Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,815,589 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,815,589 | 0 | A | T | 100.0%
| 1019.8
/ NA
| 421 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (222/199); total (222/199) |
| * | CP042583 | 1,815,590 | 0 | C | G | 100.0%
| 1007.2
/ NA
| 421 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (222/199); total (222/199) |
| * | CP042583 | 1,815,591 | 0 | T | A | 99.1%
| 996.9
/ NA
| 421 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (222/195); minor base G (0/4); total (222/199) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 421 total aligned reads displayed.
GGTAGTGCTTGAGATAAATGCTCGGCGGGGCAGTAGAGTTAATGAAGTGTTACTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTACTGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATACTAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATACTGAGATGTAACGGAATCGCAATGCCATTATCTTTTAATGCTGTCAGTGCGCCAGCGGCCA > CP042583/1815317‑1815869
|||
ggTAGTGCTTGAGATAAATGCTCGGCGGGGCAGTAGAGTTAATGAAGTGTTACTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGAt < 1:2462899/284‑1 (MQ=255)
cTTGAGATAAATGCTCGGCGGGGCAGTAGAGTTAATGAAGTGTTACTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGAAtt > 2:803857/1‑289 (MQ=255)
ttGAGATAAATGCTCGGCGGGGCAGTAGAGTTAATGAAGTGTTACTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCAtt < 1:2115498/288‑1 (MQ=255)
gagaTAAATGCTCGGCGGGGCAGTAGAGTTAATGAAGTGTTACTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTTCATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTg > 1:427566/1‑289 (MQ=255)
gagaTAAATGCTCGGCGGGGCAGTAGAGTTAATGAAGTGTTACTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTg > 1:670583/1‑289 (MQ=255)
gagaTAAATGCTCGGCGGGGCAGTAGAGTTAATGAAGTGTTACTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTg > 2:1550226/1‑289 (MQ=255)
gaTAAATGCTCGGCGGGGCAGTAGAGTTAATGAAGTGTTACTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATCCGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGCAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGc > 2:1026498/1‑289 (MQ=255)
gaTAAATGCTCGGCGGGGCAGTAGAGTTAATGAAGTGTTACTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTgt < 2:828814/288‑2 (MQ=255)
tCGGCGGGGCAGTAGAGTTAATGAAGTGTTACTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCg > 2:1341743/1‑288 (MQ=255)
tCGGCGGGGCAGTAGAGTTAATGAAGTGTTACTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGa < 1:33359/289‑1 (MQ=255)
gagTTAATGAAGTGTTACTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACg > 1:1024347/1‑288 (MQ=255)
ttAATGAAGTGTTACTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTTTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAGGTTACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGAGGTTACATCCCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCAGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGAGAGGCACt > 1:1135021/1‑289 (MQ=255)
aaTGAAGTGTTACTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTa > 1:1775858/1‑288 (MQ=255)
gAAGTGTTACTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGt < 1:1938354/289‑1 (MQ=255)
gtTACTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCa < 2:473553/289‑1 (MQ=255)
aCTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATaa > 1:60568/1‑289 (MQ=255)
aCTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATaa > 1:1843135/1‑289 (MQ=255)
aaCGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTACCGTCGGCATacaaca > 2:1234361/1‑289 (MQ=255)
aaCGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACa > 2:2069440/1‑289 (MQ=255)
cGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGt > 2:704093/1‑289 (MQ=255)
cGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGAGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAGCGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCGGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGTCGCACTAACATCGGCATAAAACAgg > 2:516671/1‑288 (MQ=255)
ccGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGt < 2:1667560/273‑1 (MQ=255)
ccGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGt > 1:1667560/1‑273 (MQ=255)
cGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGtggc < 1:550730/289‑1 (MQ=255)
tCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCa < 2:1175245/288‑1 (MQ=255)
tttttAACATTCGTTCTTCCATTCCCGGTGACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGACAAACGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTAAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAgg < 2:734468/289‑1 (MQ=255)
ttttAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGa < 2:752673/289‑1 (MQ=255)
tAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCa < 2:898112/289‑1 (MQ=255)
ttCGTTCTTCCCTTGCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATTACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATAtt < 1:2701503/289‑1 (MQ=255)
ttCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCTGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATAACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATAtt < 2:2198790/289‑1 (MQ=255)
tcttcCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCctg < 2:218056/289‑1 (MQ=255)
aagCCGGGTAACGGGCCAGAAAAGGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGccc < 2:1135021/287‑1 (MQ=255)
cccGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGa > 2:1271501/1‑228 (MQ=255)
ggTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTg < 1:914446/287‑1 (MQ=255)
ggTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTg > 2:914446/1‑287 (MQ=255)
tAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCa < 2:333854/239‑1 (MQ=255)
cTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGAt < 1:2502777/181‑1 (MQ=255)
gttATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCAttga < 1:2289571/289‑4 (MQ=255)
gCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTTAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATgg > 1:473217/1‑289 (MQ=255)
tGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGa < 1:2179688/289‑1 (MQ=255)
ttACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAAt < 1:2425429/283‑1 (MQ=255)
ggCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATAtt < 2:2616290/222‑1 (MQ=255)
ggCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACg < 1:1315302/289‑1 (MQ=255)
aCTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTc > 1:1563891/1‑289 (MQ=255)
aCTGTTAAATTCGGGTTACAACGTTAAAACAGGGTAATTATAGCTATCACATTGTTAAGATACTTCGAAATCCCTCACGGTTTGAAAGGGGTTACCTCGCCTGATTTGTTGAGTTCGTGGTCGCCGCCGCATTCTAGCGTGTGGCGACAGAATGGGGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTc < 2:654224/289‑1 (MQ=255)
ttACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGa > 1:2248296/1‑154 (MQ=255)
cATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGa > 1:2665018/1‑151 (MQ=255)
aCGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGAt < 1:2641032/188‑1 (MQ=255)
gggTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGc < 1:1274276/195‑1 (MQ=255)
gggTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGcc > 2:1901234/1‑203 (MQ=255)
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tGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTTCGGGTCGGTGTAACTGGCGCTGGGAATATCATCGAAACAGATGATTGTGTGATGTAAGGGCAACGCAAAGCCATTATATTTTAATGTTGGTTGTGCGACAGCGGccg > 2:1470691/1‑288 (MQ=255)
|||
GGTAGTGCTTGAGATAAATGCTCGGCGGGGCAGTAGAGTTAATGAAGTGTTACTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTACTGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATACTAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATACTGAGATGTAACGGAATCGCAATGCCATTATCTTTTAATGCTGTCAGTGCGCCAGCGGCCA > CP042583/1815317‑1815869
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
