTTATGTGGTCTGGCGGCAATTTGGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTTTGGCTCTCTGCCGTTGCGGTCCCGGCTTTGACATTTTGGTATcc > 2:1164337/1‑288 (MQ=255)
cAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCTCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGAGGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTTGTGGATCCTTTTGCCATTCGCTTGAAAGGTTTATGGCTCTCTTGCGGTGGGGTCGCGGTATTTTTCTTTTgttttcgtg > 2:1839426/1‑281 (MQ=255)
aaTTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTgg < 2:630418/289‑1 (MQ=255)
aaTTTTTCTGCCTGGGCGCGGGATCCACTAGCACATACCATTAGTTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTGTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTgg < 2:2029649/289‑1 (MQ=255)
ttCTGCCTGCGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTcc < 1:2382412/289‑1 (MQ=255)
cTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTc > 2:1693752/1‑288 (MQ=255)
ggATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCa > 2:1013946/1‑289 (MQ=255)
tCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACt < 2:864692/289‑1 (MQ=255)
cACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTgc < 1:755428/289‑1 (MQ=255)
cACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTg > 1:1698512/1‑288 (MQ=255)
ggCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGAGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCATCTgacgcc > 2:1448362/1‑289 (MQ=255)
aaTACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTa > 1:430392/1‑289 (MQ=255)
ttAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCCTTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGt > 1:556391/1‑288 (MQ=255)
ttAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTg < 1:1244882/289‑1 (MQ=255)
ttAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTg < 1:1421226/289‑1 (MQ=255)
ggCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTgc < 1:490141/268‑1 (MQ=255)
cGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTcg > 2:1420575/1‑215 (MQ=255)
cGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGt > 2:2498001/1‑273 (MQ=255)
cGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGt < 1:2498001/273‑1 (MQ=255)
ggAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAgttgtt < 2:308867/288‑1 (MQ=255)
gctgtgctgCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTGCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTcat < 1:1366931/289‑1 (MQ=255)
ctgctTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTg > 1:1443035/1‑189 (MQ=255)
ttttATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTTTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCTTGCAGTTGTTTCCCTCCTCCATCTTCa > 2:1781283/1‑287 (MQ=255)
tATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTTCAGTTGTTTCCCTCCCTCATCTGCAACTgg > 2:661300/1‑289 (MQ=255)
cTGGTTGACGGGAATGCAACCGCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTTGGGGATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAAt < 1:2464092/288‑1 (MQ=255)
gTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTTCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTTCGGTCGCGGCATTGACATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCTGTATTGCGTGCATTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGCATcacc > 2:2658189/1‑288 (MQ=255)
gTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGt > 2:44134/1‑183 (MQ=255)
gTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTcat > 2:1095509/1‑267 (MQ=255)
gTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATcac > 1:2645175/1‑288 (MQ=255)
gACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACtt < 2:2236219/289‑1 (MQ=255)
tGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTTCCGCCGGTATTGCTTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTAt > 2:405652/1‑289 (MQ=255)
tGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCtttt > 1:1033417/1‑287 (MQ=255)
cctGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTGCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGc > 1:1355962/1‑289 (MQ=255)
cctGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGc > 1:1137235/1‑289 (MQ=255)
ctGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCa < 1:1494675/289‑1 (MQ=255)
ctGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCa < 2:693757/289‑1 (MQ=255)
gCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCaaa < 1:2261198/289‑1 (MQ=255)
aTTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAAt < 2:559667/288‑1 (MQ=255)
cGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATc < 2:1129228/178‑1 (MQ=255)
cGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACt > 1:618963/1‑206 (MQ=255)
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ttgtCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCa > 2:1378633/1‑256 (MQ=255)
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ccATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTGTCCCTCTTCCATCTGCCACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTAATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGTGGACATTTATCACGGTTCCGTTGCTCCTCTCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGcc > 2:1217253/1‑289 (MQ=255)
|||
GCACATCGCTTTTGCGGCGTTGCTGGCTGCCGGACTCATTCGCAGTGGACAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCAGCCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCAGCTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCC > CP042583/827903‑828463
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
