Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,465,999 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,465,999 | 0 | A | T | 100.0%
| 538.7
/ NA
| 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (119/106); total (119/106) |
| * | CP042583 | 1,466,000 | 0 | G | C | 99.6%
| 527.8
/ NA
| 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (118/106); total (119/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,466,001 | 0 | C | G | 100.0%
| 535.8
/ NA
| 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (119/106); total (119/106) |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
TGGCGTAACGGCACCATTCTTAATTGGCGCTCGCAGCGTGTTGTTAGATATTTTCAC‑TCCTGATGCGTGTCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTAGTGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTAGCCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGAGCCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGACGCACGCAAGACCTTACCGCCAGGTTGCGAAGGTGAAGAAGCCAGCCGTGGCCCCAATGTGTTTATGGGGTATTTTGATGAACCTGAATTAACCGCCCGTGCCCTGGATGAAGAAGGCTGGTATTACAGCGGCGATCTCTGCCGTATGGATGAGGCTGGCTATATAAAAATTACCGGACGC > CP042583/1465719‑1466277
|||
tGGCGTAACGGCACCATTCTTAATTGGCGCTCGCAGCGTGTTGTTAGATATTTTCAC‑TCCTGATGCGTGTCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCAt > 2:2257276/1‑289 (MQ=255)
tGGCGTAACGGCACCATTCTTAATTGGCGCTCGCAGCGTGTTGTTAGATATTTTCAC‑TCCTGATGCGTGTCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCAt > 1:2593356/1‑289 (MQ=255)
tGGCGTAACGGCACCATTCTTAATTGGCGCTCGCAGCGTGTTGTTAGATATTTTCAC‑TCCTGATGCGTGTCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCAt > 1:1627884/1‑289 (MQ=255)
tCTTAATTTGCGGTCGCAGCGTGTGGTTAGATATTGTCAC‑TCATGATGCGTGTCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGAGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAAACACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCga < 1:2266129/289‑1 (MQ=255)
aaTTGGCGCTCGCAGCGTGTTGTTAGATATTTTCAC‑TCCTGATGCGTGTCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCgatga > 1:1048927/1‑288 (MQ=255)
cgcTCGCAGCGTGTTGTTAGATATTTTCAC‑TCCTGATGCGTGTCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTg > 2:453080/1‑289 (MQ=255)
aggttgttgtTGGTTA‑TTTCACGTCCTGATGCGGTTCTCGCGCTGCTTGGGCAGCAGCGTTGCACCTTTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTgtcgcgc < 2:2454853/284‑7 (MQ=255)
cGTGTTGTTAGATATTTTCAC‑TCCTGATGCGTGTCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCGCGATGATCCTTTgtcgctcttt > 2:1979367/1‑280 (MQ=255)
gtgtTGTTAGATCTTTTCAC‑TCCTGATGCGTGTCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGTGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTgtcgcgct < 1:1327190/286‑8 (MQ=255)
tttCAC‑TCCTGATGCGTGTCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGt > 1:638821/1‑289 (MQ=255)
gATGCGTGTCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCTCTTTATGCACATCGCAGGTTACGCTGcc > 2:1180628/1‑288 (MQ=255)
gATGCGTGTCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCg < 1:1433051/289‑1 (MQ=255)
gATGCGTGTCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCg < 1:2257276/289‑1 (MQ=255)
aTGCGTGTCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTTGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCg > 2:1433051/1‑288 (MQ=255)
gCGTGTCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTG‑ATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAgg < 1:1150425/289‑1 (MQ=255)
tgtCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTgtcgc > 2:2581588/1‑249 (MQ=255)
tgtCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGgtg > 1:2724500/1‑289 (MQ=255)
gtCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGgtgt < 1:543128/289‑1 (MQ=255)
tctcGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTa > 2:2024671/1‑289 (MQ=255)
tctcGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTa > 1:2419543/1‑289 (MQ=255)
cgcTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACg < 2:2267956/270‑1 (MQ=255)
gctTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTaaa > 1:2042485/1‑289 (MQ=255)
agcagcagcGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGt > 2:82241/1‑289 (MQ=255)
gcagcGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCCTGTGGAGAGATTAAAGTGGTc > 2:32668/1‑286 (MQ=255)
agcGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTgtc > 2:1947308/1‑227 (MQ=255)
agcGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTgtc < 1:1947308/229‑3 (MQ=255)
agcGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGCTTAAAGTGGTCGATg > 1:659014/1‑288 (MQ=255)
agcGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTACAGTGGTCGATg > 2:744277/1‑288 (MQ=255)
agcGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATg > 1:2387279/1‑288 (MQ=255)
agcGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATg > 2:2113626/1‑288 (MQ=255)
gcGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCACAAAAAGTGGCGCGTGAATGACAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGACAGTTGGCCGCATCCGGCGGTGAATCTCGATGACCCCTTGTCGCGCTTCTTGCTCACCGCTGGCTCAGTCGCCGCACGTGTAGAGTTTACAGGGTTCGCTGac > 2:499025/1‑289 (MQ=255)
tttGCCCCGGTATGCTCGGCGCAACGCGGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGacg < 2:1914387/287‑1 (MQ=255)
gTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGac < 1:2722682/287‑1 (MQ=255)
ttGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGacg > 1:924834/1‑287 (MQ=255)
aCCTGTATGCTCGGGGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTCTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGAcgcacgca < 2:2205719/289‑1 (MQ=255)
ccTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACAcc > 2:105318/1‑236 (MQ=255)
gTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGACGCACGCAAGa > 1:1802881/1‑288 (MQ=255)
tGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATg > 1:447540/1‑186 (MQ=255)
tGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGACGCACGCAAGACCtt > 2:17189/1‑289 (MQ=255)
tGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCGGCCGCCGGTGTGGGGCTTAAATGGGTCGATGACGCACGCAAGACCtt > 2:1875247/1‑289 (MQ=255)
ggCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGc < 1:1087889/182‑1 (MQ=255)
ggCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGgtgt < 1:760387/248‑1 (MQ=255)
ggCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGACGCACGCAAGACCTTACCg > 1:1262929/1‑288 (MQ=255)
gcgcAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCg < 2:2598839/240‑1 (MQ=255)
cgcAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTgtcgc > 2:407211/1‑205 (MQ=255)
cgcAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGacgcacg < 2:1661215/273‑1 (MQ=255)
cgcAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGacgcacg > 1:1661215/1‑273 (MQ=255)
gcAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCgatg > 2:1441790/1‑196 (MQ=255)
cAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAAGTTACTAGGGAAACAAACCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTGTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGACGCACGCAAGACCTTACCGCCAgg < 2:726251/289‑1 (MQ=255)
cGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGACGCACGCAAGACCTTACCGCCAGGTTg < 1:2283446/289‑1 (MQ=255)
gCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGACGCACGCAAGACCTTACCGCCAGGTTGc < 2:1802881/289‑1 (MQ=255)
cGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTTCAGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGACGCACGCAAGACCTTACCGCCAGGTTGCGa < 2:2042485/289‑1 (MQ=255)
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tttcagcgcTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGACGCACGCAAGACCTTACCGCCAGGTTGCGAAGGTGAAGAAGCCTCGCGTGGCCCCAATGTGTTTATGGGGTATTTtga < 1:1350606/284‑1 (MQ=255)
ttgcagcgcTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGACGCACGCAAGACCTTACCGCCAGGTTGCGAAGGTGAAGAAGCCTCGCGTGGCCCCAATGTGTTTATGGGGTATTTtga < 1:2530185/284‑1 (MQ=255)
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gcTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAAACCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGACGCACGCAAGACCTTACCGCCAGGTTGCGAAGGTGAAGAAGCCTCGCGTGGCCCCAATGTGTTTATGGGGTATTTTGATGAAcc < 1:2689227/288‑1 (MQ=255)
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taaTGCCACGAGCGCGGCATTAAATGATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGAATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTAGGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGACGCACGCAAGACCTTACCGCCAGGTTGCGAAGGTGAAGAAGCCTCGCGTGGCCCCAATGTGTTTATGGGGTATTTTGATGAACCTGAATTAACCGCCCGTGCCCTGGATGAAGAAGGCTGGTATTACAGCGGCGAt < 2:1030307/287‑1 (MQ=255)
tGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGACGCACGCAAGACCTTACCGCCAGGTTGCGAAGGTGAAGAAGCCTCGCGTGGCCCCAATGTGTTTATGGGGTATTTTGATGAACCTGAATTAACCGCCCGTGCCCTGGATGAAGAAGGCTGGTATTACAGCGGCGATctct < 1:509339/289‑1 (MQ=255)
ccAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGACGCACGCAAGACCTTACCGCCAGGTTGCGAAGGTGAAGAAGCCTCGCGTGGCCCCAATGTGTTTATGGGGTATTTTGATGAACCTGAATTAACCGCCCGTGCCCTGGATGAAGAAGGCTGGTATTACAGCGGCGATCTCTg < 2:2413247/288‑1 (MQ=255)
gcagcGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGACGCACGCAAGACCTTACCGCCAGGTTGCGAAGGTGAAGAAGCCTCGCGTGGCCCCAATGTGTTTATGGGGTATTTTGATGAACCTGAATTAACCGCCCGTGCCCTGGATGAAGAAGGCTGGTATTACAGCGGCGATCTCTGCCGt > 1:210782/1‑289 (MQ=255)
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tAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCAGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGACGCACGCAAGACCTTACCGCCAGGTTGCGAAGGTGAAGAAGCCTCGCGTGGCCCCAATGTGTTTATGGGGTATTTTGATGAACCTGAATTAACCGCCCGGGCCCTGGAAGAAGAAGGCTGGTATTACAgcg > 1:316088/1‑263 (MQ=255)
ttaAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGACGCACGCAAGACCTTACCGCCAGGTTGCGAAGGTGAAGAAGCCTCGCGTGGCCCCa > 2:442451/1‑181 (MQ=255)
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tCCACAGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGACGCACGCAAGACCTTACCGCCAGGTTGCGAAGGTGAAGAAGCCTCGCGTGGCCCCAATGTGTTTATGGGGTATTTTGATGAACCTGAATTAACCGCCCGTGCCCTGGATGAAGAAGGCTGGTATTACAGCGGCGATCTCTGCCGTATGGATGAGGCTGGCTATATAAAAATTACCGGa > 2:1138628/1‑288 (MQ=255)
cacaGAAAGTTCGCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGTCGCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGACGCACGCAAGACCTTACCGCCAGGTTGCg < 2:80185/137‑1 (MQ=255)
|||
TGGCGTAACGGCACCATTCTTAATTGGCGCTCGCAGCGTGTTGTTAGATATTTTCAC‑TCCTGATGCGTGTCTCGCGCTGCTTGAGCAGCAGCGTTGCACCTGTATGCTCGGCGCAACGCCGTTTGTCTATGATCTTTTGAATGTACTAGAGAAACAACCCGCGGACCTTAGTGCGCTGCGTTTCTTTCTTTGCGGCGGAACCACAATCCCCAAAAAAGTGGCGCGTGAATGCCAGCAGCGCGGCATTAAATTATTAAGTGTTTATGGTTCCACAGAAAGTAGCCCGCATGCGGTGGTGAATCTCGATGATCCTTTGAGCCGCTTTATGCACACCGATGGTTACGCTGCCGCAGGTGTAGAGATTAAAGTGGTCGATGACGCACGCAAGACCTTACCGCCAGGTTGCGAAGGTGAAGAAGCCAGCCGTGGCCCCAATGTGTTTATGGGGTATTTTGATGAACCTGAATTAACCGCCCGTGCCCTGGATGAAGAAGGCTGGTATTACAGCGGCGATCTCTGCCGTATGGATGAGGCTGGCTATATAAAAATTACCGGACGC > CP042583/1465719‑1466277
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
