Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F1 I1 R1
|
778 |
68.7 |
3228504 |
93.4% |
3015422 |
109.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,278,594 |
C→T |
A213V (GCG→GTG) |
narK → |
nitrate/nitrite transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,278,594 | 0 | C | T | 98.1%
| 161.9
/ ‑4.9
| 52 | A213V (GCG→GTG) | narK | nitrate/nitrite transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (24/27); total (24/28) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATGGTGGTCTGGGAAACATGGGCGTCAGCGTCATGCAGTTGGTTGCTCCGCTGGTGGTATCACTGTCGATTTTCGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGCGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGTTTGGCATGAACGATCTTGCTACCTCGAAAGCCTCCATCAAGGAGCAGTTGCCGGTACTCAAACGGGGTCATCT > NC_000913/1278465‑1278723
|
aTGGTGGTCTGGGGAACATGGGCGTCAGCGTCATGCAGTTGGTTGCTCCGCTGGTGGTATCACTGTCGATTTTCGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTc < 1:23912/139‑1 (MQ=255)
aTGGTGGTCTGGGAAACATGGGCGTCAGCGTCATGCAGTTGGTTGCTCCGCTGGTGGTATCACTGTCGATTTTCGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTc < 1:1289233/139‑1 (MQ=255)
tggtCTGGGAAACATGGGCGTCAGCGTCATGCAGTTGGTTGCTCCGCTGGTGGTATCACTGTCGATTTTCGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTgg > 2:412351/1‑139 (MQ=255)
tGGGAAACATGGGCGTCAGCGTCATGCAGTTGGTTGCTCCGCTGGTGGTATCACTGTCGATTTTCGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATg > 2:986130/1‑139 (MQ=255)
gggCGTCAGCGTCATGCAGTTGGTTGCTCCGCTGGTGGTATCACTGTCGATTTTCGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGTGTCCTGGATATGGGTGCCGTTc > 1:644365/1‑139 (MQ=255)
gcgtcagcgtcaTGCAGTTGGTTGCTCCGCTGGTGGTATCACTGTCGATTTTCGCAGTATTTGCTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCt > 2:852971/1‑139 (MQ=255)
tcagcgtcaTGCAGTTGGTTGCTCCGCTGGTGGTATCACTGTCGATTTTCGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGc < 1:852971/139‑1 (MQ=255)
cagcgtcaTGCAGTTGGTTGCTCCGCTGGTGGTATCACTGTCGATTTTCGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGcc < 2:700247/139‑1 (MQ=255)
cagcgtcaTGCAGTTGGTTGCTCCGCTGGTGGTATCACTGTCGATTTTCGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGcc < 1:986130/139‑1 (MQ=255)
tcaTGCAGTTGGTTGCTCCGCTGGTGGTATCACTGTCGATTTTCGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAAt < 1:1472995/104‑1 (MQ=255)
tcaTGCAGTTGGTTGCTCCGCTGGTGGTATCACTGTCGATTTTCGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAAt > 2:1472995/1‑104 (MQ=255)
ttggttgCTCCGCTGGTGGTATCACTGTCGATTTTCGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTg > 2:829202/1‑139 (MQ=255)
gttgCTCCGCTGGTGGTATCACTGTCGATTTTCGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTgcgg > 2:1304620/1‑139 (MQ=255)
ttgCTCCGCTGGTGGTATCACTGTCGATTTTCGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTgcggc < 1:412351/139‑1 (MQ=255)
tgCTCCGCTGGTGGTATCACTGTCGATTTTCGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGcc > 1:1465558/1‑121 (MQ=255)
tgCTCCGCTGGTGGTATCACTGTCGATTTTCGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGcc < 2:1465558/121‑1 (MQ=255)
tgCTCCGCTGGTGGTATCACTGTCGATTTTCGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTgcggcg < 2:1442664/139‑1 (MQ=255)
ccGCTGGTGGTATCACTGTCGATTTTCGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGt < 2:475985/139‑1 (MQ=255)
tCACTGTCGATTTTCGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGTTTGGCATGAACg < 2:1434376/139‑1 (MQ=255)
aTTTTCGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATg < 2:1218215/67‑1 (MQ=255)
aTTTTCGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATg > 1:1218215/1‑67 (MQ=255)
cGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGTTTGGCATGAACGATCTTGCTACCTCg < 1:460381/139‑1 (MQ=255)
tATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGTGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGTTTGGCATGAACGATCTTGCTACCTCGAAAGc < 2:644365/139‑1 (MQ=255)
ttGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCTTCTATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGTTTGGCATGAACGATCTTGCTACCTCGAAAGCCTc < 1:986504/139‑1 (MQ=255)
ccAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAAt > 2:50541/1‑46 (MQ=255)
ccAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAAt < 1:50541/46‑1 (MQ=255)
ccAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGTTTGGCATGAACGATCTTGCTACCTCGAAAGCCTCCATCAAg > 1:1121551/1‑139 (MQ=255)
ccAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGTTTGGCATGAACGATCTTGCTACCTCGAAAGCCTCCATCAAg > 1:1401640/1‑139 (MQ=255)
ccAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGTTTGGCATGAACGATCTTGCTACCTCGAAAGCCTCCATCAAg > 1:355600/1‑139 (MQ=255)
ccAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGTTTGGCATGAACGATCTTGCTACCTCGAAAGCCTCCATCAAg > 1:662566/1‑139 (MQ=255)
ggCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAAt > 2:88693/1‑42 (MQ=255)
ggCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAAt < 1:372943/42‑1 (MQ=255)
ggCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAAt < 1:88693/42‑1 (MQ=255)
ggCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAAt > 2:372943/1‑42 (MQ=255)
ggCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGTTTGGCATGAAc > 2:940856/1‑105 (MQ=255)
ggCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGTTTGGCATGAACGATCTTGCTACCTCGAAAGCCTCCATCAAGGAg < 1:70982/138‑1 (MQ=255)
ggCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGTTTGGCATGAACGATCTTGCTACCTCGAAAGCCTCCATCAAGGAg > 2:70982/1‑138 (MQ=255)
ggCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGTTTGGCATGAACGATCTTGCTACCTCGAAAGCCTCCATCAAGGAGc > 1:1348782/1‑139 (MQ=255)
ggCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGCGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGTTTGGCATGAAc < 1:940856/105‑1 (MQ=255)
gCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGTTTGGCATGAACGATCTTGCTACCTCGAAAGCCTCCATCAAGGAGCa > 2:823578/1‑139 (MQ=255)
cAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGTTTGGCATGAACGATCTTGCTACCTCGAAAGCCTCCATCAAGGAGCAGTTg > 2:157690/1‑139 (MQ=255)
aaCAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGcc < 1:1324976/65‑1 (MQ=255)
aaCAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGcc > 2:1324976/1‑65 (MQ=255)
ccGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTgcggcg > 1:738078/1‑78 (MQ=255)
ccGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTgcggcg < 2:738078/78‑1 (MQ=255)
ccGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTg > 2:999996/1‑73 (MQ=255)
ccGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTg < 1:999996/73‑1 (MQ=255)
aTGGGACTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGTTTGGCATGAACGATCTTGCTACCTCGAAAGCCTCCATCAAGGAGCAGTTGCCGGTACTCaa < 2:1401640/139‑1 (MQ=255)
aCTGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGTTTGGCATGAACGATCTTGCTACCTCGAAAGCCTCCATCAAGGAGCAGTTGCCGGTACTCAAACggg < 2:1121551/139‑1 (MQ=255)
tGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGTTTGGCATGAACGATCTTGCTACCTCGAAAGCCTCCATCAAGGAGCAGTTGCCGGTACTCAAACGGGGt < 2:355600/139‑1 (MQ=255)
tGAGCTGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGTTTGGCATGAACGATCTTGCTACCTCGAAAGCCTCCATCAAGGAGCAGTTGCCGGTACTCAAACGGGGt < 1:157690/139‑1 (MQ=255)
tGTATCTGGTGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGTTTGGCATGAACGATCTTGCTACCTCGAAAGCCTCCATCAAGGAGCAGTTGCCGGTACTCAAACGGGGTCATCt < 1:1304620/139‑1 (MQ=255)
|
ATGGTGGTCTGGGAAACATGGGCGTCAGCGTCATGCAGTTGGTTGCTCCGCTGGTGGTATCACTGTCGATTTTCGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGCGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGTTTGGCATGAACGATCTTGCTACCTCGAAAGCCTCCATCAAGGAGCAGTTGCCGGTACTCAAACGGGGTCATCT > NC_000913/1278465‑1278723
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
