Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F1 I1 R1
|
759 |
71.0 |
3673240 |
91.5% |
3361014 |
104.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,416,763 |
2 bp→TC |
coding (2017‑2018/2145 nt) |
pta → |
phosphate acetyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,416,763 | 0 | C | T | 100.0%
| 178.8
/ NA
| 56 | L673S (CTG→TCG) | pta | phosphate acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (28/28); total (28/28) |
| * | NC_000913 | 2,416,764 | 0 | T | C | 100.0%
| 198.8
/ NA
| 56 | L673S (CTG→TCG) | pta | phosphate acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (28/28); total (28/28) |
CTGCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAA > NC_000913/2416632‑2416891
||
cTGCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGAtctc > 2:922239/1‑139 (MQ=255)
cGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCAt > 1:76478/1‑139 (MQ=255)
cGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCAt > 1:1714213/1‑139 (MQ=255)
aTGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGc < 1:1104911/139‑1 (MQ=255)
gCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGa < 1:1680493/139‑1 (MQ=255)
cGTTGCGCAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGAtgctg > 1:1498568/1‑139 (MQ=255)
gTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGAtgctgc < 1:283710/139‑1 (MQ=255)
gAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGt < 1:1332051/139‑1 (MQ=255)
cGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGt > 1:1388405/1‑139 (MQ=255)
tcCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGAc > 2:592458/1‑139 (MQ=255)
ggTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTg > 1:1231356/1‑139 (MQ=255)
ggTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTg < 2:422877/139‑1 (MQ=255)
cgcTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGAc < 2:589264/124‑1 (MQ=255)
cgcTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGAc > 1:589264/1‑124 (MQ=255)
cgcTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa > 2:360793/1‑139 (MQ=255)
cgcTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa < 1:922239/139‑1 (MQ=255)
gcTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCAc < 1:592458/139‑1 (MQ=255)
aTCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGata > 2:1165811/1‑139 (MQ=255)
cTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGAc < 1:1769415/109‑1 (MQ=255)
cTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGAc > 2:1769415/1‑109 (MQ=255)
aaCACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa > 2:10092/1‑111 (MQ=255)
aaCACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa < 1:10092/111‑1 (MQ=255)
cGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTg > 1:116464/1‑139 (MQ=255)
gTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGata < 2:1600116/117‑1 (MQ=255)
gTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGata > 1:1600116/1‑117 (MQ=255)
aaCACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTg < 1:1761/139‑1 (MQ=255)
ccaccTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGAt < 2:1231356/139‑1 (MQ=255)
caccTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGAtt < 2:1498568/139‑1 (MQ=255)
accTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGata > 1:557095/1‑109 (MQ=255)
accTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGata < 2:557095/109‑1 (MQ=255)
accTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACGCCATCGCGCTGa > 2:1077474/1‑130 (MQ=255)
accTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGa < 1:1077474/130‑1 (MQ=255)
ccTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCa > 2:1652860/1‑139 (MQ=255)
tACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTaa > 1:668310/1‑74 (MQ=255)
tACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTaa < 2:668310/74‑1 (MQ=255)
tACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGt > 2:1425656/1‑139 (MQ=255)
cAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTa < 1:461962/71‑1 (MQ=255)
cAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTa > 2:461962/1‑71 (MQ=255)
aaaGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTg < 1:360793/139‑1 (MQ=255)
aaGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTa < 2:153998/109‑1 (MQ=255)
aaGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTa > 1:153998/1‑109 (MQ=255)
gCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGa < 2:1323485/40‑1 (MQ=255)
gCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGa > 1:1323485/1‑40 (MQ=255)
gCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTa < 2:1719430/67‑1 (MQ=255)
gCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTa > 1:1719430/1‑67 (MQ=255)
gTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcagc < 2:1388405/139‑1 (MQ=255)
tACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTa < 1:667613/103‑1 (MQ=255)
tACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTa > 2:667613/1‑103 (MQ=255)
aCAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTccc > 2:348773/1‑74 (MQ=255)
aCAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTccc < 1:348773/74‑1 (MQ=255)
gTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTa < 1:1652860/139‑1 (MQ=255)
ttCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGata > 1:1441012/1‑89 (MQ=255)
ttCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGata < 2:1441012/89‑1 (MQ=255)
ttCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTaa > 1:1689438/1‑139 (MQ=255)
ccGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCg > 2:241822/1‑64 (MQ=255)
ccGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCg < 1:241822/64‑1 (MQ=255)
||
CTGCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAA > NC_000913/2416632‑2416891
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
