Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
524 |
31.4 |
1748232 |
97.8% |
1709770 |
80.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,242,798 |
G→A |
H173Y (CAC→TAC) |
uxaA ← |
D‑altronate dehydratase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,242,798 | 0 | G | A | 97.4%
| 124.0
/ ‑4.2
| 38 | H173Y (CAC→TAC) | uxaA | D‑altronate dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (17/20); total (17/21) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 |
CCAATCACCAGCACTGCGCCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTGATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGGTGTGGCTGAAGAGGAACACGCCGTCAGTACCTTCGGCGTTGTTGGTC > NC_000913/3242728‑3242874
|
ccAATCACCAGCACTGCGCCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGccc < 2:567755/81‑1 (MQ=255)
tCACCAGCACTGCGCCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCt < 1:567756/81‑1 (MQ=255)
aCCAGCACTGCGCCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCTGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCtgt > 1:567820/1‑81 (MQ=255)
aCCAGCACTGCGCCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCtgt > 1:567801/1‑81 (MQ=255)
ccAGCACTGCGCCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCtgtg < 2:567758/81‑1 (MQ=255)
ccAGCACTGCGCCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCtgtg < 2:567757/81‑1 (MQ=255)
cAGCACTGCGCCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCtgt > 2:567813/1‑79 (MQ=255)
aCTGCGCCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGagcag < 2:567759/81‑1 (MQ=255)
cTGCGCCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGagcagc < 2:567760/81‑1 (MQ=255)
tGCGCCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGcc > 1:567817/1‑81 (MQ=255)
gcgcCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCg > 2:567802/1‑81 (MQ=255)
gcCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCg > 2:567824/1‑79 (MQ=255)
gcCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCg > 1:567814/1‑79 (MQ=255)
tGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGgt > 2:567800/1‑81 (MQ=255)
cGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGgtg < 2:567761/80‑1 (MQ=255)
cGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGgt < 1:567762/79‑1 (MQ=255)
gTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGGtgtg > 2:567829/1‑81 (MQ=255)
cGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGGTGTGGc < 1:567763/80‑1 (MQ=255)
cGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGGTGTGGc < 2:567764/80‑1 (MQ=255)
gggTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGGTGTGGCt < 1:567766/80‑1 (MQ=255)
gggTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGGTGTGGCTg < 2:567765/81‑1 (MQ=255)
gggTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGGTGTGGCTg < 2:567767/81‑1 (MQ=255)
gcgcACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGGTGTGGCTGAagag > 1:567806/1‑81 (MQ=255)
gcACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGGTGTGGCTGAAGAGGa < 1:567768/81‑1 (MQ=255)
cATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGGTGTGGCTGAAGAGGAacac < 1:567769/81‑1 (MQ=255)
ttGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGGTGTGGCTGAAGAGGAACACGCCGt > 2:567816/1‑80 (MQ=255)
gcagcaTGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGGTGTGGCTGAAGAGGAACACGCCGTCa < 1:567770/80‑1 (MQ=255)
gcaTGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGGTGTGGCTGAAGAGGAACACGCCGTCAGTAc < 1:567771/81‑1 (MQ=255)
aTGGTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGGTGTGGCTGAAGAGGAACACGCCGTCAGTACCt > 1:567831/1‑81 (MQ=255)
gTGCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGGTGTGGCTGAAGAGGAACACGCCGTCAGTACCTTc < 2:567772/80‑1 (MQ=255)
gCGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGGTGTGGCTGAAGAGGAACACGCCGTCAGTACCTTCGGc > 2:567819/1‑81 (MQ=255)
cGGGTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGGTGTGGCTGAAGAGGAACACGCCGTCAGTACCTTCGGc < 2:567773/80‑1 (MQ=255)
gggTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTTAGCAGCCGTAGGTGTGGCTGAAGAGGAACACGCCGTCAGTACCTTCGGCgt > 1:567818/1‑81 (MQ=255)
ggTATTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGGTGTGGCTGAAGAGGAACACGCCGTCAGTACCTTCGGCgtt > 2:567834/1‑81 (MQ=255)
aTTAATGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGGTGTGGCTGAAGAGGAACACGCCGTCAGTACCTTCGGCgttgtt > 1:567835/1‑81 (MQ=255)
aaTGTGATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGGTGTGGCTGAAGAGGAACACGCCGTCAGTACCTTCGGCGTTGTTgg < 2:567774/80‑1 (MQ=255)
aTGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGGTGTGGCTGAAGAGGAACACGCCGTCAGTACCTTCGGCGTTGTTGGtc > 2:567815/1‑81 (MQ=255)
aTGTAATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGGTGTGGCTGAAGAGGAACACGCCGTCAGTACCTTCGGCGTTGTTGGt < 1:567775/80‑1 (MQ=255)
|
CCAATCACCAGCACTGCGCCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTGATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGGTGTGGCTGAAGAGGAACACGCCGTCAGTACCTTCGGCGTTGTTGGTC > NC_000913/3242728‑3242874
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
