Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
524 |
31.4 |
1748232 |
97.8% |
1709770 |
80.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,006,012 |
(A)5→4 |
coding (300/366 nt) |
fliT → |
flagellar biosynthesis protein FliT |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,006,008 | 0 | A | . | 100.0%
| 150.7
/ NA
| 33 | coding (296/366 nt) | fliT | flagellar biosynthesis protein FliT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base . (12/21); total (12/21) |
ACAACGAAAGCAAGGTAAAGCAGTTATTACAGATTCGGATGGATGAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGCAAAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGA > NC_000913/2005930‑2006084
|
aCAACGAAAGCAAGGTAAAGCAGTTATTACAGATTCGGATGGATGAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGCaaa < 2:342016/81‑1 (MQ=255)
aaCGAAAGCAAGGTAAAGCAGTTATTACAGATTCGGATGGATGAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGCaaaat > 1:342065/1‑80 (MQ=255)
aGCAAGGTAAAGGAGTTATTACAGATTCGGATGGATGAACTGGAGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGgtgt < 1:342017/81‑1 (MQ=255)
aGCAAGGTAAAGCAGTTATTACAGATTCGGATGGATGAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGgtgt > 2:792068/1‑81 (MQ=255)
cAAGGTAAAGCAGTTATTACAGATTCGGATGGATGAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGtt > 2:342062/1‑80 (MQ=255)
cAAGGTAAAGCAGTTATTACAGATTCGGATGGATGAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTa < 1:342018/81‑1 (MQ=255)
tAAAGCAGTTATTACAGATTCGGATGGATGAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGc < 2:342019/81‑1 (MQ=255)
aaGCAGTTATTACAGATTCGGATGGATGAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGcc > 2:342068/1‑80 (MQ=255)
cAGTTATTACAGATTCGGATGGATGAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATg > 2:342059/1‑81 (MQ=255)
tattaCAGATTCGGATGGATGAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGa > 1:342063/1‑81 (MQ=255)
ttaCAGATTCGGATGGATGAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGAt < 2:342021/80‑1 (MQ=255)
ttaCAGATTCGGATGGATGAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATc < 1:342020/81‑1 (MQ=255)
ttaCAGATTCGGATGGATGAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATc < 1:342022/81‑1 (MQ=255)
aCAGATTCGGATGGATGAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCa < 1:342023/80‑1 (MQ=255)
cAGATTCGGATGGATGAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAg < 1:342024/80‑1 (MQ=255)
aGATTCGGATGGATGAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAggg > 2:508001/1‑81 (MQ=255)
gATTCGGATGGATGAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGggc > 2:342060/1‑81 (MQ=255)
ggatggatGAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCt < 2:342025/80‑1 (MQ=255)
tggatgAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTtgt > 2:342064/1‑81 (MQ=255)
tggatgAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTtgt < 2:342026/81‑1 (MQ=255)
atgAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCt < 2:342027/81‑1 (MQ=255)
tgAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTg < 2:342029/81‑1 (MQ=255)
tgAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTg < 1:342028/81‑1 (MQ=255)
cTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTc < 2:342030/81‑1 (MQ=255)
cTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTc < 1:342031/81‑1 (MQ=255)
gCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTcc < 1:342032/79‑1 (MQ=255)
gAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAg > 2:342061/1‑81 (MQ=255)
gAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAg < 1:342033/81‑1 (MQ=255)
aaaCTGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAgg < 2:342034/81‑1 (MQ=255)
tGGTCGGTCAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATaa > 2:342070/1‑81 (MQ=255)
gtcggtcAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATaa < 2:342035/79‑1 (MQ=255)
gtcggtcAGTCATCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATaa < 1:342036/79‑1 (MQ=255)
caTCGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAAt > 2:342074/1‑81 (MQ=255)
cGGTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCt > 1:342079/1‑80 (MQ=255)
ggTGC‑AAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGa < 1:342037/81‑1 (MQ=255)
|
ACAACGAAAGCAAGGTAAAGCAGTTATTACAGATTCGGATGGATGAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGCAAAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGA > NC_000913/2005930‑2006084
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
