Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F1 I1 R1
|
759 |
71.0 |
3673240 |
91.5% |
3361014 |
104.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,432,273 |
G→A |
A1075A (GCG→GCA) |
stfR → |
Rac prophage, putative tail fiber protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,432,273 | 0 | G | A | 100.0%
| 268.8
/ NA
| 87 | A1075A (GCG→GCA) | stfR | Rac prophage, putative tail fiber protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (44/43); total (44/43) |
CTAGTGCTAACTCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGTGAGGCT > NC_000913/1432140‑1432404
|
cTAGTGCTAACTCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATAc > 2:1435129/1‑139 (MQ=255)
tAGTGCTAACTCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACt < 1:350679/139‑1 (MQ=255)
aCTCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTAt > 1:495902/1‑139 (MQ=255)
ggTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTg > 2:91079/1‑139 (MQ=255)
ggTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTg < 2:495902/139‑1 (MQ=255)
gTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGc < 1:1435129/139‑1 (MQ=255)
tGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCAt < 2:1618937/139‑1 (MQ=255)
gTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTg > 2:681910/1‑129 (MQ=255)
gTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTg < 1:681910/129‑1 (MQ=255)
gTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCa < 1:1527417/139‑1 (MQ=255)
cATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTc > 2:1287906/1‑139 (MQ=255)
aTCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTcc > 1:893995/1‑139 (MQ=255)
acaaGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGt > 1:885195/1‑110 (MQ=255)
acaaGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGt < 2:885195/110‑1 (MQ=255)
tCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGcaca < 1:734540/95‑1 (MQ=255)
tgttgtGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATa > 1:1487096/1‑95 (MQ=255)
tgttgtGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATa < 2:1487096/95‑1 (MQ=255)
tgttgtGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTgg < 2:534431/135‑1 (MQ=255)
tgttgtGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTgg > 1:534431/1‑135 (MQ=255)
tgttgtGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTca > 2:1800520/1‑139 (MQ=255)
gCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGa < 1:91079/139‑1 (MQ=255)
gCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGa < 2:93398/139‑1 (MQ=255)
aaTCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGacaca > 1:650981/1‑139 (MQ=255)
tCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACAcc > 2:203100/1‑139 (MQ=255)
aTGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATATGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGt > 2:1704840/1‑139 (MQ=255)
tGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGtt > 1:1622664/1‑116 (MQ=255)
tGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGtt < 2:1622664/116‑1 (MQ=255)
tGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGtt > 2:1081408/1‑139 (MQ=255)
gCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTa > 2:137232/1‑139 (MQ=255)
catcatCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACgc > 1:1794659/1‑139 (MQ=255)
tcatcTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACgctg > 1:340727/1‑139 (MQ=255)
catcTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACgctgc > 2:1646536/1‑139 (MQ=255)
tcTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGctgctg > 1:1220398/1‑139 (MQ=255)
tgGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAAc > 1:1513841/1‑139 (MQ=255)
cgcACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACt < 2:526043/58‑1 (MQ=255)
cgcACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACt > 1:526043/1‑58 (MQ=255)
aTACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGaaaa < 2:1220398/139‑1 (MQ=255)
tACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTaa > 2:1458584/1‑117 (MQ=255)
tACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTaa < 1:1458584/117‑1 (MQ=255)
tACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGaaaa < 2:1772610/138‑1 (MQ=255)
tACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGaaaa > 1:1772610/1‑138 (MQ=255)
ctcactGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCAATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTc > 2:345912/1‑139 (MQ=255)
tcactGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCa > 1:212626/1‑139 (MQ=38)
actGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCAGCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCaaa > 1:1168480/1‑139 (MQ=255)
tGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGTCACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCaaaaa > 2:1674806/1‑139 (MQ=25)
tGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAaca < 2:1534742/129‑1 (MQ=25)
tGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAaca > 1:1534742/1‑129 (MQ=37)
tCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGt > 1:1176400/1‑68 (MQ=255)
tCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGt < 2:1176400/68‑1 (MQ=255)
tCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACa > 2:1030181/1‑139 (MQ=21)
tCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACa > 1:1476086/1‑139 (MQ=37)
tCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCAATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACa < 1:345912/139‑1 (MQ=21)
ggCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTca > 2:1767046/1‑78 (MQ=255)
ggCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTca < 1:1767046/78‑1 (MQ=255)
gCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTcaca < 1:219094/79‑1 (MQ=255)
gCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTcaca > 2:219094/1‑79 (MQ=255)
gCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTa < 1:926158/99‑1 (MQ=255)
gCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTa > 2:926158/1‑99 (MQ=255)
cACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCa < 2:1794659/139‑1 (MQ=37)
cACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCa < 2:650981/139‑1 (MQ=37)
cACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCa < 2:1168480/139‑1 (MQ=21)
cACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCa < 1:137232/139‑1 (MQ=37)
cACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCa < 1:203100/139‑1 (MQ=37)
ctgctgCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATATGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCAtt < 1:1704840/139‑1 (MQ=255)
ctgctgCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCAtt < 2:1513841/139‑1 (MQ=25)
ctgctgCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCAtt < 2:212626/139‑1 (MQ=25)
tgctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGa > 2:1321875/1‑79 (MQ=255)
tgctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGa < 1:1321875/79‑1 (MQ=255)
tgctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCAttt > 2:271555/1‑139 (MQ=25)
ctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTgg < 1:636346/40‑1 (MQ=255)
ctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTgg > 2:636346/1‑40 (MQ=17)
ctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGTCACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTaa < 1:1674806/139‑1 (MQ=19)
ctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCa < 1:501627/84‑1 (MQ=255)
ctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCa > 2:501627/1‑84 (MQ=255)
ctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGtt > 2:123769/1‑92 (MQ=255)
ctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGtt < 1:123769/92‑1 (MQ=255)
ctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCa < 1:1001034/134‑1 (MQ=37)
ctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCa > 2:1001034/1‑134 (MQ=21)
ctgcAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTaa < 1:1646536/139‑1 (MQ=25)
cAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACta < 1:1081408/139‑1 (MQ=25)
cAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATtgt < 1:1800520/139‑1 (MQ=21)
aGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCg > 2:963118/1‑47 (MQ=255)
aGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCg < 1:963118/47‑1 (MQ=255)
cacaCGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATATGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATtgt < 2:34081/133‑1 (MQ=9)
cacaCGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATATGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATtgt > 1:34081/1‑133 (MQ=14)
cacaCGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTgg > 2:575816/1‑52 (MQ=9)
cacaCGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTgg < 1:575816/52‑1 (MQ=9)
cacaCGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGTGAGGCt < 1:285383/139‑1 (MQ=14)
|
CTAGTGCTAACTCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGTGAGGCT > NC_000913/1432140‑1432404
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
