Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F18 I0 R1
|
150 |
105.7 |
2655328 |
79.3% |
2105675 |
226.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,765,494 |
T→G |
25.8% |
S1104R (AGT→AGG) |
rhsA → |
Rhs protein with putative toxin 55 domain; putative polysaccharide synthesis/export protein; putative neighboring cell growth inhibitor |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,765,494 | 0 | T | G | 25.8%
| 94.1
/ 7.7
| 91 | S1104R (AGT→AGG) | rhsA | Rhs protein with putative toxin 55 domain; putative polysaccharide synthesis/export protein; putative neighboring cell growth inhibitor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/17); new base G (20/7); total (67/24) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCTGGGACGGCGACCGGCTGACCACAATACAGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGTGTACACGCCGGCGCGAAAAATCCACCTGTACCACTGCGACCATCGCGGCCT‑GCCGCTGGCCCTTATCAGCAAGGAAGGGACAAC‑AGAATGGTGCGCAGAATACGATGAATGGGGCAACCTGCTGAATGAAGAGA > NC_000913/3765265‑3765723
|
gCTGGGACGGCGACCGGCTGACCACAATACAGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGGGTTCCCGCCGGGCCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GGGAAATCCTg > 1:760796/1‑239 (MQ=255)
cTGGGACGGCGACCGGCTGACCACAATACAGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCCGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGCAAACCCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCCCTTCGCCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGG‑GGCAGGGGGGGGTTCCCCCCGGGGCCGGGGCGAAGGTCCGACC‑GGCCGGGAA‑GGGacaccccgg > 2:242838/1‑231 (MQ=11)
ggACGGCGACCGGCTGACCACAATACAGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGCGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑g > 1:464273/1‑239 (MQ=37)
gACGGCGACCGGCTGACCACAATACAGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCCGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGGGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTAC‑GGCGGCGAAGACGGC‑GGCAGAGTGGCGTTCCCGCCGGGGCCGGTGCAGATGGTCGACC‑GGGTGGAAA‑GGGAACTCCCGGcgg > 2:808274/1‑236 (MQ=11)
gACGGCGACCGGCTGACCACAATACAGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGCGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCCCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGGGTGGGGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGCCC‑GGCCGGAAA‑GGGAAAACCTGGCT‑g > 1:102497/1‑238 (MQ=11)
gACGGCGACCGGCTGACCACAATACAGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTGGACC‑GGCTGGGAA‑GGGAAATCCTGGcgg > 1:937859/1‑236 (MQ=255)
gACGGCGACCGGCTGACCACAATACAGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGGGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GGGAAATCCTGGCT‑g > 1:1179115/1‑238 (MQ=37)
aCGGCGACCGGCTGACCACAATACAGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGG‑GGCAGGGGGGGGTTCCCGCCGGGGGTGGTGCAGGTAGTCGCCC‑GGCTGGGAA‑GTGgaaaaccggcggga > 2:391630/1‑228 (MQ=11)
aCGGCGACCGGCTGACCACAATACAGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGGGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGGAGACGGA‑GGCAGTGTGGTGGTCCCGCCGGGGCAGGGGCGGAAGACCGACG‑GGCGGGGAA‑GGGaaaacagggtggaa > 2:461907/1‑228 (MQ=11)
ggCGACCGGCTGACCACAATACAGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAAACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCGGGTGCAGATGCCCGACC‑GGCGGGAAA‑GGGAATACCTGGCT‑GACCg > 1:1307367/1‑239 (MQ=255)
aGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGGGTTCCCGCCGGGGCTGGTGCAGATGCCCGACC‑GGCTGGGAA‑GGGAAATCCTGGCT‑GACCGGGGGAAGGAGGA‑AAGccgccgg > 2:151393/1‑238 (MQ=11)
aaCGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGCGTGAGGA‑AAGCAGCCgctg > 1:1030886/1‑239 (MQ=18)
aaCGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTCGCT‑GACCGGGTGCGGGAGGA‑AAGCCGCCgctg > 1:729689/1‑239 (MQ=18)
aaCGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GGGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGa‑acggtcacttaa > 1:283280/1‑228 (MQ=16)
aaCGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGAGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCATCAGTCC‑GGCGGCGCATACGGT‑GGGCGTGTGGGGTTCCCGCCGGTGCCGGGGGAGTTTCTCCGCC‑GGCTGGGAA‑GAGCAAACCCGTCT‑GCCCGGGGGGGGGAGGa‑aaagcggcgcgg > 2:1229503/1‑229 (MQ=11)
aaCGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAACGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGGGGGGGGTTCCCCCCGGTGCGGGTGCAAATTGCCGACC‑GGCCGGAAA‑GGGAAATCCGTGCC‑GA‑CGGGGGGGTGAGGACAAcccgccccgc > 2:885565/1‑235 (MQ=11)
cGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAACGCCGCAGCCTGGCGGGTGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGCCGGC‑CGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCCGATGCTCGACC‑GCCTGGGAA‑GTGCGAACCTGGCG‑CCCCGGGGGAAGGAGTA‑AAGCCGCCgcaggc > 2:240982/1‑239 (MQ=11)
gACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGA‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGAGGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCagccgccg > 1:1293042/1‑234 (MQ=16)
cAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGGGAGTGAGGA‑AACCCGCCgctggccg > 1:1293887/1‑236 (MQ=18)
cAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGG‑GGCAGGGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAC‑GTGAAATCCTGCCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCgctggctg > 1:1290422/1‑238 (MQ=16)
cccGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGGGTTCCCGCCGGTGCTGGGGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGGGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCg > 1:643800/1‑239 (MQ=18)
gCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGGGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGc > 1:1156249/1‑239 (MQ=18)
cATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGGGAGTTGGGA‑AAGCCGCCGcgggcgggacccgggcg > 1:1112668/1‑230 (MQ=11)
gACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCGGGCATCGTGCGGCCTg > 1:33557/1‑238 (MQ=18)
aCGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGTGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGGGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCGGGCGGGCATCGTGCGGCCTGa > 1:1074800/1‑238 (MQ=16)
aCGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGGGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GGGAAATCCTGGCT‑GACCGGGGGCTGGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCGGGCATCCTGCGGCCtta > 1:1068072/1‑236 (MQ=11)
tttATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCCCTGGCCGGCATCGTGCGGCCTGACCGTg > 1:1000097/1‑239 (MQ=25)
ccGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GGGAAATCCTGGCT‑GACCGGGGGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGGGCAGa > 1:943514/1‑238 (MQ=25)
ggggAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGGGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGGGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGGGCAGATGc > 1:1029273/1‑239 (MQ=25)
gggAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GGGAAATCCTGGCT‑GCCCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCAACGGGCGGCCTGACCGTGCAGCAGATGCa > 1:416178/1‑239 (MQ=255)
ggCTTCCCGCCACTAATGAGGGTTGAACCCGCCCCCGGGGGGCGGGCGAAACCGCGGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGCCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGGGGTGTCCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCaaa < 1:1285193/237‑1 (MQ=11)
tCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAg > 1:209863/1‑239 (MQ=35)
tCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGGGTGGGGTTCCCGCCGGTGCTGGCGCAGATGCTCGACC‑GGCGGGGAA‑GGGAAAACCTGGCG‑GACCGGGGGAGTGGGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCACCGGGCGGCCTGACCCGGGGGGAGACGACAAACCAg > 2:630761/1‑239 (MQ=11)
gCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGGGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GGGAAATCCTGGCTGGACGGGGGGTGGGGGGA‑AA‑CCGCCCCCGGGCGGCATGGGGCGGGCGGAGCGGGGAGCCGGAGCAAAACCaaaggg > 2:1264059/1‑234 (MQ=11)
cccTCAGCAGAGTTGAACCCCCCCCCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGCCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTCCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGAc < 1:703710/237‑1 (MQ=255)
cACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGGGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGGGAGGGAGGA‑AAGCCGCCGCGGCCTGGCACGCTGCGGCCTGCCCGGGGGGGAGGAGCAAAACCaaaggggc > 2:762082/1‑232 (MQ=11)
cTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGAccc > 1:1314246/1‑239 (MQ=35)
atcaGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGGGGAGCAGAGGCAAAACCAGATGGACCCggg > 1:86673/1‑238 (MQ=25)
atcaGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GGGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCCGGCGGGGACCCGGGCGCCTGACCCGGGGGCCGAGGCAAAACCAGATGGACCCggg > 2:21632/1‑238 (MQ=11)
atcaGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCCGGTGCCGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAACTCCTGGCT‑GACCGGGGGGGGGAGGA‑AAGGCGCCGCGGGCGGGCCTCGGGCGGCCCGCCCCGGGGGCCGCTGCCAAACCAGAAGGGccccgg > 2:1023297/1‑236 (MQ=11)
atcaGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGGGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GGGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGGGGAGCAGATGCAAAACAAAATGGACCCggg > 1:268152/1‑238 (MQ=255)
ttGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGGGGacac > 1:40530/1‑238 (MQ=18)
ttGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCATGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGGGCGGCCTGAACGTGGAGCAGATGCAAAACCAGAGGGGCCCGGGGTacac > 1:1278191/1‑238 (MQ=255)
aaaCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCCAAACCAGATGGACCCGGGGGCCACGCCg > 1:507131/1‑239 (MQ=12)
aaaCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGGGAACACCCCg > 1:256993/1‑239 (MQ=17)
gCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGGGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGTGTACACGCCGGcgcg > 1:1214000/1‑239 (MQ=14)
gTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGGGTACACGCCGGCGCGAAAAAt > 1:216082/1‑238 (MQ=14)
cTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCCCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGGGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCCAAACCAACGGGCCCCGGGGAACACGCCGGCGCGAAAAACCCa > 2:1116534/1‑236 (MQ=11)
gCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGGGGGGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTTGGGCCCGACCGGGGGGCGGAGGCCAAACCAGGTGGCCCCGGTGTAACCCCCGGGGGCAAAAACCCAccctg > 2:1251900/1‑235 (MQ=11)
aGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GGGAAATCCCGGCT‑GACCGGGGGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCAACGCGGGGCCTGACGGTGGAGCAGGTGCCAAACCAAAAGGACCCGGGGGCACCGCCGGGCCGAAAAAACCACCCGCACCaacggcaa > 2:1305734/1‑232 (MQ=11)
cgggggggATGCGTTACAG‑AGTCCGGGGGGCGAGGAGGGT‑GGCGGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGGGAGGGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGTGTACACGCCGGCGCGAAAAATCCACCTGTACCACTGCGACCATCGCGGcc < 1:540769/233‑1 (MQ=11)
cTGGGGGACGCGCTCCAGCAGTCC‑GGCGGCAAAGGCGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGTGTACACGCCGGCGCGAAAAATCCACCTGTACCACTGCGACCATCGCGGcc < 1:1169496/238‑1 (MQ=9)
gcgcTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGTGTACACGCCGGCGCGAAAAATCCACCTGTACCACTGCGACCATCGCGGCCT‑GCCGCTgg > 1:880511/1‑238 (MQ=31)
tCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCACAACCAGATGGACCCGGTGTACACGCCGGCGCGAAAAATCCACCTGTACCGCGGCGGCCATCGCGGCCA‑GCCGCTGGGCCTTATCAGCac > 1:469091/1‑238 (MQ=255)
gcc‑GGCGGCGGAGGCGGTGGGGTGGGGGGTTTCCCCGCCGGTGCTGGTGGAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAACCCGGGCT‑GCCGGGGGGGGTGGGGA‑AGCCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGTGTACACGCCGGCGCGAAAAATCCACCTGTACCACTGCGACCATCGCGGCCT‑GCCGCTGGCCCTTATCAGCa < 2:216082/238‑1 (MQ=11)
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c‑ggcggCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGTGTACACGCCGGCGCGAAAAATCCACCTGTACCACTGCGCCCATCCCGGCCT‑GCCGCTGGCCCtccccagcccgg > 1:1153988/1‑228 (MQ=2)
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gtgtTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGTGTACACGCCGGCGCGAAAAATCCACCTGTACCACTGCGACCATCGCGGCCT‑GCCGCTGGCCCTTATCAGCAAGGAAGGGacaac‑a > 1:1063823/1‑225 (MQ=35)
ttCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGTGTACACGCCGGCGCGAAAAATCCACCTGTACCACTGCGACCATCGCGGCCT‑GCCGCTGGCCCTTATCAGCAAGGAAGGGACAAC‑AGAATGGGGCGCAGaaaa > 1:598217/1‑237 (MQ=37)
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ccgGGGCGGGGGCAGATGCTCGCCC‑GGCTGAAAA‑TGGAATTCCTGGCG‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGTGTACACGCCGGCGCGAAAAATCCACCTGTACCACTGCGACCATCGCGGCCT‑GCCGCTGGCCCTTATCAGCAAGGAAGGGACAAC‑AGAATGGTGCGCAGAATACGATGa < 1:461907/239‑1 (MQ=11)
tGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGTGGACACGCCCGCGCGAAACATCCACCTGTACCACTGCGACCATCGCGGCCT‑GCCGCCGGCCCTTCTCCGCACGGAAGGGACAAC‑AAACAGGGGCGCAGAACAAGAGGAATgg > 2:970199/1‑239 (MQ=11)
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gCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGTGTACACGCCGGCGCGAAAAATCCACCTGTACCACTGCGACCATCGCGGCCT‑GCCGCTGGCCCTTATCAGCAAGGAAGGGACAAC‑AGAATGGGGCGCAGAATACGATGAATGGGGCAACCTGCTGAATGAAgaga > 1:1208030/1‑239 (MQ=37)
|
GCTGGGACGGCGACCGGCTGACCACAATACAGAACGACAGAACCCGCATCCAGACGATTTATCAGCCGGGGAGCTTCACGCCACTCATCAGAGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCC‑GGCGGCGAAGACGGT‑GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACC‑GGCTGGAAA‑GTGAAATCCTGGCT‑GACCGGGTGAGTGAGGA‑AAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTGGAGCAGATGCAAAACCAGATGGACCCGGTGTACACGCCGGCGCGAAAAATCCACCTGTACCACTGCGACCATCGCGGCCT‑GCCGCTGGCCCTTATCAGCAAGGAAGGGACAAC‑AGAATGGTGCGCAGAATACGATGAATGGGGCAACCTGCTGAATGAAGAGA > NC_000913/3765265‑3765723
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
