Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F999 I1 R1
|
225 |
156.4 |
11709729 |
83.8% |
9812752 |
75.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,896,324 |
+G |
coding (698/711 nt) |
b3718 ← |
putative isomerase |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,896,324 | 1 | . | G | 100.0%
| 302.8
/ NA
| 110 | V233A (GTG→GCG) | b3718 | putative isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base G (58/52); total (58/52) |
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
AATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCA‑CGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGCTGGAACATCTTCGGTAA > NC_000913/3896249‑3896393
|
aatGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCa < 1:4499834/76‑1 (MQ=255)
aatGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCa < 1:2885309/76‑1 (MQ=255)
atGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCag < 1:1540640/76‑2 (MQ=255)
atGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCag > 1:2162125/1‑75 (MQ=255)
gagaACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCagcg > 1:5393606/1‑73 (MQ=255)
gagaACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCagcg < 1:5207209/76‑4 (MQ=255)
agcAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCt < 2:2412607/74‑1 (MQ=255)
aaCAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCt > 2:3662561/1‑76 (MQ=255)
aCAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCtt > 2:5055703/1‑76 (MQ=255)
aCAGGCCGGAGCGTAATTCACACAGCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCtt > 2:1495736/1‑76 (MQ=255)
cAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCttt > 2:5773624/1‑76 (MQ=255)
ggCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTAt > 1:971364/1‑76 (MQ=255)
gCCGGAGCGTAATTCGCCCATCCGGCCGTATTTCTTAATCTTAACCGTGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATc < 2:60509/76‑1 (MQ=255)
gCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATc > 2:2404909/1‑76 (MQ=255)
ccGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCa < 1:5773625/76‑1 (MQ=255)
ccGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCa < 2:4096967/76‑1 (MQ=255)
cGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAg > 1:881253/1‑76 (MQ=255)
cGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAg > 2:1573683/1‑76 (MQ=255)
ggAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGc > 2:4306487/1‑76 (MQ=255)
gAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCg < 2:3968571/76‑1 (MQ=255)
gTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTa < 2:738767/76‑1 (MQ=255)
tAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCCTTATCAGCGATTAc > 2:1194760/1‑76 (MQ=255)
aaTTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTTcc > 1:486549/1‑76 (MQ=255)
aaTTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTAcc > 2:2640441/1‑76 (MQ=255)
aTTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCa > 1:5398413/1‑76 (MQ=255)
aTTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCa < 2:3859648/76‑1 (MQ=255)
ttCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCAt > 2:2737036/1‑76 (MQ=255)
tCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATc < 2:2426656/76‑1 (MQ=255)
tCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATc < 1:3781622/76‑1 (MQ=255)
cacacaTCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCCTCa > 2:1576368/1‑76 (MQ=255)
cacacaTCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCAtta < 1:976505/76‑3 (MQ=255)
acacaTCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAg < 1:2187212/76‑1 (MQ=255)
acacaTCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAg > 2:4903258/1‑76 (MQ=255)
acacaTCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAg < 1:3823310/76‑1 (MQ=255)
cacaTCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGc < 2:2331397/76‑1 (MQ=255)
acaTCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCg < 1:5612728/76‑1 (MQ=255)
caTCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGa < 2:3489107/76‑1 (MQ=255)
aTCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGaa > 1:1867795/1‑76 (MQ=255)
tCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAg < 2:3881453/76‑1 (MQ=255)
tCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCCGCTTTATCAGCGATTACCATCCGCGaca > 2:2339887/1‑74 (MQ=255)
ccGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAgg > 1:3242619/1‑76 (MQ=255)
ccGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAgg > 2:2943274/1‑76 (MQ=255)
ggCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGAt > 1:5410252/1‑76 (MQ=255)
ggCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGAt < 1:1503426/76‑1 (MQ=255)
ggCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGAt < 1:1569903/76‑1 (MQ=255)
ccTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGc < 1:710633/76‑1 (MQ=255)
ccTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTAACATCAGCGAAGGATGc > 1:1540371/1‑76 (MQ=255)
cTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCa < 1:4673614/76‑1 (MQ=255)
ttATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCGGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAg > 2:2987272/1‑76 (MQ=255)
tATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGc < 2:1887886/76‑1 (MQ=255)
aTTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCt < 1:73614/76‑1 (MQ=255)
aTTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCt > 1:85746/1‑76 (MQ=255)
aTTTCGTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTTGTAGCGATTACCATCCGCGAAGGATGAAGCt > 1:5472108/1‑76 (MQ=255)
ttCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGc > 1:5826371/1‑76 (MQ=255)
ttCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGc < 1:4306488/76‑1 (MQ=255)
ttCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGc > 2:1926769/1‑76 (MQ=255)
cTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCaa < 2:2386443/76‑1 (MQ=255)
cTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCaa > 1:402694/1‑76 (MQ=255)
ttAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAac < 1:2106336/76‑1 (MQ=255)
ttAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAac > 2:2853598/1‑76 (MQ=255)
ttAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAac > 2:5801556/1‑76 (MQ=255)
tAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAaca < 1:4903259/76‑1 (MQ=255)
tAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAaca < 2:3457258/76‑1 (MQ=255)
aaGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAacac > 1:3390557/1‑76 (MQ=255)
aaGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAacac < 2:5618341/76‑1 (MQ=255)
aGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCCACACg > 2:2416233/1‑76 (MQ=255)
aGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACg > 1:4319411/1‑76 (MQ=255)
gCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACgg > 2:3685682/1‑76 (MQ=255)
ttAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGaa > 1:3746696/1‑76 (MQ=255)
ttAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGaa < 2:5225334/76‑1 (MQ=255)
tAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAg < 1:2301071/76‑1 (MQ=255)
aaCCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGc > 1:850948/1‑76 (MQ=255)
aaCCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGc < 1:5055704/76‑1 (MQ=255)
aaCCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGc > 1:26879/1‑76 (MQ=255)
acagAGTGCTAATTCTGCGCCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCACCACGGAAGCt < 1:2694852/73‑1 (MQ=255)
cGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGaa > 2:1815784/1‑71 (MQ=255)
cGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGGTgg > 1:5788108/1‑76 (MQ=255)
gAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGCTGGa > 1:4297946/1‑76 (MQ=255)
aGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAAAACGGGAGGTggga > 1:436679/1‑74 (MQ=255)
gTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGCTGGAAc < 2:1552456/76‑1 (MQ=255)
gTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGCTGGAAc > 2:4497538/1‑76 (MQ=255)
gTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGCTGGAAc < 1:2082265/76‑1 (MQ=255)
tGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGCTGGAACa < 1:1040422/76‑1 (MQ=255)
tGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTAGCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAAAAAGGCAGATGGAACa > 1:444731/1‑76 (MQ=255)
ggCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGCTGGAACa < 2:858893/75‑1 (MQ=255)
gCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGCCGGGACAt > 2:4842673/1‑76 (MQ=255)
tAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGCTGGAACATCt < 1:376232/76‑1 (MQ=255)
aaTTCTTCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGCTGGAACATCtt < 1:28368/76‑1 (MQ=255)
aTTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGCTGGAACATCTTc < 1:5801557/76‑1 (MQ=255)
aTTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGCTGGAACATCTTc < 1:4021719/76‑1 (MQ=255)
aTTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAACCTGGAAACTCTTc > 2:4215286/1‑76 (MQ=255)
ttCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGCTGGAACATCTTCg < 2:3204062/76‑1 (MQ=255)
ttCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGCTGGAACATCTTCg > 1:4159247/1‑76 (MQ=255)
cggCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCAGCAGCGAAGTATGCAGCGGCAACACGGAAGCTCAAACATCGTCCGt > 1:1060010/3‑76 (MQ=255)
cTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGCTGGAACATCTTCgga > 2:5120001/1‑75 (MQ=255)
cTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGCTGGAACATCTTCGGt < 1:4132268/76‑1 (MQ=255)
gCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGCTGGAACATCTTCGGTaa > 2:4295171/1‑76 (MQ=255)
gCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGCTGGAACATCTTCGGTaa > 2:2821011/1‑76 (MQ=255)
gCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGCTGGAACATCTTCGGTaa < 2:2048561/76‑1 (MQ=255)
gCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGCCGGGACACCCTCGGTac > 2:1612359/1‑75 (MQ=255)
|
AATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCA‑CGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGAAGCTGGAACATCTTCGGTAA > NC_000913/3896249‑3896393
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A