Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F36 I1 R1
|
14 |
153.6 |
5787074 |
94.9% |
5491933 |
130.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913_3_bme_pgi |
3,440,459 |
G→A |
R191C (CGT→TGT) |
rpoA ← |
RNA polymerase, alpha subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913_3_bme_pgi | 3,440,459 | 0 | G | A | 98.7%
| 515.8
/ ‑4.5
| 148 | R191C (CGT→TGT) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base A (70/76); total (70/78) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
GACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATAACCACGACCGCGCTGAACTTTGATACG > NC_000913_3_bme_pgi/3440315‑3440603
|
gACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACgctg < 3:193070/150‑1 (MQ=255)
gTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCtt < 3:412198/150‑1 (MQ=255)
cATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCaa < 3:343295/150‑1 (MQ=255)
aTCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACacgc < 1:259258/141‑1 (MQ=255)
aTCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACacgc > 2:259258/1‑141 (MQ=255)
cACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACAt < 2:661932/150‑1 (MQ=255)
aCGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACAtt < 2:1338074/150‑1 (MQ=255)
cGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTg < 3:222363/150‑1 (MQ=255)
tCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAgg > 2:1562018/1‑148 (MQ=255)
cGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCtt > 1:479125/1‑132 (MQ=255)
cGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCtt < 2:479125/132‑1 (MQ=255)
gAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACg < 4:746780/150‑1 (MQ=255)
aaGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCt > 1:1482381/1‑150 (MQ=255)
aGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTc < 1:1171477/150‑1 (MQ=255)
gCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAAc < 4:713888/131‑1 (MQ=255)
tCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTc > 4:35751/1‑146 (MQ=255)
tCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCcaca < 4:346135/150‑1 (MQ=255)
ccAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCtt < 2:1076725/123‑1 (MQ=255)
ccAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCtt > 1:1076725/1‑123 (MQ=255)
aGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAggg < 3:852116/150‑1 (MQ=255)
ttCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTa < 4:67000/150‑1 (MQ=255)
cAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGc < 3:856513/150‑1 (MQ=255)
aGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGc > 1:1528588/1‑126 (MQ=255)
aGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGc < 2:1528588/126‑1 (MQ=255)
aGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCa < 2:982719/150‑1 (MQ=255)
ccAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCACTACGCTTCACAGGGCTGTAGCATg > 3:1051712/1‑150 (MQ=255)
gAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGt < 3:681726/150‑1 (MQ=255)
ggTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGAc < 2:1231902/150‑1 (MQ=255)
ttGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTa > 1:552459/1‑112 (MQ=255)
ttGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTa < 2:552459/112‑1 (MQ=255)
ttGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACca > 4:559762/1‑150 (MQ=255)
tGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACcag < 3:497568/150‑1 (MQ=255)
ccGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCTTCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACcagca < 1:114985/150‑1 (MQ=255)
ccGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACcagca < 4:719354/150‑1 (MQ=255)
gCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGa > 1:635852/1‑150 (MQ=255)
acgacgAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACg > 1:640535/1‑150 (MQ=255)
cgacgaATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACgg < 1:794/150‑1 (MQ=255)
cgaATCGCCTCTTCAGGATCGGTTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCg < 2:1619567/150‑1 (MQ=255)
gaATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGa < 3:462030/150‑1 (MQ=255)
aTCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGAtt < 1:629473/150‑1 (MQ=255)
tCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAg > 1:789256/1‑114 (MQ=255)
tctTCAGGATCGTTTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACGGGGCTGTAGCATGCGTNGACCAGCAGACGGCCGATTGGgcgc < 3:642544/150‑1 (MQ=255)
tctTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCt < 2:325306/113‑1 (MQ=255)
tctTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACca < 4:1001790/130‑1 (MQ=255)
tctTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACca > 3:1001790/1‑130 (MQ=255)
tctTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGgcgc < 3:244008/150‑1 (MQ=255)
tctTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGgcgc < 3:348016/150‑1 (MQ=255)
gtgaGGATCGAGTGTGCCGGTGGTTTCCATCTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTGCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTc < 4:1051712/147‑1 (MQ=255)
cAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAAt < 1:89196/94‑1 (MQ=255)
cAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAAt > 2:89196/1‑94 (MQ=255)
cAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCAt > 1:1700125/1‑150 (MQ=255)
gATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCg > 2:841109/1‑116 (MQ=255)
gATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCg < 1:841109/116‑1 (MQ=255)
cGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATcttctt < 2:1752823/150‑1 (MQ=255)
aTTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTc > 1:759841/1‑113 (MQ=255)
aTTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTc < 2:759841/113‑1 (MQ=255)
gtgCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCgaa < 3:722769/150‑1 (MQ=255)
tgCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAgg > 2:1093959/1‑78 (MQ=255)
ccGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTc < 2:502713/86‑1 (MQ=255)
ccGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTc > 1:502713/1‑86 (MQ=255)
gTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCgg > 1:422285/1‑150 (MQ=255)
gTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTACTACACACGCTGCTTCTACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGCGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCgg < 2:718272/150‑1 (MQ=255)
tttCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTgg < 3:662868/121‑1 (MQ=255)
tttCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTgg > 4:662868/1‑121 (MQ=255)
tttCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCggg > 1:1571156/1‑150 (MQ=255)
tCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTa < 4:526165/65‑1 (MQ=255)
tCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTa > 1:1229709/1‑150 (MQ=255)
ttCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGc > 1:216683/1‑150 (MQ=255)
cGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCg > 1:763031/1‑150 (MQ=255)
tGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGca > 3:63121/1‑150 (MQ=255)
gACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCgg > 1:1312874/1‑147 (MQ=255)
cAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATa > 2:1704102/1‑150 (MQ=255)
gCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATAAc > 2:1763040/1‑150 (MQ=255)
cTTGTCCAGGGCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATAAcc < 4:290990/150‑1 (MQ=255)
ttGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCttcttc > 4:1105340/1‑116 (MQ=255)
ttGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCttcttc < 3:1105340/116‑1 (MQ=255)
ttGGCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATAACCa < 4:837527/150‑1 (MQ=255)
gTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCgg < 3:386487/127‑1 (MQ=255)
aGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATAACCACGACcg > 3:714313/1‑150 (MQ=255)
aGGTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATAACCACGACcg > 1:1252623/1‑150 (MQ=255)
ggTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATAACCACGACcgc > 2:137015/1‑150 (MQ=255)
gTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTc < 1:1288288/99‑1 (MQ=255)
gTCGGTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTc > 2:1288288/1‑99 (MQ=255)
ggTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAggg > 1:1441216/1‑55 (MQ=255)
ggTACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAggg < 2:1441216/55‑1 (MQ=255)
tACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATAACCACGACCGCGCTGaa < 1:297850/150‑1 (MQ=255)
tACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATAACCACGACCGCGCTGaa < 2:1482381/150‑1 (MQ=255)
tACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATAACCACGACCGCGCTGaa > 1:1569253/1‑150 (MQ=255)
tACGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATAACCACGACCGCGCTGaa > 2:639158/1‑150 (MQ=255)
aCGCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATAACCACGACCGCGCTGAAc < 4:36336/150‑1 (MQ=255)
gCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATAACCACGACCGCGCTGAACtt > 1:1493178/1‑150 (MQ=255)
gCTGTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATAACCACGACCGCGCTGAACtt > 2:588295/1‑150 (MQ=255)
gTTCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATAACCACGACCGCGCTGAACTTTGa < 1:328765/150‑1 (MQ=255)
ttCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCgg < 2:102207/120‑1 (MQ=255)
ttCTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCgg > 1:102207/1‑120 (MQ=255)
cTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTa < 2:42777/49‑1 (MQ=255)
cTACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATAACCACGACCGCGCTGAACTTTGATAc > 4:807535/1‑150 (MQ=255)
tACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCAtcttct < 1:1698496/91‑1 (MQ=255)
tACACACGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCAtcttct > 2:1698496/1‑91 (MQ=255)
acacacGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGAGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATAACCACGACCGCGCTGAACTTTg > 2:1328193/1‑144 (MQ=255)
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GACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATAACCACGACCGCGCTGAACTTTGATACG > NC_000913_3_bme_pgi/3440315‑3440603
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
