Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,805,922 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,805,922 | 0 | A | T | 99.5%
| 928.3
/ NA
| 387 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (177/208); minor base G (2/0); total (179/208) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,805,923 | 0 | G | C | 100.0%
| 931.1
/ NA
| 387 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (179/208); total (179/208) |
| * | CP042583 | 1,805,924 | 0 | T | A | 99.7%
| 932.3
/ NA
| 387 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (177/208); minor base G (1/0); total (179/208) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 387 total aligned reads displayed.
CGGGCAGCATCATCGGGATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTAGCCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGAAGTGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGAGTTTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCACGGTATAAGTTTCCCTTGCTTAACCCGTTGCTGGTAGCAATGGTGGTGATCATTCCTTTTTTAATGCTGACTGGCATCTCTTACGACAGCTACTTTAAAGGTAGCGAAGTGCTAAACGATCTGCTGCAACCGGCGGTCGTCGCGCTGGCCTATCCTTTATATGAGCAGCTACACCAGATCCGCGCGCGCTGGAAAA > CP042583/1805644‑1806197
|||
gggCAGCATCATCGGGATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAatga > 2:1380206/1‑289 (MQ=255)
agcaTCATCGGGATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGc > 1:332720/1‑289 (MQ=255)
aTGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCtggtg > 2:2466087/1‑289 (MQ=255)
cTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCtggtggtc > 1:1293778/1‑287 (MQ=255)
tGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCtggtggtca > 1:491582/1‑286 (MQ=255)
tGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCtggtggtca > 1:841090/1‑286 (MQ=255)
tGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCg < 1:1587187/289‑1 (MQ=255)
tttGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAGATGGGTCCATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCCCAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGTGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGTTGAACGGAAAGTCGTCTGTGAGAACGGATCAGACGCATGCTGGCGAATATCTGGTGGTTATTACCggt > 1:1324443/1‑287 (MQ=255)
tttGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACCGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGACGAATGATGGCGAATATCgggtgtgcattacctct > 2:2289328/1‑277 (MQ=255)
tttGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCtggtggtcattacc > 1:1212487/1‑278 (MQ=255)
ttGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACAGGGTGCACGTAAAGTCGTAGGTAAGAAAGGATCGGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTg > 1:39959/1‑289 (MQ=255)
ttGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGAGCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTg > 2:110529/1‑289 (MQ=255)
ctgGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGa > 1:757397/1‑258 (MQ=255)
cTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCt > 2:1825951/1‑289 (MQ=255)
ccGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGccgcccg < 1:2368085/289‑1 (MQ=255)
gTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTggcgg < 2:2377005/288‑1 (MQ=255)
gTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTggcgg < 1:2422996/288‑1 (MQ=255)
tCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTggcggc < 1:2298759/288‑1 (MQ=255)
tCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCa < 2:942693/289‑1 (MQ=255)
cAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCa < 1:14421/288‑1 (MQ=255)
cAAGCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGGTCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGAGTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCa < 2:39959/288‑1 (MQ=255)
cTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCtg < 2:2125840/221‑1 (MQ=255)
cTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTggcgg < 1:201218/274‑1 (MQ=255)
tACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCg > 2:1574424/1‑233 (MQ=255)
tACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCCCGGTATAAGTTTc > 2:1559935/1‑288 (MQ=255)
tACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCACGGTATAAGTTTc > 1:1010679/1‑288 (MQ=255)
aCGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCACGGTATAAGTTTccc < 1:933817/289‑1 (MQ=255)
aCTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGa > 1:2049853/1‑232 (MQ=255)
aCTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGa < 2:2049853/232‑1 (MQ=255)
cTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTTAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCACGGTATAAGTTTCCCTTGCt < 2:252976/289‑1 (MQ=255)
tGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCACGGTATAAGTTTCCCTTGCtt > 1:1361524/1‑289 (MQ=255)
aTTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCTGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCACGGTATAAGTTTCCCTTGCTTa > 1:693530/1‑288 (MQ=255)
aTTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGt < 2:1487264/238‑1 (MQ=255)
aTTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGAGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGAAATTGATTGTTTTTTTTACCTCCAGCAAACTGGCGGCACGGTTATGGTTTCCCTTGATTa > 2:585197/1‑288 (MQ=255)
cTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCa < 1:1845020/261‑1 (MQ=255)
cTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCACGGTATAAGTTTCCCTTGCTTAACCCGt > 1:74015/1‑289 (MQ=255)
tatGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCACGGTATAAGTTTCCCTTGCTTAACCCGTTGc < 1:559463/289‑1 (MQ=255)
cgcTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCCTTTTTGCCGCCCGCAACCTGGCGGCACGGCATCAGTTTCCCTTGCTTTACCCGTTGCTTGtt > 2:645422/1‑288 (MQ=255)
tATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCACGGTATAAGTTTCCCTTGCTTAACCCGTTGCTGGt > 2:164910/1‑285 (MQ=255)
tATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCACGGTATAAGTTTCCCTTGCTTAACCCGTTGCTGGTAGCa > 1:1744946/1‑289 (MQ=255)
aTTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATTAAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGGGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCACGGTATAAGTTTCCCTTGCTTAACCCGTTGCTGGTAGCaa < 2:836068/289‑1 (MQ=255)
aTTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGCGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCACGGTATAAGTTTCCCTTGCTTAACCCGTTGCTGGTAGCaa < 1:317320/289‑1 (MQ=255)
ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCACGGGATAGGTTTCCCTTGCTTAACCCGTTGCTGGTAGCAAt > 1:877628/1‑289 (MQ=255)
tgtgCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACattgatt > 1:2232660/1‑213 (MQ=255)
tgtgCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCACGGtata > 2:317328/1‑250 (MQ=255)
gCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCACGGTATAAGTTTCCCTTGCTTAACCCGTTGCTGGTAGCAATGGTGGTGa > 2:1915266/1‑289 (MQ=255)
cATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATGGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACAGGCGGCACGGTATAAGTTTTCTTTGCTTAACCCGTTGCTGGTAGCCATGGTGTTTGTCATTACTTTTTTTAt > 2:2096579/1‑287 (MQ=255)
aTGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCtg < 1:1119269/166‑1 (MQ=255)
aTGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCa > 2:12835/1‑221 (MQ=255)
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tAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCACGGTATAAGTTTCCCTTGCTTAACCCGTTGCTGGTAGCAATGGTGGTGATCATTCCTTTTTTAATGCTGACTGGCATCTCTTACGACAGc > 2:2419418/1‑271 (MQ=255)
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cTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCACGGTATAAGTTTCTCTTGCTTAACCCGTTTCTGGTAGCAATGGTGGTGATCATTCCTTTTTTAATGCTGACTGGCATGTATTAGGACAGCGACTTTAAAGGTATCGAGGTGCGAAACg > 2:2248040/1‑289 (MQ=255)
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aaGTCGTAGGTCAGAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCACGGTATAAGTTTCCCTTGCTTAACCCGTTGCTGGTAGCAATGGTGGTGATCATTCCTTTTTTAATGCTGACTGGCATCTCTTACGACAGCTACTTTAAAGGTAGCg > 1:246706/1‑206 (MQ=255)
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gAAAGGATCAGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGTCATTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCACGGTATAAGTTTCCCTTGCTTAACCCGTTGCTGGTAGCAATGGTGGTGATCATTCCTTTTTTAATGCTGACTGGCa < 1:1878138/163‑1 (MQ=255)
|||
CGGGCAGCATCATCGGGATGCTGATCCTGTTTGTCCTGCTGGCCTTGCAAATTCTTCCGGCAAAATGGGTCAATCCGGGGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTAGCCAACTGGTACACGGTGAACGTAAAGTCGTAGGTCAGAAAGGAAGTGAAGAATGATGGCGAATATCTGGTGGAGTTTACCGCTGACATTGATTGTCTTTTTTGCCGCCCGCAAACTGGCGGCACGGTATAAGTTTCCCTTGCTTAACCCGTTGCTGGTAGCAATGGTGGTGATCATTCCTTTTTTAATGCTGACTGGCATCTCTTACGACAGCTACTTTAAAGGTAGCGAAGTGCTAAACGATCTGCTGCAACCGGCGGTCGTCGCGCTGGCCTATCCTTTATATGAGCAGCTACACCAGATCCGCGCGCGCTGGAAAA > CP042583/1805644‑1806197
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
