Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A23 F0 I0 R1
|
20 |
203.6 |
4017998 |
92.9% |
3732720 |
250.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,066,465 |
T→C |
40.8% |
K286R (AAG→AGG) |
insH1 ← |
IS5 transposase and trans‑activator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,066,465 | 0 | T | C | 40.8%
| ‑6.6
/ 5.3
| 11 | K286R (AAG→AGG) | insH1 | IS5 transposase and trans‑activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/4); new base C (2/2); total (5/6) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.72e-02 |
CCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCGCCCGAAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGGTGCTC‑CACCTTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGG > NC_000913/2066239‑2066732
|
ccGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCGCTCGAAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCACTTGTATCTGGCTTGCACGAAGCCGAACTGTCGCATGATGATGCGAAATGGGTGCTCACACC‑TGGCCCGGATGCTGGCCTTAATGCACTCGATTTTGATGGCCCTTTTg > 2:658924/1‑274 (MQ=1)
tgtAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCGGTTTTTAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCGCCCGAAACAGGTTGGCTAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACACCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCCCTTGATGGTGCGAAATGGGTGCTC‑CACCTCAGCCGGCATGCTGGCTTTTCTGGCTTCGAGGTTGTTGGCCGTTTGGTTCTTGCCTGGATGCTGTTTCATGGTTGTTa > 2:22057/3‑281 (MQ=11)
cTGACGTATCATTTGGTCCGCCCGAAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGAAACCCCTTGTCGCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGGTGCTC‑CACCTCGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGCTGCTGTTTCAAGGTTCTTACTTTTCCGGGGCGCTCGGCGCTCAGCCGCTCACCATACACCTCGGcccacccctcccgtt > 2:1588904/1‑268 (MQ=11)
cAGCATGAAGAAGCTCGCCAGTTGGGTGTCGTTTTTCAGAATCCCTTTGGTTGGTGCTTTAACAAAGCCGAACGGTTGCTTGATGATGGGAAATGGGTGCTC‑CCCCTTGGCCCGGGTGCTGTCTTTCAGGTAATCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATTCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCGCGGCGATCATCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTAATCGCGCTGTGGCGCCCCTTGCTAGCCGGCATCTGCTGAGACaaa < 2:1113536/282‑1 (MQ=11)
agcATCACCAGCTGGGTAGCGGTTTTGAGCAACCCCTTCGTGCTGGCTTTAACGAAGCCGACATTGCGCTTGATGATGCCAAATGGGGGCTC‑CACCTCGGCGCGGTTGCTGGGTTGCATGTATTCGAGGTTGATGGCCGTTTTTTTCTTGCCTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCCCATCCACCTCGGCCAGCTCTTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCCGCATCGGTTGAGACAAATTGCTCctct < 2:41899/280‑1 (MQ=11)
ccTGGCTTTCAAAAACCCGTACTGTCGGTTGATGTTGCGGATTCGTTGTTC‑CACCTTGCGCTGGAGGCTGGATTTGATGTATTGGTTGTTGTTGTCGGTTTTGGTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTGCCTGGCCGAGCCGCTCGGCGTTCAGCCAGTCCACAGCCGCCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTTGCGCACCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATACTCGtt < 2:576036/281‑1 (MQ=11)
tgaggCGTAAGGGGTGCAC‑CACCTGGGCGTGGATGTTGGGTTTATTGTTTTAGAAGTTGTGGGCCTCTTGGTTCTTGCGTGGGTGCTGGTTCAGGGTTCTTCCCTTGGCGGGGCGCTGCGCGACCTGCCAGTCCACATCCGCCTCGGCCGGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGGGACAAATTGCTCCTCGCCGTGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACGAGGCTGTGGGTCAGGc < 2:1068617/282‑1 (MQ=11)
cGAAATGGGTCCTC‑CACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGctc < 1:1194133/282‑1 (MQ=14)
aaTGGGTTCTC‑CACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATTTTGATGGCCGTTTTGTTCTTTCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTg < 1:1279285/282‑1 (MQ=14)
aTGGGTGCTC‑CACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTg > 1:263686/1‑281 (MQ=14)
tGGGTGCTC‑CACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGCCTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTgg > 2:1572554/1‑281 (MQ=14)
|
CCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCGCCCGAAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGGTGCTC‑CACCTTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGG > NC_000913/2066239‑2066732
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
