Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
715 |
38.4 |
1606192 |
96.6% |
1551581 |
120.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,309,006 |
(C)6→5 |
intergenic (‑82/+27) |
nlpI ← / ← pnp |
lipoprotein involved in osmotic sensitivity and filamentation/polynucleotide phosphorylase/polyadenylase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,309,001 | 0 | C | . | 100.0%
| 153.6
/ NA
| 37 | intergenic (‑77/+32) | nlpI/pnp | lipoprotein involved in osmotic sensitivity and filamentation/polynucleotide phosphorylase/polyadenylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base . (18/19); total (18/19) |
TCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGG > NC_000913/3308871‑3309120
|
tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGcccccaccg > 1:38457/1‑135 (MQ=255)
tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGcccc < 2:714804/134‑1 (MQ=255)
tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGcccc > 1:714804/1‑134 (MQ=255)
tGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGcccccaccgcag > 2:636933/1‑132 (MQ=255)
cAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCg > 1:670771/1‑139 (MQ=255)
gCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATg < 2:370220/139‑1 (MQ=255)
cTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATgg < 1:636933/139‑1 (MQ=255)
tGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGTCCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGc > 1:716630/1‑139 (MQ=255)
tCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAAt < 2:303009/134‑1 (MQ=255)
tCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAAt > 1:303009/1‑134 (MQ=255)
tCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCaa > 2:343411/1‑139 (MQ=255)
cGCAACGAACCACAAGCGCAACAAAGGCTGCAATTCCCACTCCCGAGAACCACGGTTGAATGACCGGCCTGTACCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCGCCACCGCAGCGGAGGGCAAACGGCAAc < 1:767259/139‑1 (MQ=255)
acacCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGc > 1:242475/1‑139 (MQ=255)
cacCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGcc < 2:674543/139‑1 (MQ=255)
cgcAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATgg < 2:115873/119‑1 (MQ=255)
cgcAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATgg > 1:115873/1‑119 (MQ=255)
gCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGa > 2:481945/1‑139 (MQ=255)
tCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGtgctgc > 1:218897/1‑139 (MQ=255)
cccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgca > 1:408281/1‑139 (MQ=255)
cccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgca > 1:139366/1‑139 (MQ=255)
ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 1:307774/139‑1 (MQ=255)
ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 2:408281/139‑1 (MQ=255)
ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 1:140123/139‑1 (MQ=255)
aaGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATg < 2:174000/89‑1 (MQ=255)
aaGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATg > 1:174000/1‑89 (MQ=255)
aaGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGcagcag > 2:317122/1‑139 (MQ=255)
cGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTgaga > 1:33521/1‑139 (MQ=255)
ggTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGAc < 2:139366/139‑1 (MQ=255)
ttGAATGAACGTCCTGTTCCGGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACAGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACATTACTTACCCTAATCAGCAGCCGGAGCTTTCAGTGCGGCGGCAGGTTGATACTg > 1:774410/1‑139 (MQ=255)
gaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGt < 2:33521/139‑1 (MQ=255)
aCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCg < 1:128217/139‑1 (MQ=255)
cGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCg > 2:590937/1‑83 (MQ=255)
cGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCg < 1:590937/83‑1 (MQ=255)
ggTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCt < 2:218897/139‑1 (MQ=255)
gCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCgg > 1:151679/1‑35 (MQ=255)
gCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCgg < 2:151679/35‑1 (MQ=255)
gCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACgg < 2:242475/139‑1 (MQ=255)
tCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTa < 1:662703/118‑1 (MQ=255)
tCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTa > 2:662703/1‑118 (MQ=255)
tGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTgaga > 2:332226/1‑96 (MQ=255)
tGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTgaga < 1:332226/96‑1 (MQ=255)
|
TCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGG > NC_000913/3308871‑3309120
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
