Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A10 F1 I0 R1
|
24 |
98.3 |
1808504 |
95.4% |
1725312 |
265.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
RA |
NC_000913 |
3,992,438 |
T→G |
17.5% |
L429* (TTA→TGA) |
cyaA → |
adenylate cyclase |
|
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
* | NC_000913 | 3,992,438 | 0 | T | G | 17.5%
| 444.2
/ 104.1
| 193 | L429* (TTA→TGA) | cyaA | adenylate cyclase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (77/81); new base G (15/19); total (93/100) |
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.07e-01 |
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.59e-01 |
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
TGTGCGAAAAGCTCAGCCGTGAACGCGCCTGCGTAGGCTGGCGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCAGCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACTGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCTGCTGACCTCGCGCACCCGTTTGTATATTAAAGGTAACGGCATTGTCGATTTGCCTAAGTTGCA > NC_000913/3992150‑3992714
|
tgtgCGAAAAGCTCAGCCGTGAACGCGCCTGCGTAGGCTGGCGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCAtt > 1:377399/1‑289 (MQ=255)
tgCGAAAAGCTCAGCCGTGAACGCGCCTGCGTAGGCTGGCTTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGAGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGGCAGCGGGATATCGGCGTGCTGAAGCGTAAGATGTTTACAGCGTTTGAAGCATTa > 2:780231/1‑288 (MQ=255)
tgCGAAAAGCTCAGCCGTGAACGCGCCTGCGTAGGCTGGCGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGCAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTTCTCGATGCGATGATGCAGAGCTACCGTACTCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCCCCGCCAGTCCGCAGGCTACCCGCCTTCTTCCGCGTAAGCTGTACGCCGCGTTTGAAGCATTa > 2:530767/1‑288 (MQ=255)
tgCGAAAAGCTCAGCCGTGAACGCGCCTGCGTAGGCTGGCGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTa > 1:333520/1‑288 (MQ=255)
tgCGAAAAGCTCAGCCGTGAACGCGCCTGCGTAGGCTGGCGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTa > 1:51858/1‑288 (MQ=255)
tgCGAAAAGCTCAGCCGTGAACGCGCCTGCGTAGGCTGGCGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTa > 1:678417/1‑288 (MQ=255)
tgCGAAAAGCTCAGCCGTGAACGCGCCTGCGTAGGCTGGCGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTa > 1:269547/1‑288 (MQ=255)
tgCGAAAAGCTCAGCCGTGAACGCGCCTGCGTAGGCTGGCGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTa > 2:112215/1‑288 (MQ=255)
tgCGAAAAGCTCAGCCGTGAACGCGCCTGCGTAGGCTGGCGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTa > 1:750620/1‑288 (MQ=255)
tgCGAAAAGCTCAGCCGTAAACGCGCCTGCGTAGTCTGGCGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCCCGCTAACTGGATGATTGATCAGGTGCGTGCGGC‑GCACAACGAGTTGATCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTTATCTGATCCGCTCTGCGCGTCCCAATAACCTTAGCGTCTTCGCCAGTCCTCAGGATACCGGCGTGCTGCTGCGTAACCTGTATGACGCGGTTGAAGCATTa > 2:327193/1‑288 (MQ=255)
cGAAAAGATCAGCCGTGAACGGGCCGGCGTAGGCTGGCGTCGCGCAGTGTTGGGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCTATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTAcc < 2:158679/288‑1 (MQ=255)
cgggAACGCGCCTGCGTAGGCTGGCGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATGACCAGGTAAAGTGAc < 1:714030/284‑1 (MQ=255)
cGTGAACGCGCCTGCGTAGGCTGGCGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGAc < 1:247095/287‑1 (MQ=255)
gcCTGCGTAGGCTGGCGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAAc > 1:727410/1‑288 (MQ=255)
gcCTGCGTAGGCTGGCGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAAc > 2:850722/1‑288 (MQ=255)
tGCGTAGACTGGAGTGGCGAAGGGTTGAGCCAGGTACGAGGCGGTTGGGGTTTGGAGGAAGGTCAGGGGGAAGTGCTCGAGAACCGAGTTAACTGGAGGATGGAACGGGTGCGGGAGGC‑GCTGAACGAGTTGCTGGCCGGGATGATACAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCGATGCGCGTCGCAATAACCTTGGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTCAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTACAGTGACGCTGGTAAACCCg < 2:784062/288‑1 (MQ=255)
gCGTAGGCTGGCGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATGACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGc < 2:43698/288‑1 (MQ=255)
tGGCGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATCTCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATAACCAGGCAAAGGGACGCTGGTAAACCCGCAGATTCCa > 2:800181/1‑288 (MQ=255)
cGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATGACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCg > 1:470556/1‑289 (MQ=255)
cGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCT‑‑TCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGa > 1:182411/1‑288 (MQ=255)
ggggcaggGTTGAGCCAGTTAGGGAGCGAGTGGGGTTGGGCCGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAtcacccgatctct < 2:51858‑M1/285‑14 (MQ=255)
gtgtTGAGCCAGTTAGTGTGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGCGTTTCTCGACGCCATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCCCCGCCAGGCCGCAGGATATCGGCGTGCTCACGCGTAAGCTGTATGCCGCGCTTGAAGCATGACCCGGTAAAGTGCCGCCGGTAAACCACCAGATTTCACAGGAtcaccagg > 2:882139/1‑283 (MQ=255)
gtgtTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCgg > 1:360366/1‑289 (MQ=255)
cAGTTAGGGGGCGGGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGAGCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAAt < 2:305096/288‑1 (MQ=255)
gTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTCGCAGCATGACAACGTAAAGTACCGCTGGTAACCCCGCCGCTTTCACCCGATCCGTCGGAACCGAATCTg > 2:251828/1‑289 (MQ=255)
gTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGATCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCAGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCCCGTTTGGATCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCCCCGGATCTCTCGAATCCGAATCTg > 2:394468/1‑289 (MQ=255)
tAGTGAGCGGGTGGGGGTGGTACGAAGCGCGTCTGGCAATACTCGATAACCGCGCTAATTTGCAGATGCATCAGGTGCGTAAGGC‑GCAAAAACAGTTGCACGATGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGACGCAATAACCTGAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGAGATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGCAGCATTACGAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCTCAGATTTCACCCGAACTCTCGGATCCGAATCTGAc < 2:345879/289‑1 (MQ=255)
aGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGGGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATGACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGAc < 1:355060/288‑1 (MQ=255)
aGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCtttattta > 2:295067/1‑289 (MQ=255)
aGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGAGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCtttattta > 2:193378/1‑289 (MQ=255)
tGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTAtg > 1:795232/1‑289 (MQ=255)
gggTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGa > 1:116671/1‑255 (MQ=255)
cGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATGACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCgccgggc < 1:848559/289‑1 (MQ=255)
aaGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCgccgggccg > 1:267662/1‑289 (MQ=255)
aaGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCCCTCGGAACCGAATCCGACCTTTATTTATGTGCCgccgggccc > 2:355173/1‑288 (MQ=255)
aGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATGACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGAc > 2:738580/1‑264 (MQ=255)
gCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACAGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTTGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTAGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACACGCAGATTTCACCCGATCCCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTTTGTGCCgccgggccgg > 1:559848/1‑288 (MQ=255)
tCGTCTGGCAATGCTCGAGAACCGCTGCAACTGGAAGATTGCGCAGGTG‑GTGGGGCAGCACCACTGGTTGCTCGCCTCGATGGTGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTGTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCt < 2:488977/289‑1 (MQ=255)
gcatgggaagggtagATGACAGCGCTAACGGGAAGATTGATCAGGTGCGGGGGGC‑GCAAAACGAGTGGCTCGACGGGAGGATGCAGAGCTACGGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTaa < 2:277047/275‑1 (MQ=255)
tgagcgtgattAACCCCTCTAACTGGAAGATTTATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACAGTTTGTTCGTCACGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGGGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATGACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGtt < 1:49996/278‑1 (MQ=255)
cAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGtt < 1:897797/288‑1 (MQ=255)
aaTGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGTTCAGGTGCGGGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGCCGCGATGATGCAGCGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTTGCTTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTGACCCGATCTCTCGGAACCGAATCGGACCTTTCTTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTc < 2:634452/288‑1 (MQ=255)
tCGATAACCGCGCTAACTGGAAGAATGAGCAGGTGCGTGAAGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATGTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGtt < 1:394468/288‑1 (MQ=255)
gATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGt < 1:850722/289‑1 (MQ=255)
aTAACCTGGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGGGTTGCTCGCCTCGACGTTGTAGAGCTACCGTAATCTGTTCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGt < 1:252665/288‑1 (MQ=255)
taacgccgcTATCTGGAAGATTGGTATGGTGCTGGAGGC‑GAACAACAAGTTGCTCGACGGGAGGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGTCGCTGGTAAACCCGCAGATTTAACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTAt < 1:413937/283‑1 (MQ=255)
tAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGGCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTAt < 2:264652/289‑1 (MQ=255)
tAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTGGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATGACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTAt < 1:424809/289‑1 (MQ=255)
tAACCGCGCTAACTGGAAGATGGATCAGGTGCGGGAGGC‑GCACAACGGGTTGCACGCAGCGATGATGCAGAGCTACCGTCATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATACCCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACTCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAAGCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTAt < 2:469071/289‑1 (MQ=255)
cgcTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGtat > 1:222543/1‑289 (MQ=255)
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aGATTGTTCAGGTGCTGGTGGC‑GAACAACGGGTTGCGCGACGCGATGGTGCAGGGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGGGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGAAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTGGAAGCATGACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGcc < 2:470556/289‑1 (MQ=255)
aGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGcc < 1:196120/289‑1 (MQ=255)
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tGCGTGAGAG‑TCACAACGGTTTGCCCGACGCGACGATTCAGCGCTACCGTAATCTTATCCGCTTTGCGCGTGGCAATACCCGTAGCTCCTCCCCCAGTCCGCAGTATATCGGCGTGCTGACTCGTAAGCTATATGCCGCGTTTGAAGCATGACCAGGTAAAGTGAGGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCGCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGAGCGCCAAATATTGAGt < 2:727020/288‑1 (MQ=255)
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ttggtcgagcgtatgttgCAGAGTTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGAAATAACCCTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCTGCAGATTTCTCCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATTTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCAGCCATCAGCCGc < 2:142409/277‑1 (MQ=255)
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tGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCatcagccatcagcc > 1:302224/1‑286 (MQ=255)
tGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCAGCCATCAGCCGc < 1:111153/288‑1 (MQ=255)
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cTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCAGCCATCAGCCGCTg < 2:846073/288‑1 (MQ=255)
cgcgATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCAGCCATCAGCCGCTGGAatat > 1:882367/1‑289 (MQ=255)
gCAGAGGTACCGTAATGTTTTCCGCTTTGCGCGTGGAATTAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCACGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGGGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGGTCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCAGCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTAc < 2:309848/289‑1 (MQ=255)
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agCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAtcacccgatctctcggaaccgaatctgacctttatttatgtgccgccgggccgggctaaccgttcaggttggtatctgtataaccgcgcgccaaatattgagtcgatcatcagccatccgccgctggaatataaccgttacctgaataa > 1:585384‑M1/1‑140 (MQ=255)
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tAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATGACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCAGCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACTGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCctg < 1:456686/289‑1 (MQ=255)
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tGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAACTCTTGAGTCGATCATCAGCCATCCGCCGCTGGAATATAACCGGTACCTGAATAAACTGGTTGCGTGGGCCGGGTTTAACGGCCTGCTGACCTCGTGCCCCCGGTTGTATATTAAAGGTAAggg > 2:579003/1‑289 (MQ=255)
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tGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCAGCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACTGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCTGCTGACCTCGCGCACCCGTTTGTATATTAAAGGTAACGGCATTGTCGATTTGCCTAAg < 1:311229/289‑1 (MQ=255)
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|
TGTGCGAAAAGCTCAGCCGTGAACGCGCCTGCGTAGGCTGGCGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGC‑GCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCAGCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACTGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCTGCTGACCTCGCGCACCCGTTTGTATATTAAAGGTAACGGCATTGTCGATTTGCCTAAGTTGCA > NC_000913/3992150‑3992714
|
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A