Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F1 I1 R1
|
757 |
76.1 |
3598070 |
93.4% |
3360597 |
108.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,392,890 |
G→A |
*300* (TAG→TAA) |
pgrR → |
murein peptide degradation regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,392,890 | 0 | G | A | 100.0%
| 238.4
/ NA
| 73 | *300* (TAG→TAA) | pgrR | murein peptide degradation regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (36/37); total (36/37) |
AAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAGCACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGATGCTGATTATGATACCGAAAACGGGTTTGAACGTG > NC_000913/1392758‑1393024
|
aaaaCTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACactac > 2:1034994/1‑139 (MQ=255)
aaaaCTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACactac > 1:861579/1‑139 (MQ=255)
aaaCTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACactact < 1:1403499/139‑1 (MQ=255)
gATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTg > 2:1263772/1‑139 (MQ=255)
aTACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGa < 2:885/139‑1 (MQ=255)
tgtTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACAt < 1:1034994/139‑1 (MQ=255)
tgtTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACAt < 2:311340/139‑1 (MQ=255)
tgtTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACAt < 2:861579/139‑1 (MQ=255)
ttttGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATCCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTCCTTGCTGATACAtta > 1:709107/1‑139 (MQ=255)
tGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACAttaatt > 1:558961/1‑139 (MQ=255)
tGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACAttaatt > 1:326773/1‑139 (MQ=255)
gATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACAttaattta > 1:1392295/1‑139 (MQ=255)
gATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACAttaattta > 1:1294928/1‑139 (MQ=255)
aaTTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACa > 1:72682/1‑112 (MQ=255)
aaTTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACa < 2:72682/112‑1 (MQ=255)
gATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATtaatttaatt < 1:658770/127‑1 (MQ=255)
gATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATtaatttaatt > 2:658770/1‑127 (MQ=255)
aTTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACactac < 1:1601316/104‑1 (MQ=255)
aTTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACactac > 2:1601316/1‑104 (MQ=255)
tACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTAtt < 1:1451155/139‑1 (MQ=255)
cccGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATtct > 2:1516189/1‑139 (MQ=255)
cGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACacta > 1:486143/1‑96 (MQ=255)
cGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACacta < 2:486143/96‑1 (MQ=255)
ggTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAg < 2:558961/139‑1 (MQ=255)
ggTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAg < 2:1294928/139‑1 (MQ=255)
cacaCCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGt > 2:1311976/1‑139 (MQ=255)
cacaCCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGt < 2:1236028/139‑1 (MQ=255)
acacCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTc < 2:797653/139‑1 (MQ=255)
acacCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTc < 1:1311976/139‑1 (MQ=255)
cGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCTTTTCACCGTTTTGTTCAttt > 2:1432420/1‑139 (MQ=255)
tCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCAttttt > 2:142335/1‑139 (MQ=255)
cGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAAttctt < 2:1396738/94‑1 (MQ=255)
cGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAAttctt > 1:1396738/1‑94 (MQ=255)
cGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGt > 2:561410/1‑113 (MQ=255)
cGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGt < 1:561410/113‑1 (MQ=255)
cGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTc > 2:310577/1‑132 (MQ=255)
cGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTc < 1:310577/132‑1 (MQ=255)
aCATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTAt < 1:1516189/139‑1 (MQ=255)
ggCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGt > 2:1282274/1‑139 (MQ=255)
tctcATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGa < 2:326773/139‑1 (MQ=255)
ctcATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGAc < 1:1263772/139‑1 (MQ=255)
tcATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACa < 1:1432420/139‑1 (MQ=255)
ttatttatAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGAt > 1:1653587/1‑139 (MQ=255)
tatttatAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGATg < 1:1659511/139‑1 (MQ=255)
tagatagGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTAc < 1:131114/119‑1 (MQ=255)
tagatagGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTAc > 2:131114/1‑119 (MQ=255)
tagatagGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACa < 1:53247/120‑1 (MQ=255)
tagatagGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACa > 2:53247/1‑120 (MQ=255)
agatagGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGATGCTGATTa < 2:1653587/139‑1 (MQ=255)
ggCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGATGCTGATTATGATa > 2:626992/1‑139 (MQ=255)
gCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTAt > 2:1507101/1‑103 (MQ=255)
gCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTAt < 1:1507101/103‑1 (MQ=255)
cTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGATGCTGATTATGATAcc < 1:142335/139‑1 (MQ=255)
aaGTATAAAGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGATGCTGATTATGATACCGaa > 1:64611/1‑139 (MQ=255)
aGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGt > 1:1583776/1‑63 (MQ=255)
aGGTGCTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGt < 2:1583776/63‑1 (MQ=255)
cTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTc > 2:1335450/1‑77 (MQ=255)
cTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTc < 1:1335450/77‑1 (MQ=255)
cTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTc > 2:480046/1‑77 (MQ=255)
cTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTc < 1:876200/77‑1 (MQ=255)
cTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTc > 2:876200/1‑77 (MQ=255)
cTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTc < 1:480046/77‑1 (MQ=255)
cTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTAt < 1:634520/86‑1 (MQ=255)
cTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTAt > 2:634520/1‑86 (MQ=255)
cTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACa > 1:1112271/1‑96 (MQ=255)
cTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACa < 2:1112271/96‑1 (MQ=255)
cTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGATg < 2:1147370/109‑1 (MQ=255)
cTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGATg > 1:1147370/1‑109 (MQ=255)
cTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGATGCTGATTAt < 2:1232509/117‑1 (MQ=255)
cTGTTTAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGATGCTGATTAt > 1:1232509/1‑117 (MQ=255)
gTTTAACACTACTTGCTGATACATT‑ATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGATGCTGATTATGATACCGAAAACGGGTTTGAACGTg > 2:973570/1‑139 (MQ=255)
tttAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGATGCt < 2:640900/108‑1 (MQ=255)
tttAACACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGATGCt > 1:640900/1‑108 (MQ=255)
|
AAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAGCACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGATGCTGATTATGATACCGAAAACGGGTTTGAACGTG > NC_000913/1392758‑1393024
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
