Isopropanol tolerance of Escherichia coli: Isopropanol_tolerance_of_Escherichia_coli
Stats |
Metadata |
Mutations |
Converged Mutations |
Fixed Mutations |
Filter
Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate | Predicted Mutations | Mean Coverage | Total Reads | Percent Mapped | Mapped Reads | Average Read Length |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A6 F210 I1 R1 | 4928 | 340.1 | 5480506 | 96.9% | 5310610 | 252.0 |
Breseq alignment
| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 3,356,914 | Δ1 bp | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 3,356,914 | 0 | A | . | 99.4% | 1508.7 / 1.9 | 332 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base . (163/166); minor base T (1/1); total (165/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
Only 100 of 332 total aligned reads displayed.
TTGGGATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAATATAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATACGCGCCCCGGTAATGATCCCCGCCTGCTTCATTTTCTCTACTCGAACGTGAATCGTCCCCGGACTGACGCCAAATTGTTTCGCCAGTTCGGCGTAAGCGGTGCGCGCATTGCCCATTAATGCTTCCAGGATGCCACGGTCCAGATTGTCGATCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAA > CP042583/3356637‑3357199 | gggATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAAT‑TAATGCCGATAAag < 1:1195712/289‑1 (MQ=255) gggATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAAT‑TAATGCCGATAAag < 1:2157995/289‑1 (MQ=255) cgaCCTGTTGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCATGGCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGGGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAAT‑TAATGCCGGTAAAGCAGcc < 2:1247712/287‑1 (MQ=255) cTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAAT‑TAATGCCGATAAAGCAGcc < 1:256700/289‑1 (MQ=255) aCCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAAT‑TAATGCCGATAAAGCAGCCt > 1:38795/1‑288 (MQ=255) aCCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGGGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCATGCCGGAAGGGTAGTCTTTGGGGCTCTTTAA‑CTAATGCCGATAAAGGAGCCt > 2:1068559/1‑288 (MQ=255) gtgGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAAT‑TAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTc > 1:835066/1‑289 (MQ=255) 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gCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAAT‑TAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATAcg < 1:1392141/288‑1 (MQ=255) ttGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAAT‑TAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATACgcgc < 2:1630639/289‑1 (MQ=255) tGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAAT‑TAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATACGCGcc < 1:521260/289‑1 (MQ=255) gATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAAT‑TAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATACGCGccc < 2:1994701/289‑1 (MQ=255) tACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAGTTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAAT‑TAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATACGCGCCCCGGTa > 2:1719113/1‑289 (MQ=255) tACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAAT‑TAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATACGCGCCCCGGTa > 1:2535889/1‑289 (MQ=255) 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tCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAAT‑TAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATACgcgc > 1:2413940/1‑255 (MQ=255) aggTCTCGGTAGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGCTCTTTTTGATTAGTACATGCTGGATAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAAT‑TAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATACGCGCCCCGGTAATGATCCCCGCCTGCTTCATTTTCTCTACt < 2:1180572/287‑1 (MQ=255) aTGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATTTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAAT‑TAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATACGCGCCCCGGTAATGATCCCCGCCTGCTTCATTTTCTCTACt < 2:839440/289‑1 (MQ=255) 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ggTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAAT‑TAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATACGCGCCCCGGTAATGATCCCCGCCTGCTTCATTTTCTCTACTCGAACGt > 2:1321723/1‑289 (MQ=255) ggTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAAT‑TAATGCCGATAAAGCAGCCTACGGCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATACGCGCCCCGGTCATGCTCCCCGCCTGCTTCATTTTTCTTACTCGAACGt > 2:2040861/1‑289 (MQ=255) ggTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCCCTTTAAT‑TAATGCCGATAAAGAAGCCTACGTCATAACCGAGCTGATTCGGGCTGACATCAACACGCCCCCCGGTAATTATCCCCCCCCGCTTCCTTTTCCCTTCTCTAACGt > 2:2324542/1‑289 (MQ=255) 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aCTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATAACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAAT‑TAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATACGCGCCCCGGTAATGATCCCCGCCTGCTTCATTTTCTCTACTCGAACGTGAAt < 2:479821/288‑1 (MQ=255) ttCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAAT‑TAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATACGCGCCCCGGTAATGATCCCCGCCTGCTTCATTTTCTCTACTCGAACGTGAATCGTCCCCg > 2:1484307/1‑289 (MQ=255) aTCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAAT‑TAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATACGCGCCCCGGTa > 1:959116/1‑224 (MQ=255) 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cATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAAT‑TAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATACGCGCCCCGGTAATGATCCCCGCCTGCTTCATTTTCTCTACTCGAACGTGAAt < 2:564648/249‑1 (MQ=255) gCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACTTCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAAT‑TAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATACGCGCCCCGGTAATGATCCCCGCCTGCTTCATTTTCTTTACTCGAACGTCAATCGTCCCAGGACTCACGCCAAAATGTTTCGCCAGTTCTGCGTaa > 1:1682194/1‑289 (MQ=255) gCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTTCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAAT‑TAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATACGCGCCCCGGTAATGATCCCCGCCTGCTTCATTTTCTCTACTCGAACGGCAATCGTCCCCGGACTGACCTCCAATTGTTTCGCCAGTTCgggtta > 2:2600666/1‑284 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |