Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F1 I1 R1
|
778 |
68.7 |
3228504 |
93.4% |
3015422 |
109.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,630,986 |
A→G |
intergenic (‑73/+16) |
ydfI ← / ← ydfJ |
putative NAD‑dependent D‑mannonate oxidoreductase/pseudogene, MFS transporter family, interrupted by Qin prophage,Phage or Prophage Related, putative transport protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,630,986 | 0 | A | G | 100.0%
| 248.2
/ NA
| 68 | intergenic (‑73/+16) | ydfI/ydfJ | putative NAD‑dependent D‑mannonate oxidoreductase/pseudogene, MFS transporter family, interrupted by Qin prophage,Phage or Prophage Related, putative transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (36/32); total (36/32) |
TTATTAAGATCATAAACAGGGAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCATTTTCAGCGCA > NC_000913/1630858‑1631110
|
ttattaAGATCATAAACAGGGAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTa < 1:1387147/139‑1 (MQ=255)
tattaAGATCATAAACAGGGAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTaa < 2:591710/139‑1 (MQ=255)
aTCATAAACAGGGAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTa > 2:1133520/1‑139 (MQ=255)
tCATAAACAGGGAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAg > 2:1310626/1‑132 (MQ=255)
tCATAAACAGGGAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAg < 1:1310626/132‑1 (MQ=255)
tCATAAACAGGGAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTAc > 2:1188882/1‑139 (MQ=255)
tCATAAACAGGGAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTAc > 2:888222/1‑139 (MQ=255)
aaaCAGGGAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGAc < 1:1133520/139‑1 (MQ=255)
aaaCAGGGAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGAc < 2:1305583/139‑1 (MQ=255)
gggAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTg > 1:410199/1‑139 (MQ=255)
ggAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGaa > 1:1267551/1‑113 (MQ=255)
ggAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGaa < 2:1267551/113‑1 (MQ=255)
ggAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACa > 2:887604/1‑130 (MQ=255)
ggAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACa < 1:887604/130‑1 (MQ=255)
ggAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTgg > 1:51604/1‑139 (MQ=255)
ggAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGAGTAAGGGTTTACAGACTTCTgg > 2:949211/1‑139 (MQ=255)
aGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGaa > 1:1145280/1‑139 (MQ=255)
aGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCATAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGaa > 1:1141691/1‑139 (MQ=255)
ttttGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTgcgc < 2:1145280/139‑1 (MQ=255)
ttttGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTgcgc > 1:305754/1‑139 (MQ=255)
tGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGc < 2:1141691/139‑1 (MQ=255)
ttCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGaa < 2:1305663/83‑1 (MQ=255)
ttCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGaa > 1:1305663/1‑83 (MQ=255)
ccATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGAt < 2:51604/139‑1 (MQ=255)
cAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCg < 1:888222/139‑1 (MQ=255)
ttCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCa > 2:1512026/1‑108 (MQ=255)
ttCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCa < 1:1512026/108‑1 (MQ=255)
ttCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAacac < 2:972039/121‑1 (MQ=255)
ttCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAacac > 1:972039/1‑121 (MQ=255)
ttCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAg > 1:620341/1‑139 (MQ=255)
taaatataaataTGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCACAGCTCTTACAACACGCGGTTGATc > 2:542154/1‑126 (MQ=255)
taaatataaataTGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCACAGCTCTTACAACACGCGGTTGATc < 1:542154/126‑1 (MQ=255)
ataaatatGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAg < 1:1188882/139‑1 (MQ=255)
aaatatGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGAt > 1:1029957/1‑118 (MQ=255)
aaatatGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGAt < 2:1029957/118‑1 (MQ=255)
aatatGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAgcgc > 1:721315/1‑139 (MQ=255)
ggCAAGCTATATGTTTTGTTTTATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGaa < 2:729797/53‑1 (MQ=255)
ggCAAGCTATATGTTTTGTTTTATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGaa > 1:729797/1‑53 (MQ=255)
ggCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTa > 2:91446/1‑139 (MQ=255)
ggCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTa > 2:922121/1‑139 (MQ=255)
cAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGaa < 1:1511026/51‑1 (MQ=255)
cAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGaa > 2:1511026/1‑51 (MQ=255)
cTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCAc < 2:180695/139‑1 (MQ=255)
cTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCACACTTAAATCAc < 2:171028/139‑1 (MQ=255)
ttGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGAc > 2:812260/1‑58 (MQ=255)
ttGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGAc < 1:812260/58‑1 (MQ=255)
tGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTgcgc < 1:348583/73‑1 (MQ=255)
tGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTgcgc > 2:348583/1‑73 (MQ=255)
tGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCAc > 1:673512/1‑139 (MQ=255)
tGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCAc > 2:157419/1‑139 (MQ=255)
tGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCAc > 1:685517/1‑139 (MQ=255)
gTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCAcc > 2:142744/1‑139 (MQ=255)
gTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGG‑AGGTTGCGCAGCTCTTACAacac < 1:1160162/85‑1 (MQ=255)
gTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGG‑AGGTTGCGCAGCTCTTACAacac > 2:1160162/1‑85 (MQ=255)
ttATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACct < 2:95602/139‑1 (MQ=255)
tGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGTGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACg < 1:744400/123‑1 (MQ=255)
tGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGTGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACg > 2:744400/1‑123 (MQ=255)
tGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCAc > 2:194645/1‑122 (MQ=255)
tGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCAc < 1:194645/122‑1 (MQ=255)
aaTAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCAt > 2:1406192/1‑139 (MQ=255)
cccTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACa > 1:29124/1‑35 (MQ=255)
cccTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACa < 2:29124/35‑1 (MQ=255)
cccTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTgc > 2:729882/1‑52 (MQ=255)
cccTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTgc < 1:729882/52‑1 (MQ=255)
cccTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTacaaca < 1:1210756/67‑1 (MQ=255)
cccTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTacaaca > 2:1210756/1‑67 (MQ=255)
cccTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCATTTTCAGCGCa < 2:620341/139‑1 (MQ=255)
cccTCTCCGGTAAGGGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCATTTTCAGCGCa < 1:142744/139‑1 (MQ=255)
|
TTATTAAGATCATAAACAGGGAGTGTCGCTTTTGCTGATAACAAATTATTTCCCATAACAATTCCTTAAATATAAATATGGCAAGCTATATGTTTTGTTATATGAATAAAAATCCCCTCTCCGGTAAGAGAAGGGATTAAGGGTTTACAGACTTCTGGAAGGTTGCGCAGCTCTTACAACACGCGGTTGATCTTCCGCAGCGTCTTCCAGCGCACTTAAATCACGGTCTTTCACCTCTGGCATTTTCAGCGCA > NC_000913/1630858‑1631110
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
