Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F17 I0 R1
|
92 |
90.7 |
2214160 |
82.3% |
1822253 |
222.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,594,557 |
G→A |
20.3% |
L56F (CTC→TTC) |
lgoT ← |
putative L‑galactonate:H+ symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,594,557 | 0 | G | A | 20.3%
| 76.7
/ 2.6
| 47 | L56F (CTC→TTC) | lgoT | putative L‑galactonate:H+ symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/11); new base A (2/8); total (27/20) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.21e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 |
ACACGAACTGCGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑ATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCC‑ATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATTTTCTTTTTCCACGCCGGACTCCTGTATTTATAATTTTAATTGTTTACGTAATT > NC_000913/4594320‑4594763
|
acccGAACTGCGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑Cgag‑a < 1:56733/236‑1 (MQ=255)
cacGAACTGCGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑At > 1:490171/1‑239 (MQ=255)
aCTGCGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑AAAATTg > 1:176244/1‑239 (MQ=255)
cGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑ATAATTGAtt > 1:1083042/1‑238 (MQ=255)
tgCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGAGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACACCGAACA‑GCGGT‑CAAA‑ATAATTGATTACCGCAGCaaa > 2:245758/1‑239 (MQ=255)
tGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAACCACGGAGAGCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACACCAAAAT‑CCGGT‑CGAG‑TAAATTAGTTACCACCGaaaaaaaaaaa > 2:273947/1‑238 (MQ=255)
tGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑ATAATTGATTACCGCCGCAAAAaataat > 1:356530/1‑239 (MQ=255)
tGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑ATAATTGATTACCGCCGCAAAAaataat > 1:928048/1‑239 (MQ=255)
tGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGACCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCCAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACTCGGAGAGCAAACCGCC‑GGTTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑CATCGTTAAA‑TTT‑GCACCCG‑ACACCGGACT‑CCGGT‑AGAG‑ATATTTGATTAACACCGCCAAAACAAAAAacaacaatg > 2:114880/1‑236 (MQ=255)
agaagaACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑AAGGCGCACC‑GGGGT‑CGAA‑GAAATTGTTTACCACCGCAAAAAAAAAAACAAACATGGC‑GGGGGTTTGGAttggt > 2:1051655/1‑235 (MQ=255)
tCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑ATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGAGGTTTGAATGCGTTTAATTTGGGTAATGc > 1:1068871/1‑239 (MQ=255)
gCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑ATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGCGGTTTGAATTCGTTTTATTCGGGTAcctgtctct > 1:174892/1‑231 (MQ=255)
acATGAGGCGGGGGTCTTTACGACCAAAAGGGGGGCCAAAAGGAAGTCGCGCAATCCGGTAAGAGAGTAAAAACGCGGAAAGAAAGGCCCC‑GATTTGGGTGACATTTAACCCAAATTCT‑TCAC‑A‑AATCGTAAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAA‑ATATTTGTTTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGa < 1:738970/238‑1 (MQ=255)
gggCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑ATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTTAATGCGTTTAATTCCGGGACTGCGTTTAACTAATcaa > 1:1006962/1‑235 (MQ=255)
gggCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑ATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAAAAACACGGC‑GGGGGTTTTAAGCGGTTTAATTTGGGGACTCAGTTGtaataaacatct > 2:633134/1‑233 (MQ=255)
ggCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑ATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGGACTGCGTTTAACTAAACC‑a > 1:241228/1‑236 (MQ=255)
ggCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑ATaa > 2:12780/1‑134 (MQ=255)
ggCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑ATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGGGGGTTTGATTGGGGTTATTTCGGGCAAACGGTTGAA‑TCATCCTCTCTGGTGGCCCGGGaaatattcc > 2:953672/1‑232 (MQ=255)
ggCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑ATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAAAAACATGGC‑GGGGGTTTGAGTGCGTTTTATTCGGGGACTGCGTTTGACAAATAC‑CACTGGTGGGACggggaaatattgc > 2:828666/1‑229 (MQ=255)
ggCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCAAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑ATaa < 1:12780/134‑1 (MQ=255)
aaaaGGAAGTGGCGCAACCCCGGAAGGGAGAGAAAACAGGGAGAAAAAAGCGCC‑TATTTCGGTGGAACTTAACCCAAATTC‑‑TCACAG‑AATCTTAAAA‑TTT‑GCTACCG‑CGGGCGAACT‑GGGGT‑AGAA‑ATAATTAATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCC‑ATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCcgacg < 1:1051655/237‑1 (MQ=255)
tgccaaaccccGTAGTCGAGACAAAGCACGGGAAACAAAGCGCC‑TATTTCGGAGTCACTTAATCCCAATTCT‑GTAC‑G‑AATTCTTAAA‑TTT‑TCTTCCA‑ACAGCAAATT‑GCTGT‑‑GAGAATAATTGATAACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCC‑ATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAg < 1:114880/230‑1 (MQ=255)
aaTCCGGAAAGCGAGGAAAAACGGGTAGAGC‑AAGCGCCAGTTTCCGGTGCCACTTAACCCCATTTCT‑TCAC‑G‑AACCGTAAAT‑TTT‑GCTACCA‑ACAGCAAACT‑GGGGT‑CGAG‑ATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCC‑ATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATg < 1:160700/239‑1 (MQ=255)
ccGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑ATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTTAATGCGTTTAATTCGGGGACTGCGTTGAACTAATCC‑ATCTTGTGGCACGGGAAAATCTGCCCACGAAGATGGGGGAAATgagaa > 1:392177/1‑236 (MQ=255)
ctaaaggAGGGAAAACACGGAAAACGAAGCCCC‑TGTTTCGGTGGCTCTTAACCCCAATTTC‑TCAA‑A‑AATTGTTAAATTTT‑GCCAACG‑ACAGCGAACG‑GGGGT‑CGAA‑ATATTATATTCCCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCC‑ATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATgaagaa < 2:392177/233‑1 (MQ=255)
tAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑ATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGCGGTTTTAATGGGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCC‑ATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGCTGGGGTAAATgaagacag > 1:12736/1‑236 (MQ=255)
gTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑ATAATTGATTGCCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGG‑GGGGGGTTGCATGCGTTTTATTTCGGAAATGCGTTGAAATGATCC‑CTCTGGGGGGAGGGGAAAATATGCCGACGAGAATGGAGGAAAAGAAGAAAGCgggggg > 2:191090/1‑235 (MQ=255)
tGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑ATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGGGTTTAATTCGGGGACTGGGTTGAACTAATCC‑ATCTGTGGGCACGGGAATATTTGCCGCCGAAGATGGGGTAAATgaagaaacgggaccgt > 1:283174/1‑229 (MQ=255)
agCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑ATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGGTTGGATGCGTTTAATTTGGGTACTGCGTTGAACTAATCC‑ATCTTGTGGACCGGGAATATCTGCCGACCAAGATGGGGGAAATGAGAAACGCGGATCGATgggggtacgggt > 1:588963/1‑229 (MQ=255)
aaGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑ATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGGAATGCGTTGAACTAATCC‑ATCTGGTGGCACGGGAATATTTGCCGCCGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGGTCGATGGTGATATtttttttt > 2:681649/1‑239 (MQ=255)
tttCGGGGCCACTTAACCCAAATTCG‑TCAA‑A‑AATCGTAAAA‑TTT‑ATAACAA‑AAGGAGAACG‑GCTGT‑GGAG‑TAAGTTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCC‑ATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATTTTCTTTTTCCACGCCg < 2:1068871/239‑1 (MQ=255)
ttgggggggCATTAAATCCCAATTCA‑TCAC‑G‑AATCTATAAT‑TTG‑CCTCCCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑GGAG‑ATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCC‑ATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATTTTCTTTTTCCACGCCg < 1:681649/232‑1 (MQ=255)
ttgcGGGGGCATTTAACCCCATTTCT‑TCAA‑A‑AATTGTTAAT‑TTT‑CCTACGC‑ACGGCGAACT‑GGGGT‑CGAG‑ATAAGTGATAACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCC‑ATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATTTTCTTTTTCCACGCCg < 1:273947/236‑1 (MQ=255)
tgtggggtgCATTTAACCGCAATTTC‑ACAC‑G‑AATGGTTAAT‑TTT‑GCTACCG‑GAAGAGAACT‑GGGGG‑CGAG‑TAAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCC‑ATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATTTTCTTTTTCCACGCCg < 1:1069075/231‑1 (MQ=255)
ttggggtgCACTTAAACCCAATTCTCACAA‑G‑AATCGTAAAA‑TTT‑GCCACCG‑AAAGAGAACG‑GCGGT‑GGAA‑ATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCC‑ATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATTTTCTTTTTCCACGCCg < 1:223142/232‑1 (MQ=255)
tgcttttAACCCCTATTCT‑TAAA‑G‑AATTTTTAAA‑TTT‑GC‑ACCGCAAAGAGAGCG‑GGGGT‑GGAG‑ATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCC‑ATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATTTTCTTTTTCCACGCCGGACTcc < 2:1052143/233‑1 (MQ=255)
ccctttatcaccATTTTT‑TAAC‑A‑AATCGTAAAT‑TTT‑CCTACCC‑ATAGCAACGT‑GGGGG‑CGAG‑ATATTTGAGTCCCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCC‑ATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATTTTCTTTTTCCACGCCGGACTCCt < 2:1006962/228‑1 (MQ=255)
aaTCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑ATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTACTCC‑ATCTTGTGGCCCGGGAATATTTGCCGACGAAAGTGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGGTATTTTTTTTTTTCACCCCGGACTCCTGGATTta > 1:276893/1‑239 (MQ=255)
acccaaaTTCT‑GCAC‑A‑AATCGTAAAT‑TTT‑GCTCCCG‑‑CAGCGGATTGGCGGT‑GGAA‑AAATTTGTTTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCC‑ATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATTTTCTTTTTCCACGCCGGACTCCTGTATTtat < 1:948852/234‑1 (MQ=255)
accacAATTCC‑TCAC‑G‑AATCTTAAAA‑TTG‑GATACGG‑ACAGGAAAGG‑GGGGT‑GGAA‑ATATTTGTTTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCC‑ATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATTTTCTTTTTCCACGCCGGACTCCTGTATTtat < 1:315158/235‑1 (MQ=255)
aacccAATTCT‑TCAA‑GAAATCTTAAAA‑TTT‑CCT‑CCC‑AAAGGGAAAC‑GGGGTAGGAA‑ATAATTATTTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCC‑ATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATTTTCTTTTTCCACGCCGGACTCCTGTATTta < 1:728662/237‑1 (MQ=255)
aaTTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑ATAATTGATTACCGCCGC‑AAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGGTTGAATGCGTTTAAATCCGGTACTGCGTTGaa > 1:992642/1‑126 (MQ=255)
ttct‑tcAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑ATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGGGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAAt > 1:512638/1‑130 (MQ=255)
ttgtcAC‑G‑AATTGTTAAA‑TTT‑ACACACA‑AGAGCGAATG‑GCGGT‑CGAG‑ATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCC‑ATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATTTTCTTTTTCCACGCCGGACTCCTGTATTTATAATTTTaa < 2:356530/236‑1 (MQ=255)
cAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑ATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGGACTGCGTTGAACTAATCC‑ATCTGGGGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAAAGCGGGTCGATGGGGATATTTTCTTTTTCCACGCCGGGACCCTGTATTTTTAATTTTAATTGt > 1:653175/1‑239 (MQ=255)
g‑AATCGTAAAA‑TTT‑CCTCCCA‑GCGGAGAACT‑GCGGG‑CGAG‑ATAATGGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCC‑ATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATTTTCTTTTTCCACGCCGGACTCCTGTATTTATAATTTTAATTGTTTa < 1:245758/239‑1 (MQ=255)
aaagtgtAAA‑TTTCGCAACCA‑CCAGCGAACG‑GGGGT‑CAAT‑ATATTTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCC‑ATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATTTTCTTTTTCCACGCCGGACTCCTGTATTTATAATTTTAATTGTTTa < 1:725659/233‑1 (MQ=255)
aaatttt‑GCCACCG‑ACAGCAACCG‑GGGGT‑GAAA‑AAATTTGATACCCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCC‑ATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATTTTCTTTTTCCACGCCGGACTCCTGTATTTATAATTTTAATTGTTTACGTAAtt < 1:375415/235‑1 (MQ=255)
|
ACACGAACTGCGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCC‑GATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCT‑TCAC‑G‑AATCGTTAAA‑TTT‑GCTACCG‑ACAGCGAACT‑GCGGT‑CGAG‑ATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGC‑GGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCC‑ATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATTTTCTTTTTCCACGCCGGACTCCTGTATTTATAATTTTAATTGTTTACGTAATT > NC_000913/4594320‑4594763
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
