Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F1 I2 R1
|
766 |
55.6 |
2631458 |
94.7% |
2491990 |
109.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
540,515 |
C→T |
intergenic (+7/‑50) |
allB → / → ybbY |
allantoinase/putative uracil/xanthine transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 540,515 | 0 | C | T | 100.0%
| 149.9
/ NA
| 48 | intergenic (+7/‑50) | allB/ybbY | allantoinase/putative uracil/xanthine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (24/24); total (24/24) |
TATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCC > NC_000913/540383‑540650
|
tATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCa > 2:1009963/1‑139 (MQ=255)
tATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCa > 1:78962/1‑139 (MQ=255)
tGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGACAAACATCTTTCGTGGTGATGTGATTTACGACATTGGACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGcc < 2:817969/139‑1 (MQ=255)
gTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCGTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCGCGTcc > 1:817969/1‑139 (MQ=255)
aCCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCtt > 1:329481/1‑139 (MQ=255)
tGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTAAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTgcggc > 2:966655/1‑139 (MQ=255)
gcgcgcGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGcggcgg < 2:1186573/139‑1 (MQ=255)
cgcgTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCa > 2:299052/1‑139 (MQ=255)
cGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTAAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGt < 1:966655/139‑1 (MQ=255)
gAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGtt < 2:78962/139‑1 (MQ=255)
aataCCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTa < 1:619125/136‑1 (MQ=255)
aaaaCCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCTGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTa < 2:877662/139‑1 (MQ=255)
aCCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTAAgg < 1:1009963/139‑1 (MQ=255)
cATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTAAGgtg < 1:299052/139‑1 (MQ=255)
cTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGtt < 2:1236131/130‑1 (MQ=255)
cTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGtt > 1:1236131/1‑130 (MQ=255)
ggtgATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTAAGGTGTGTTTATGtt < 1:978893/139‑1 (MQ=255)
tgatgtgatTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCg < 2:342019/96‑1 (MQ=255)
tgatgtgatTTACGACATTGAACAGGGCTTCACTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCg > 1:342019/1‑96 (MQ=255)
gtgatTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTAAGGTGTGTTTATg < 2:355364/131‑1 (MQ=255)
gtgatTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTAAGGTGTGTTTATg > 1:355364/1‑131 (MQ=255)
gtgatTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTAAGGTGTGTTTATGtt < 1:593482/133‑1 (MQ=255)
gtgatTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTAAGGTGTGTTTATGtt > 2:593482/1‑133 (MQ=255)
tgatTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGc > 1:569100/1‑83 (MQ=255)
tgatTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGc < 2:569100/83‑1 (MQ=255)
atTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGc > 2:1179639/1‑139 (MQ=255)
tACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTa > 1:901978/1‑112 (MQ=255)
tACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTa < 2:901978/112‑1 (MQ=255)
aTTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCcg < 2:286948/139‑1 (MQ=255)
aGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGc < 1:1179639/139‑1 (MQ=255)
aGGGCTTCCCTCTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTAAGGTGTGTTTATTTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGc < 1:851036/139‑1 (MQ=255)
ggCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTa < 1:326953/97‑1 (MQ=255)
ggCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTa > 2:326953/1‑97 (MQ=255)
ttGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATtc < 1:52710/79‑1 (MQ=255)
ttGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATtc > 2:52710/1‑79 (MQ=255)
ttGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTg > 2:162032/1‑130 (MQ=255)
ttGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTg < 1:162032/130‑1 (MQ=255)
cgcCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGt > 1:452927/1‑82 (MQ=255)
cgcCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGt < 2:452927/82‑1 (MQ=255)
ccGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCa > 2:393317/1‑139 (MQ=255)
aaaGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGAtt > 2:382169/1‑139 (MQ=255)
tAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCcgcg < 2:234809/97‑1 (MQ=255)
tAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCcgcg > 1:234809/1‑97 (MQ=255)
tCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAaca > 2:789096/1‑139 (MQ=255)
cagcagTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAacac > 1:876919/1‑139 (MQ=255)
agcagTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTATGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACg > 1:1309748/1‑139 (MQ=255)
tGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTtc > 1:205022/1‑139 (MQ=255)
ggCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTtcc < 2:79976/139‑1 (MQ=255)
|
TATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCC‑‑‑‑‑‑GGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCC > NC_000913/540383‑540650
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
