Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F1 I1 R1
|
759 |
65.2 |
3386260 |
90.7% |
3071337 |
101.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,620,434 |
(T)6→7 |
coding (439/627 nt) |
upp ← |
uracil phosphoribosyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,620,428 | 1 | . | T | 97.5%
| 124.0
/ ‑3.6
| 40 | coding (445/627 nt) | upp | uracil phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base T (18/21); total (18/22) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 |
GAATAATGTATCCGTGCTCGTTCAGTCCCTGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGC‑TTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAACCAGTTTCTGGAAGTACGGTACCGGCTCCAGCGTTTCTTCA > NC_000913/2620290‑2620561
|
gAATAATGTATCCGTGCTCGTTCAGTCCCTGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGc < 2:167773/139‑1 (MQ=255)
ccGTGCTCGTTCAGTCCCTGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGC‑ttttt‑ttcagc > 2:964279/1‑134 (MQ=255)
ccGTGCTCGTTCAGTCCCTGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGC‑ttttt‑ttcagc < 1:629413/139‑6 (MQ=255)
ccGTGCTCGTTCAGTCCCTGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGC‑ttttt‑ttcagc > 1:1392066/1‑134 (MQ=255)
tCGTTCAGTCCCTGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCg < 2:1225187/139‑1 (MQ=255)
cAGTCCCTGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGt < 1:710094/139‑1 (MQ=255)
tCCCTGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTcgc > 2:1149628/1‑139 (MQ=255)
tCCCTGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTcgc < 1:774159/139‑1 (MQ=255)
cccTGATCAATCGATGTGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGC‑TTTTTCTCAGCAGGTCGATGGTagcg < 1:1149628/139‑1 (MQ=255)
tGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGC‑ttttt‑ttcagc > 2:1184026/1‑116 (MQ=255)
tGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGC‑ttttt‑ttcagc < 1:1184026/121‑6 (MQ=255)
aTCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAAc > 2:186695/1‑139 (MQ=255)
tCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACg < 2:1392066/139‑1 (MQ=255)
aTCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGc > 2:1219821/1‑104 (MQ=255)
aTCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGc < 1:1219821/104‑1 (MQ=255)
tCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAac > 2:872051/1‑139 (MQ=255)
gCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCg < 2:349298/139‑1 (MQ=255)
gCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCg < 1:964279/139‑1 (MQ=255)
gTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGC‑ttttt‑tt > 1:373762/1‑101 (MQ=255)
gTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGC‑ttttt‑tt < 2:373762/102‑2 (MQ=255)
ttCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCAt > 1:989676/1‑139 (MQ=255)
tCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGAt > 1:387387/1‑114 (MQ=255)
tCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGAt < 2:387387/114‑1 (MQ=255)
gACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTgg > 2:1401330/1‑139 (MQ=255)
cgcTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAg > 2:1519521/1‑139 (MQ=255)
cgATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATg < 2:1144125/75‑1 (MQ=255)
cgATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATg > 1:1144125/1‑75 (MQ=255)
cgATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGa > 2:612108/1‑139 (MQ=255)
cgATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGa > 1:1506284/1‑139 (MQ=255)
aCCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGtt < 2:1551878/139‑1 (MQ=255)
ccTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTa > 2:475774/1‑139 (MQ=255)
tCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGcc < 1:1256922/118‑1 (MQ=255)
tCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGcc > 2:1256922/1‑118 (MQ=255)
tGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAAc < 2:1506284/139‑1 (MQ=255)
gcgcAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAACCa < 1:186695/139‑1 (MQ=255)
aCCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAACCAGTTTCTgg < 1:1401330/139‑1 (MQ=255)
aCCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAACCAGTTTCTgg < 1:872051/139‑1 (MQ=255)
gAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCgg > 1:1350076/1‑67 (MQ=255)
gAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCgg < 2:1350076/67‑1 (MQ=255)
tGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAACCAGTTTCTGGAAGTACGGTAcc < 1:669698/135‑1 (MQ=255)
tGATGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAACCAGTTTCTGGAAGTACGGTAcc > 2:669698/1‑135 (MQ=255)
aTGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCGTACGCTCAt > 1:539262/1‑98 (MQ=255)
aTGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCGTACGCTCAt < 2:539262/98‑1 (MQ=255)
aTGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAACCAGTTTCTGGAAGTACGGTACCGGCTc > 1:1068669/1‑138 (MQ=255)
aTGCTGCTGCAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAACCAGTTTCTGGAAGTACGGTACCGGCTc < 2:1068669/138‑1 (MQ=255)
ctgcAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAACCAGTTTCt < 1:92240/113‑1 (MQ=255)
ctgcAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAACCAGTTTCt > 2:92240/1‑113 (MQ=255)
gcAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGAt > 2:1581680/1‑37 (MQ=255)
gcAGCCCGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGAt < 1:1581680/37‑1 (MQ=255)
cccGCTTTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAACCAGTTTCTGGAAGTACGGTACCGGCTCCAGCGTTTCTTCa < 1:612108/139‑1 (MQ=255)
|
GAATAATGTATCCGTGCTCGTTCAGTCCCTGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCCAGCGCAGCGATACCTTCTGGCGCAGCTACCAGCACCAGAACTTTGATGCTGCTGCAGCCCGC‑TTTTT‑TCAGCAGGTCGATGGTCGCGATAACGGAACCACCGGTTGCCAGCATTGGGTCAACGATCAGCGCCATACGCTCATCGATGTTAGAAACCAGTTTCTGGAAGTACGGTACCGGCTCCAGCGTTTCTTCA > NC_000913/2620290‑2620561
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
