Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,942,556 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,942,556 | 0 | A | T | 98.7%
| 719.8
/ NA
| 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (156/146); minor base C (4/0); total (160/146) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.24e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,942,557 | 0 | G | C | 99.7%
| 724.8
/ NA
| 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (159/144); minor base T (0/1); total (159/145) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,942,558 | 0 | T | A | 99.3%
| 716.5
/ NA
| 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (158/143); total (159/145) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
TGGCAACCCGATGAAACGCGTTATGCGGAAATCAGTCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCAGTTTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGAAAGGCAAAAGCGCAGGATTTTTACTGCTGGGAATCACCTGCGGCATGGGGGTGATGACCAAAGGTTTTCTCGCCCTTGCCGTGCCGGTATTAAGCGTGCTGCCATGGGTAGCGACGCAAAAACGCTGGAAAGATCTCTTTATTTACGGCTGGCTGGCGGTTATCAG > CP042583/1942277‑1942836
|||
tGGCAACCCGATGAAACGCGTTATGCGGAAATCAGTCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTa < 2:2068644/289‑1 (MQ=255)
gCAACCCGATGAAACGCGTTATGCGGAAATCAGTCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTAtt > 2:2563936/1‑289 (MQ=255)
ccGATGAAACGCGTTATGCGGAAATCAGTCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTTTGCGCTTATGGCGCGATAACCGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTACCATTTTTTATTGCCTa > 2:1554501/1‑289 (MQ=255)
cGATGACACGCGTTATGCGGAAATCAGTCGAGAAATGCTTGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCCGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTAt < 1:1954873/289‑1 (MQ=255)
gATGAAACGCGTTATGCGGAAATCAGTCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATg < 1:2481619/289‑1 (MQ=255)
taCGTGTTATGCGGAAATCAGGCGAGAAATGTGGGATTCCGGCGACTGGATTGTGCCACATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGCCCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATc < 2:2488180/288‑1 (MQ=255)
aaCGCTTTATGCGGAATTCAGTCTAGAAGTCCTGGCATCGGGTAACTGGTTTGGGCCCCTGTTTTTAGGGCTACTTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATGTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATc < 1:1106725/289‑1 (MQ=255)
aCGCGTTATGCGGAAATCAGTCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTa > 1:926340/1‑274 (MQ=255)
gcgTTATGCGGAAATCAGTCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTATATTGTCTATGCCATc > 2:2202687/1‑286 (MQ=255)
tGCGGAAATCAGTCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCCCAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCCATGCCCTCGGCCCttct > 2:2293738/1‑287 (MQ=255)
ggAAATCAGTCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGc < 2:457538/288‑1 (MQ=255)
cGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGAt < 2:1243737/288‑1 (MQ=255)
aaaTGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGt < 2:845804/288‑1 (MQ=255)
aTCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGTGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCAtt < 1:2192878/288‑1 (MQ=255)
cGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTctggct < 1:1678191/288‑1 (MQ=255)
tttGTGCCCCATCTGTTAGGGCTAGGTGATTTCGAAAAACCCTTTGCCGGAGACTGGATTAACGGCATTGGTCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCg < 2:585692/287‑1 (MQ=255)
aTTGTGCCCCAGCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCAATGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCg < 2:1422297/288‑1 (MQ=255)
ccccATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTAAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCgg < 1:849197/236‑1 (MQ=255)
cATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTa < 2:1123770/217‑1 (MQ=255)
gTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCCCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTTCTCGCTCCGTTTTTTTCATTCTGGCTGGGTGTGGGTAtgttgacatc > 2:1178157/1‑281 (MQ=255)
cTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATc > 1:1653212/1‑219 (MQ=255)
cTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTctggctg > 2:2351209/1‑288 (MQ=255)
cTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTGACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTTTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTGctggctgg > 1:1606125/1‑289 (MQ=255)
aCGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTTCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGTTGGTGGCGGGAATGTTCAGCTTCTGGCTGGCa > 2:1747749/1‑289 (MQ=255)
gTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGc > 1:2616722/1‑272 (MQ=255)
gTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAAt > 2:2061094/1‑289 (MQ=255)
gTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAAt < 1:2431075/289‑1 (MQ=255)
ttATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATg < 2:764415/289‑1 (MQ=255)
cggaaaaCCCATTGCCGGTTACTGGATTACCAGATTTGGGCAAGGGCTATTGGGCGCTAATAACTTTGTTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGTCCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGca < 2:925968/286‑1 (MQ=255)
cGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGAGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGca < 1:1178157/289‑1 (MQ=255)
aaaaaCCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGcaca > 2:2654017/1‑289 (MQ=255)
aaCCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGAc < 1:1668311/289‑1 (MQ=255)
aTTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGa < 1:802326/289‑1 (MQ=255)
tgATTAAGAGCATTGGGCAAGGGCTGTTTGGCGCGAATAGATTTGGTGTGCGGGCAGTCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGAAAGGCAAAAgcgc < 1:2654216/288‑1 (MQ=255)
ggATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGAAAGGCAAAAgcgc < 1:2022058/289‑1 (MQ=255)
gtttAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGGGAATAACTTTGGTGGGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGCCCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGAAAGGCAAAAgcgc < 2:2464915/286‑1 (MQ=255)
gATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGAAAGGCAAAAGCGCa > 1:1009372/1‑289 (MQ=255)
gATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGACAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCCGGCTGGCCATGCAGGCAGCGGCGCGGAAAGGTAAAAGCGCa > 2:2020794/1‑289 (MQ=255)
gATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGAGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTAt > 2:2135624/1‑213 (MQ=255)
aCAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCgg < 1:966930/228‑1 (MQ=255)
aTTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGt > 2:1806354/1‑199 (MQ=255)
aTTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGAAAGGCAAAAGCGCAGGAttttt > 1:1773160/1‑287 (MQ=255)
aTTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGAAAGGCAAAAGCGCAGGAttttt > 1:1503637/1‑287 (MQ=255)
aTTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGAAAGGCAAAAGCGCAGGATTTTTa < 1:414611/288‑1 (MQ=255)
ggCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGAAAGGCAAAAGCGCAGGATTTTTAct > 1:774313/1‑286 (MQ=255)
tGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTTCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCGTCTGGCTGGCAATTGCGGACCAGAGGGGGAAAGGCAAAAGCGCCGGATTTTTACTGCTGGGaa > 2:1953405/1‑289 (MQ=255)
tGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGAAAGGCAAAAGCGCAGGATTTTTACTGCTGGGaa > 2:789331/1‑289 (MQ=255)
tGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCCGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGa < 1:2278138/216‑1 (MQ=255)
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aTTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTc > 1:245483/1‑178 (MQ=255)
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tGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGAAAGGCAAAAGCGCAGGATTTTTACTGCTGGGAATCACCTGCGGCATGGGGGTGATGACCAAAGGTTTTCTCGCCCTTGCCGTGCCGGt > 1:353807/1‑289 (MQ=255)
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tGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGAAAGGCAAAAGCGCAGGATTTTTACTGCTGGGAATCACCTGCGGCATGGGGGTGATGACCAAAGGTTTTCTCGCCCTTGCCGTGCCGGTATTAAGc > 2:340842/1‑289 (MQ=255)
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tGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGAAAGGCAAAAGCGCAGGATTTTTACTGCTGGGAATCACCTGCGGCATGGGGGTGATGACCAAAGGTTTTCTCGCCCTTGCCGTGCCGGTATTAAGCGtg > 2:376631/1‑258 (MQ=255)
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gatcGTCTGGATGTACTCGTAACGGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTGTGCCATCGGCACTTGTGCAGTGCTCGTTCCGTTTATTGGATGCTGGCTGGTGGGGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGGAGGAACAGACGTGGAAAGGCAAAAGCGCAGGATTTTTACTGCTGGGAATCACCTGCGGCATGGGGGGGATGACCAAAGGTTTTCTCGCCCTTGCCGTGCCGGTATTAGGCGTGCTGCCATGGGTAGCGACGCAAACACGCTGGAAAGATctct < 2:1616393/286‑1 (MQ=255)
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cacaGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGAAAGGCAAAAGCGCAGGATTTTTACTGCTGGGAATCACCTGCGGCATGGGGGTGATGACCAAAGGTTTTCTCGCCCTTGCCGTGCCGGTATTAAGCGtg < 1:116547/229‑1 (MQ=255)
aGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGAAAGGCAAAAGCGCAGGATTTTTACTGCTGGGAATCACCTGCGGCATGGGGGTGATGACCAAAGGTTTTCTCGCCCTTGCCGTGCCGGTATTAAGCGTGCTGCCATGGGTAGCGACGCAAAAACGCTGGAAAGATCTCTTTATTTACGGCTGGCTGGCGGtt > 2:2430124/1‑289 (MQ=255)
tAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGAAAGGCAAAAGCGCAGGATTTTTACTGCTGGGAATCACCTGCGGCATGGGGGTGATGACCAAAGGTTTTCTCGCCCTTGCCGTGCCGGTATTAAGCGTGCTGCCATGGGTAGCGACGCAAAAACGCTGGAAAGATCTCTTTATTTACGGCTGGCTGGCGGTTa > 1:560119/1‑288 (MQ=255)
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tttATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGAAAGGCAAAAGCGCAGGATTTTTACTGCTGGGAATCACCTGCGGCATGGGGGTGATGACCAAAGGTTTTCTCGCCCTTGCCGTGCCGGTATTAAGCGTGCTGCCATGGGTAGCGACGCAAAAACGCTGGAAAGATCTCTTTATTTACGGCTGGCTGGCGGTTATCAg < 1:1225075/289‑1 (MQ=255)
tttATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGAAAGGCAAAAGCGCAGGATTTTTACTGCTGGGAATCACCTGCGGCATGGGGGTGATGACCAAAGGTTTTCTCGCCCTTGCCGTGCCGGTATTAAGCGTGCTGCCATGGGTAGCGACGCAAAAACGCTGGAAAGATCTCTTTATTTACGGCTGGCTGGCGGTTATCAg < 2:120211/289‑1 (MQ=255)
|||
TGGCAACCCGATGAAACGCGTTATGCGGAAATCAGTCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCAGTTTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGAAAGGCAAAAGCGCAGGATTTTTACTGCTGGGAATCACCTGCGGCATGGGGGTGATGACCAAAGGTTTTCTCGCCCTTGCCGTGCCGGTATTAAGCGTGCTGCCATGGGTAGCGACGCAAAAACGCTGGAAAGATCTCTTTATTTACGGCTGGCTGGCGGTTATCAG > CP042583/1942277‑1942836
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
