Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F1 I1 R1
|
759 |
65.2 |
3386260 |
90.7% |
3071337 |
101.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,387,095 |
G→A |
A126T (GCA→ACA) |
tyrR → |
aromatic amino acid biosynthesis and transport regulon transcriptional regulator, autorepressor, ATPase, phosphatase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,387,095 | 0 | G | A | 100.0%
| 155.5
/ NA
| 48 | A126T (GCA→ACA) | tyrR | aromatic amino acid biosynthesis and transport regulon transcriptional regulator, autorepressor, ATPase, phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (23/25); total (23/25) |
CGTTGAGCGCGTTACTGGAGGCGTTGCCTGAACCTGTGCTCTCTGTCGATATGAAAAGCAAAGTGGATATGGCGAACCCGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCGCACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCATAACGAGCATGTCGTTATTAATGGGCAGAATTTCCTGATGGAGATTACGCC > NC_000913/1386961‑1387207
|
cGTTGAGCGCGTTACTGGAGGCGTTGCCTGAACCTGTGCTCTCTGTCGATATGAAAAGCAAAGTGGATATGGCGAACCCGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCcacaca < 1:1536338/139‑1 (MQ=255)
gAGCGCGTTACTGGAGGCGTTGCCTGAACCCGTGCTCTCTGTCGATATGAAAAGCAAAGTGGATATGGCGAACCCGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTg > 2:1308344/1‑139 (MQ=255)
cgTTACTGGAGGCGTTGCCTGAACCTGTGCTCTCTGTCGATATGAAAAGCAAAGTGGATATGGCGAACCCGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTaa > 2:700034/1‑139 (MQ=255)
gTTACTGGAGGCGTTGCCTGAACCCGTGCTCTCTGTCGATATGAAAAGCAAAGTGGATATGGCGAACCCGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAAc < 1:1308344/139‑1 (MQ=255)
gTTGCCTGAACCTGTGCTCTCTGTCGATATGAAAAGCAAAGTGGATATGGCGAACCCGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGACAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAAtttt > 2:911228/1‑139 (MQ=255)
tgCTCTCTGTCGATATGAAAAGCAAAGTGGATATGGCGAACCCGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGa < 2:892002/139‑1 (MQ=255)
tctGTCGATATGAAAAGCAAAGTGGATATGGCGAACCCGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCg < 1:700034/139‑1 (MQ=255)
tGTCGATATGAAAAGCAAAGTGGATATGGCGAACCCGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGaa > 1:889727/1‑139 (MQ=255)
tGAAAAGCAAAGTGGATATGGCGAACCCGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGa < 2:953089/139‑1 (MQ=255)
aaGTGGATATGGCGAACCCGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGt < 2:466663/107‑1 (MQ=255)
aaGTGGATATGGCGAACCCGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGt > 1:466663/1‑107 (MQ=255)
aGTGGATATGGCGAACCCGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAg < 2:1107000/128‑1 (MQ=255)
aGTGGATATGGCGAACCCGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAg > 1:1107000/1‑128 (MQ=255)
tGGATATGGCGAACCCGACGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCATAACGa > 1:1059378/1‑139 (MQ=255)
ggCGAACCCGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGACAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCATAACGAGCATGTc < 1:911228/139‑1 (MQ=255)
cGAACCCGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGc < 2:745078/114‑1 (MQ=255)
cGAACCCGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGc > 1:745078/1‑114 (MQ=255)
cGAACCCGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCATAACGAGCATGTCGt < 2:889727/139‑1 (MQ=255)
gAACCCGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAA‑TTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCATAACGAGCATGTCGtta > 1:1655681/1‑139 (MQ=255)
aCCCGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCATAACGAGCATGTCg > 2:1487874/1‑135 (MQ=255)
aCCCGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCATAACGAGCATGTCg < 1:1487874/135‑1 (MQ=255)
aCCCGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCATAACGAGCATGTCGttat > 1:1236828/1‑139 (MQ=255)
cccGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCacac < 1:1572843/62‑1 (MQ=255)
cccGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCacac > 2:1572843/1‑62 (MQ=255)
cccGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCATAACGAGCATg < 1:638651/131‑1 (MQ=255)
cccGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCATAACGAGCATg > 2:638651/1‑131 (MQ=255)
gCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCATAACGAGCATGTCGTTATTAATg > 2:754575/1‑139 (MQ=255)
cGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAAc > 1:433903/1‑68 (MQ=255)
cGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAAc < 2:433903/68‑1 (MQ=255)
cGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCATAACGAGCATGTCGttatta < 1:65574/135‑1 (MQ=255)
cGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCATAACGAGCATGTCGttatta > 2:65574/1‑135 (MQ=255)
gAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAA‑TTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCATAACGAGCATGTCGTTATTAATGGGc < 2:1655681/139‑1 (MQ=255)
cTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGt < 1:210810/82‑1 (MQ=255)
cTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGt > 2:210810/1‑82 (MQ=255)
tGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGa > 2:396418/1‑104 (MQ=255)
tGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGa < 1:396418/104‑1 (MQ=255)
tttGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCATAACGAGCATGTCGTTATTAATGGGCAGAATTTCCTGa < 2:1236828/139‑1 (MQ=255)
tGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTaa < 2:1279844/51‑1 (MQ=255)
tGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTaa > 1:1279844/1‑51 (MQ=255)
gggCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGt > 1:511137/1‑69 (MQ=255)
gggCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGt < 2:511137/69‑1 (MQ=255)
gCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCATaa < 1:1173857/99‑1 (MQ=255)
gCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCATaa > 2:1173857/1‑99 (MQ=255)
aaTTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCATAACGAGCATGTCGTTATTAATGGGCAGAATTTCCTGATGGAGATTAc < 2:1270597/139‑1 (MQ=255)
tGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCATAACGAGCATGTCGTTATTAATGGGCAGAATTTCCTGATGGAGATTACGcc < 2:1059378/139‑1 (MQ=255)
cAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTgg < 2:258870/49‑1 (MQ=255)
cAACCATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTgg > 1:258870/1‑49 (MQ=255)
ccATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCAt < 2:4250/73‑1 (MQ=255)
ccATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCAt > 1:4250/1‑73 (MQ=255)
ccATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCATAACGAGCATGTCGTTATTAATGGGCAGAATTTCCTGATGGAGATTa > 1:53132/1‑119 (MQ=255)
ccATACCGCCACACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCATAACGAGCATGTCGTTATTAATGGGCAGAATTTCCTGATGGAGATTa < 2:53132/119‑1 (MQ=255)
ccgccaCACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCATAACGAGCATGTCGTTATTAATgg > 2:558279/1‑91 (MQ=255)
ccgccaCACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCATAACGAGCATGTCGTTATTAATgg < 1:558279/91‑1 (MQ=255)
|
CGTTGAGCGCGTTACTGGAGGCGTTGCCTGAACCTGTGCTCTCTGTCGATATGAAAAGCAAAGTGGATATGGCGAACCCGGCGAGCTGTCAGCTTTTTGGGCAAAAATTGGATCGCCTGCGCAACCATACCGCCGCACAATTGATTAACGGCTTTAATTTTTTACGTTGGCTGGAAAGCGAACCGCAAGATTCGCATAACGAGCATGTCGTTATTAATGGGCAGAATTTCCTGATGGAGATTACGCC > NC_000913/1386961‑1387207
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
