Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F18 I0 R1
|
150 |
105.7 |
2655328 |
79.3% |
2105675 |
226.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,003,134 |
T→G |
23.0% |
C82W (TGT→TGG) |
ycbU → |
putative fimbriae protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,003,134 | 0 | T | G | 23.0%
| 113.9
/ 2.1
| 63 | C82W (TGT→TGG) | ycbU | putative fimbriae protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/20); new base G (2/16); total (27/36) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.75e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AAACGATATTTCAGTGCGTTATCTTGTTCTTTAGCATTCTTAACATCCATGTCGGGATGGCTGGGCCTGAACAAGTTAGTATGCATATTTATGGGAATGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAACACACTCAAATATCAACTTCGTTATAA > NC_000913/1002899‑1003361
|
aaaCGGTTTTTCAGTGCGTTACTTTGTTTTTTAGCTTTTTTAACAGCAATGGCGGGATGGCTGGGCCTGAACAAGTTAGTAGGAATATTTATGGGAATGTGGTTGTTCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGGGcc < 2:796323/239‑1 (MQ=255)
aaaCGATATTTCAGTGGCTTCTCTTGTTCCTTAGCATTCTTAACATCCATGTCGGGATGGCTGGGCCTGAACAAGTTAGTATGCATATTTATGGGAATGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGcc < 1:1320805/239‑1 (MQ=255)
tatTTCAGTGCGTTATCTTGTTCTTTAGCATTCTTAACATCCATGTCGGGATGGCTGGGCCTGAACAAGTTAGTATGCATATTTATGGGAATGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCGGCTg > 1:802046/1‑237 (MQ=255)
ttCTTTAGCATTCTTAACATCCATGTCGGGATGGCTGGGCCTGAACAAGTTAGTATGCATATTTATGGGAGTGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATTTCGATACTACCGGTTTCGCCGCTGGTATTATCGGCGTGGAAGCCCt > 2:515254/1‑239 (MQ=255)
ttCTTTAGCATTCTTAACATCCATGTCGGGATGGCTGGGCCTGAACAAGTTAGTATGCATATTTATGGGAATGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGTCCGCGAATACCGTAAGCAATTCGTCTATTTTGAATATCGATATCCCCGGTTGGGCCCCGGGTATAACTGGGGCGGACGACCt > 2:845767/1‑239 (MQ=255)
ttCTTTAGCATTCTTAACATCCATGTCGGGATGGCTGGGCCTGAACAAGTTAGTATGCATATTTATGGGAATGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGGGCCGCTGGGATTACTGGCGCGGGCGTCCt > 1:87761/1‑239 (MQ=255)
tAGCATTCTTAACATCCATGTCGGGATGGCTGGGCCTGAACAAGTTAGTATGCATATTTATGGGAATGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCACAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGATGTGCACCGGGTATTCCTGGCGCGGACGCCCtttttc > 2:1047517/1‑238 (MQ=255)
ttCTTAACATCCATGTCGGGATGGCTGGGCCTGAACAAGTTAGTATGCATATTTATGGGAATGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCCCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTGGTGCCGGGGGATTTACTGGGGCGAAGGGCCTTTTGAgcggg > 2:1319212/1‑238 (MQ=255)
ttGGTTGTGCCTGAACAAGTTTGTACGAATATTTATGGTAATGTGGTCGATCTGGGCTTTGATGGCGCCACCAAAAGTGCATTCAAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTgcgc < 2:657619/237‑1 (MQ=255)
tGGGCCTGAACAAGTTAGTATGCATATTTATGGGAATGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGaca < 1:205930/238‑1 (MQ=255)
tGAACAATTTGTTTTGTATATTTTTGGGAATGGGGTCGATCAGGGTGGTGATGTGCCCCCAAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGGGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGGGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCa < 2:1100263/239‑1 (MQ=255)
aaCAAGTTAGTATGCATATTTATGGGAATGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACAAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGAGGTCCTGTTTAGCGGCGAGGCTGCAACCCTTGGGCCGacaacgctacaa > 1:321828/1‑230 (MQ=255)
gTTAGTATGCATATTTATGGGAATGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGTCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGcc > 2:603367/1‑165 (MQ=255)
gTTAGTATGCATATTTATGGGAATGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGcc < 1:603367/165‑1 (MQ=255)
tAGTATGCATATTTATGGGAATGGGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAaactaac < 1:1142230/237‑1 (MQ=255)
tATGCATATTTATGGGAATGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑Gaca > 1:641458/1‑239 (MQ=255)
atatTTATGGGAATGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTCCTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCGGAAACCCTTGCGCCTGCACTGCTCAACCTAACT‑TACACAGGc > 1:154606/1‑239 (MQ=255)
atatTTATGGGAATGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAgcg < 1:901792/189‑1 (MQ=255)
atatTTATGGGAATGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAgag > 2:901792/1‑187 (MQ=255)
tttATGGGAATGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGATGCTTGCCCCCTTGCGCCCCCACTGCTCAAACTAACC‑GTCACAGTCGGa > 1:1222309/1‑239 (MQ=255)
tATGGGAATGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTACCT‑GACACAGGCGGAAg > 1:1093621/1‑239 (MQ=255)
tATGGGAATGGGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATAGTCATATTGGTGATTTTAATAGCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATAGCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAg < 1:412142/239‑1 (MQ=255)
aTGGGAATGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGc < 1:515254/239‑1 (MQ=255)
gAATGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGGCGCCACCAAAAGGTCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCggt < 1:1239570/238‑1 (MQ=255)
aaTGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGACTATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAaac > 1:1044372/1‑214 (MQ=255)
tgtgGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCCCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCgggggga > 1:1257641/1‑237 (MQ=255)
tggggTCGATCAGGGCTGGAATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTa < 1:1021895/236‑1 (MQ=255)
tCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGGCACCCTTGCGACGACACTGCTCAAACTAAAC‑GCAACAGGCGGAAGCGGGGGGATGGc > 1:461626/1‑238 (MQ=255)
tgATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGcgg > 1:944118/1‑237 (MQ=255)
tgATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCCGACACCCTTTCGCCGGCAATGGTCCAACTAACTGGACA‑AGGAGGAAGCCGGGGGATGGCAAAgggggtgggcg > 2:440534/1‑232 (MQ=255)
tCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGTGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAACGGTGGTATGGCCACGGGGAGTGCCGTGCaa > 1:428412/1‑239 (MQ=255)
accaAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATGCCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCCCCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACGCCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGc < 1:861309/227‑1 (MQ=255)
caAAAGTGCATTACAAAATATTCATATGGGGGGTTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAAGGCCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATGGATATCACCGGTTTGGCCGCTGGTATTACCGGCGCGGACGGCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCGTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTg < 2:428412/239‑1 (MQ=255)
tcATTACAAATTATTCTTATTGTTTATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCAAATTCCGTCAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGGGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCa < 2:87761/238‑1 (MQ=255)
tatTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAACCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGTGCAAAGTCAGCAAg > 1:183376/1‑239 (MQ=255)
ttGGTTTTTTTTATTTTAGTGATTTTAAGGCCCGGAATTCCGTTAGCACGGGTGCGGGTTGGAATATCGATATTCCCGGTTGTGCCGCTGGGATTTCTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGTCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCg < 2:1222309/239‑1 (MQ=255)
ggTGATTTTAATATCATTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCaaa < 2:1031436/153‑1 (MQ=255)
ggTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCaaa > 1:1031436/1‑153 (MQ=255)
tGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACC‑GACCCAGGCGGAAGCGGGGGGCTGGCCACGGGGACTGCCGTGAAAACTCTTGAGGCGCAAAGTCAGAAAAAAAAccacccca > 2:629242/1‑233 (MQ=255)
ttttATTATTTGTGGTTTTCGGGCCGAGAATACCGTAAACACTGGTGCTGGTGTGAAATTGTATAGCCCCGGGTGGTGCGACGGTTTTACGGGCGCGGACGTCCTTGGTAGCGGCGAGGCGGACACCCTTGGGCCGACACTGCTCAACCGAGCT‑GATACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATc < 2:802046/239‑1 (MQ=255)
atCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCCCTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCa < 1:461816/239‑1 (MQ=255)
tCAGTGATTTTCAGGCCTCGAATACCGGAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGGGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAg < 1:531978/239‑1 (MQ=255)
ttCGGGCCGCGAATACCGTAAGCCCTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACg < 1:440534/239‑1 (MQ=255)
ttCAGGCCCGGAAGACCCTAAGCACTGCTGCGGATTTGAATATCGATTTCACCGGGTGGGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACg < 1:1248864/239‑1 (MQ=255)
tCAGGCCGCGAATTCCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGc < 1:318624/239‑1 (MQ=255)
cgcaTACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCCACACTGCTCACACTTACT‑GACACAGGCGGGAGCGGGGGGCTGGTCACGGGGGATGCAGTTGCACTTCTTCGAGCGCAAAAACCGCCAGAAAACCCGCTCAATGAAGTCCAGCCCCTTAACCCCATaaaa > 2:7640/4‑239 (MQ=255)
atgccGTAATCGCTGCTGCTGATTTGAATGTCGATATCCCCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGcc < 1:845767/236‑1 (MQ=255)
ccGTAAGCCCTGCTGCTGATTTGAATTGCGATATCCCCGGTTGGGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTc < 2:269833/186‑1 (MQ=255)
cctgctgctgATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAaca < 1:102975/237‑1 (MQ=255)
aCTGCTGCTTATTTGAATTGCGATATCACCGGTTGGGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTGTAGCGGCGAGGCTGAACCCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAaca < 1:277537/238‑1 (MQ=255)
aCTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGGGCCGCTGGTATTACTGGCCCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAaca < 1:310535/238‑1 (MQ=255)
ctgctgctgATTTGAATATCGATATCTCCGGTTGGGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAacaca < 1:1319212/239‑1 (MQ=255)
tgctgctgATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGGCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAacaca > 1:335400/1‑238 (MQ=255)
tgctgctgATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGGGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAAt > 1:269833/1‑186 (MQ=255)
gctgttgATTGGAATCTGCATTTCACCGGTTGGTGCGCGGGTAGTACGGGGCGGGGCCTCCTTTTTAGCGGCGAGGATGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAACACACt < 2:944118/239‑1 (MQ=255)
gctgctgATTTGAATTTGGATATCCCCGGTTGTGCCGCTGGTATTACGGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAACACACt < 1:1124718/239‑1 (MQ=255)
tgcgggtttGAATATCGATATCACCGGTTGGGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAACACACTCa < 1:1047517/233‑1 (MQ=255)
ctgATTTTAATACTGATAGCCCCGGTTGGGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCa < 2:690707/166‑1 (MQ=255)
taaTTTCGATATCGCCGGTTGGCCCGCTGGTATTGCGGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCTTTGCGCCGACACGGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAACACACTCAAATATCAAc < 2:154606/238‑1 (MQ=255)
tatCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGAAACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCCTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGcca > 1:690707/1‑164 (MQ=255)
gATATCCCCGGTTGGGCCGCTGGTAATACTGGCCCTGACGTCCGTTTTAGCGGCGAGGCTGGCGCCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAACACACTCAAATATCAACTTCGTta < 1:608417/239‑1 (MQ=255)
atatCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGACAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAACACACCCAAAAATCAACTTCGTtat > 1:1134773/1‑239 (MQ=255)
ttcccaggTTGTGCCGTTGGTATTACTGGGGCGGTCTTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAACACACTCAAATATCAACTTCGTTATaa < 1:523062/233‑1 (MQ=255)
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AAACGATATTTCAGTGCGTTATCTTGTTCTTTAGCATTCTTAACATCCATGTCGGGATGGCTGGGCCTGAACAAGTTAGTATGCATATTTATGGGAATGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAACACACTCAAATATCAACTTCGTTATAA > NC_000913/1002899‑1003361
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
