Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate | Predicted Mutations | Mean Coverage | Total Reads | Percent Mapped | Mapped Reads | Average Read Length |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A1 F1 I2 R1 | 765 | 46.1 | 2269152 | 93.8% | 2128464 | 105.7 |
Breseq alignment
| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,540,785 | C→T | intergenic (‑1284/‑172) | nanC ← / → fimB | N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,540,785 | 0 | C | T | 100.0% | 183.6 / NA | 56 | intergenic (‑1284/‑172) | nanC/fimB | N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (31/25); total (31/25) | |||||||||||
TTGTTACAGAACATATCACATGATATATAGATAAGATTAGTTGCATTAATGATGAGGGTTATTATTAGATTCGTATCCGATTGATAAATATATAAAGGTACATAGCATGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAACGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCTTTTATAAACATAATCAGGATAAAAATGTTGGATTATTGCTAAC > NC_000913/4540651‑4540914 | ttGTTACAGAACATATCACATGATATATAGATAAGATTAGTTGCATTAATGATGAGGGTTATTATTAGATTCGTATCCGATTGATAAATATATAAAGGTACATAGCATGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGtta < 1:54942/139‑1 (MQ=255) atCACATGATATATAGATAAGATTAGTTGCATTAATGATGAGGGTTATTATTAGATTCGTATCCGATTGATAAATATATAAAGGTACATAGCATGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGtta < 1:1080115/125‑1 (MQ=255) atCACATGATATATAGATAAGATTAGTTGCATTAATGATGAGGGTTATTATTAGATTCGTATCCGATTGATAAATATATAAAGGTACATAGCATGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGtta > 2:1080115/1‑125 (MQ=255) gATATATAGATAAGATTAGTTGCATTAATGATGAGGGTTATTATTAGATTCGTATCCGATTGATAAATATATAAAGGTACATAGCATGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACt > 2:56901/1‑139 (MQ=255) gATAAGATTAGTTGCATTAATGATGAGGGTTATTATTAGATTCGTATCCGATTGATAAATATATAAAGGTACATAGCATGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTAc > 1:252248/1‑130 (MQ=255) gATAAGATTAGTTGCATTAATGATGAGGGTTATTATTAGATTCGTATCCGATTGATAAATATATAAAGGTACATAGCATGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTAc < 2:252248/130‑1 (MQ=255) tAAGATTAGTTGCATTAATGATGAGGGTTATTATTAGATTCGTATCCGATTGATAAATATATAAAGGTACATAGCATGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGt < 2:33642/139‑1 (MQ=255) aGGGTTATTATTAGATTCGTATCCGATTGATAAATATATAAAGGTACATAGCATGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCAtt > 2:408897/1‑111 (MQ=255) aGGGTTATTATTAGATTCGTATCCGATTGATAAATATATAAAGGTACATAGCATGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCAtt < 1:408897/111‑1 (MQ=255) ttattattaGATTCGTATCCGATTGATAAATATATAAAGGTACATAGCATACAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACt < 1:804285/102‑1 (MQ=255) ttattattaGATTCGTATCCGATTGATAAATATATAAAGGTACAGAGCATACAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACt > 2:804285/1‑102 (MQ=255) attattaGATTCGTATCCGATTGATAAATATATAAAGGTACATAGCATGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACgtt > 2:351984/1‑139 (MQ=255) attaGATTCGTATCCGATTGATAAATATATAAAGGTACATAGCATGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACgttagt < 1:351984/139‑1 (MQ=255) ttCGTATCCGATTGATAAATATATAAAGGTACATAGCATGCAAGAGCATGGCATTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTaa > 1:765594/1‑139 (MQ=255) ttGATAAATATATAAAGGTACATAGCATGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCaga > 1:469557/1‑99 (MQ=255) ttGATAAATATATAAAGGTACATAGCATGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCaga < 2:469557/99‑1 (MQ=255) gATAAATATATAAAGGTACATAGCATGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCt > 2:192005/1‑139 (MQ=255) tACATAGCATGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCTTTta > 2:1000140/1‑127 (MQ=255) tACATAGCATGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCTTTta < 1:1000140/127‑1 (MQ=255) cATAGCATGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCTTTTATAAACATAAt < 2:725507/135‑1 (MQ=255) cATAGCATGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCTTTTATAAACATAAt > 1:725507/1‑135 (MQ=255) cATAGCATGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCTTTTATAAACATAATCAgg > 1:899123/1‑139 (MQ=255) aGCATGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCa > 1:772898/1‑88 (MQ=255) aGCATGCAAGAGCATGGCGTTTCTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCa < 2:772898/88‑1 (MQ=255) gCATGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCTTTTATAAACATAATCAGGATaa < 1:56901/139‑1 (MQ=255) cATGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCTTTTATAAACATAATCAGGATaaa > 1:6591/1‑139 (MQ=255) tGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACt > 1:307529/1‑86 (MQ=255) tGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACt < 2:307529/86‑1 (MQ=255) tGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCg > 2:58043/1‑112 (MQ=255) tGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCg < 1:58043/112‑1 (MQ=255) tGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCTTTta > 1:1075466/1‑118 (MQ=255) tGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCTTTta < 2:1075466/118‑1 (MQ=255) tGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCTTTTATAAACATAATCAGGATaaaaa > 2:559259/1‑139 (MQ=255) tGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCTTTTATAAACATAATCAGGATaaaaa > 1:315352/1‑139 (MQ=255) tGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTCCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCTTTTATAAACATAATCAGGATaaaaa > 2:738504/1‑139 (MQ=255) gCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCTTTTATAAACATAATCAGGATAAAAAt > 1:193849/1‑139 (MQ=255) agagCATGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCTTTTATAAACATAATCAGGATAAAAATGtt < 2:315352/139‑1 (MQ=255) aTGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCTTTTATAAACATAATCAGGATAAAAATGTTGGatt > 2:585511/1‑139 (MQ=255) tGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCa < 1:503499/56‑1 (MQ=255) tGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCa > 2:503499/1‑56 (MQ=255) tGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTcc < 1:406692/73‑1 (MQ=255) tGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTcc > 2:406692/1‑73 (MQ=255) tGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCTTTTATAAACATAATCAGGATAAAAATGTTGGatt < 2:802876/138‑1 (MQ=255) tGGCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCTTTTATAAACATAATCAGGATAAAAATGTTGGatt > 1:802876/1‑138 (MQ=255) ggCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTa > 2:626854/1‑40 (MQ=255) ggCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTa < 1:626854/40‑1 (MQ=255) ggCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCAc < 1:1065193/74‑1 (MQ=255) ggCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCAc > 2:1065193/1‑74 (MQ=255) ggCGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTACGCAAACGTTCGCTTTTATAAACATAATCAGGATAAAAATGTTGGattat > 2:887457/1‑139 (MQ=255) cGTTTGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTa > 1:655004/1‑38 (MQ=255) cGTTTGTAAGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTa < 2:655004/38‑1 (MQ=255) tGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTAc < 2:1119023/35‑1 (MQ=255) tGTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTAc > 1:1119023/1‑35 (MQ=255) gTATGGCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCTTTTATAAACATAATCAGGATAAAAATGTTGGATTATTGCTAAc < 1:887457/139‑1 (MQ=255) gCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGtt < 2:757396/87‑1 (MQ=255) gCAATGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGtt > 1:757396/1‑87 (MQ=255) | TTGTTACAGAACATATCACATGATATATAGATAAGATTAGTTGCATTAATGATGAGGGTTATTATTAGATTCGTATCCGATTGATAAATATATAAAGGTACATAGCATGCAAGAGCATGGCGTTTGTATGGCAACGTTATTATAATTAACAGTTGCTACTCCATTTAAGTTCACTCAGAAGAACTGGTCCACTTACGTTAGTTATTAAGCAAACGTTCGCTTTTATAAACATAATCAGGATAAAAATGTTGGATTATTGCTAAC > NC_000913/4540651‑4540914 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |