Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F108 I1 R1
|
17 |
38.6 |
1469306 |
86.0% |
1263603 |
142.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| JC JC |
NC_000913 |
1,979,486 |
IS5 (+) +4 bp |
intergenic (‑271/‑264) |
insA ← / → uspC |
IS1 repressor TnpA/universal stress protein |
|
| |
seq id |
position |
reads (cov) |
reads (cov) |
score |
skew |
freq |
annotation |
gene |
product |
| * |
? |
NC_000913 |
1979486 = | 0 (0.000) | 53 (1.380) |
39/284 |
0.1 |
100% |
intergenic (‑271/‑267) |
insA/uspC |
IS1 repressor TnpA/universal stress protein |
| ? | NC_000913 |
2101749 = |
NA (NA) | noncoding (1195/1195 nt) |
IS5 |
repeat region |
| * |
? |
NC_000913 |
= 1979489 | 0 (0.000) | 39 (1.020) |
27/284 |
0.4 |
100% |
intergenic (‑274/‑264) |
insA/uspC |
IS1 repressor TnpA/universal stress protein |
| ? | NC_000913 |
= 2290113 |
NA (NA) | noncoding (1/1195 nt) |
IS5 |
repeat region |
ACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1979623‑1979486
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA > NC_000913/2101749‑2101890
ACTCTCGGTGATCATTTTATTTGAAATGAAAGTATAAGAAAAGAGGGTACTGAGTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAG < 1:561347/143‑1
gTCCCGGTGATCATATAATTTCAAAGGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGG < 2:231545/142‑1
cgCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAAGATATGTAAAACAGTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGG < 2:231574/141‑1
TCCCGGTGATCATATAATTTCAAAAGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT < 1:402076/143‑1
gccgtcATCATCAAATGTCAAATGTAATTATAAGAAAATATTCTACTGATTCTCCGCATCAAACAAGTGCTCAATATCTGTCAAACATTTCATTACCATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGC < 1:113771/137‑1
GGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGA > 2:370197/1‑143
ATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCG > 2:7867/1‑143
TATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTATTTATTCTTCTCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGG < 1:35558/143‑1
ATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTACCTTTCTCTGTATATAATAAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGG > 1:177562/1‑143
TGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCT > 2:22772/1‑143
TAATTATAAGGAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTAATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCG > 1:179824/1‑143
AATTATAAGAATATATTGTACTGATTCTCCGTATTAATCAAGTGGTTAATATATTTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGG < 2:548561/143‑1
AAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGT > 2:732990/1‑143
TACTGATTCTCCGCATTAAACAGGGGGTTAATATATGTTGTTCATTTCATTAACATAAAGTTGAATGGTGCCTTTCTTTGTATTTCATTAGGGAATGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCAT < 2:586880/143‑1
TACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCAT > 2:642881/1‑143
CTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGTCTCAGTCATTTCATTT > 1:438412/1‑143
CTGATTCTCAGCATTAAACAATTAGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCTTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTT < 2:548410/143‑1
TGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTGCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTC > 1:455447/1‑143
gcTTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCT < 2:243135/141‑1
TCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTCTGTATTGAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCA > 2:8749/1‑143
TCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTACGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTCTTTAAATAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGACATTCATCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTAATG > 1:224883/1‑143
CGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTT < 2:649615/143‑1
CGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTT < 1:639887/143‑1
ATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGA < 1:164202/143‑1
AAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTCGGGAAGGTGCGCATAAGCGGGGAATTTATTCTCGGATGAATCAGAAATTTCATTTATTCATGTTAGAGCa > 1:280785/1‑142
GGTTAATATATGGAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGTCTCTGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTGTTT < 2:637264/143‑1
ATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCC < 1:732990/143‑1
AAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGC > 1:57911/1‑143
AACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCT < 2:444134/143‑1
ACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCTTTTTTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTT < 1:617215/143‑1
ACATGTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTT < 2:73742/143‑1
TAAGGTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTA < 1:483375/143‑1
AAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAG < 2:455447/143‑1
AGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGCCTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTACATGCCTTGAATCCGCCTATTTAGA > 2:157340/1‑143
TTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCCGGGAACTTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTACATGCCTTGAATCAGCCTGTTTACACCGcgt > 2:328633/1‑140
TGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTC < 2:57911/143‑1
GTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCCTTTCCTTTCTTCATGTTTGTGCCGATTTTTTCTTCCGTAAATGAATTAAATCAGACTATTAAGACAGTTTCT > 1:51761/1‑143
tgaCTTTCTTTGTATTTAATTATTGAAGGTGCTAATAAGCGGAGAAATTCATATCGGCTGACTAAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTC < 1:305864/140‑1
TTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTAATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCATATTTAGACCGTTTCTTCTCAATTTA > 2:72919/1‑143
GTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTATCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACAGTTTCTTCGCCATTTAAGG > 2:69285/1‑143
ttTTTAATGAGGGAAGCTGGATATATGCGGGGAAATTCTTCTCGTCGTACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGAGTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGC < 1:527432/141‑1
TTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGT > 2:649958/1‑143
TTAATTAGGGCAGGTGGGAGTAAGCGGGGAAGTTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCGGATTTTTGCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTT < 2:478471/143‑1
AATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAACTTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTCAAGCGTTAT > 2:73248/1‑143
gtgAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAACTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATC < 2:234966/140‑1
TTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCATCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGACATTATac > 1:9197/1‑141
TTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCC > 2:573326/1‑143
TTACGGAATGTGCGAATAATCGGGTATATTCTTCTTGTCTGTCTCAGTTACTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCC < 1:61154/143‑1
AGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCC < 2:90105/143‑1
AGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTAAATCAGCCTATTTAGACAATTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCC > 1:177688/1‑143
AGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATCTTTTCTCCCGTAAATGCATTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCC > 2:571954/1‑143
GGGAAGGTGCGAATAAGGGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA < 2:62493/143‑1
GGGAAGGAGCGAATGAGCGGGGAAATTCTTCGCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCGTCATGTTTGAGCCGTTTCTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA < 1:115883/143‑1
ACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1979623‑1979486
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA > NC_000913/2101749‑2101890
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
|---|
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |
GATK/CNVnator alignment
N/A
