Ecoli_resistance_tet_intragenCoevol: MG1655-RK2_tetracyclin
Stats |
Metadata |
Mutations |
Converged Mutations |
Fixed Mutations |
Filter
Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate | Predicted Mutations | Mean Coverage | Total Reads | Percent Mapped | Mapped Reads | Average Read Length |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A5 F80 I1 R1 | 119 | 143.3 | 3427330 | 99.1% | 3396484 | 212.2 |
Breseq alignment
| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,070,428 | 0 | A | G | 100.0% | 291.5 / NA | 78 | intergenic (‑27/+87) | yihR/yihS | putative aldose 1‑epimerase YihR/sulfoquinovose isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (45/33); total (45/33) | |||||||||||
AGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTGATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCG‑CCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCG > NC_000913/4070202‑4070660 | aGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTGATGTCAAGCCCAAAAACTGCa < 1:126106/240‑1 (MQ=255) tttACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTGATGTCAAGCCCAAAAACTGCACCGGa < 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< 2:407443/225‑1 (MQ=255) cTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGTTAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTGATGTCAAGCCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCG‑CCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAAc > 2:843139/1‑239 (MQ=255) tGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTGATGTCAAGCCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCG‑CCCCTTTGGGGAGAGGGTTAggg > 2:1002269/1‑222 (MQ=255) aaCCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTGATGTCAAGCCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCG‑CCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCt > 1:959910/1‑239 (MQ=255) 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tGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTGATGTCAAGCCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCG‑CCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGa > 1:159084/1‑239 (MQ=255) ggCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTGATGTCAAGCCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCG‑CCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCg > 2:1289437/1‑185 (MQ=255) ggCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTGATGTCAAGCCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCG‑CCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCt > 1:1233884/1‑240 (MQ=255) ttaattaaCGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTGATGTCAAGCCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCC‑CCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCg < 2:265855/135‑1 (MQ=255) 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cccGTGAGGCTGATGTCAAGCCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCG‑CCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATgcagca > 1:643720/1‑198 (MQ=255) cccGTGAGGCTGATGTCAAGCCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCG‑CCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGgtggtg > 1:532721/1‑239 (MQ=255) cccGTGAGGCTGATGTCAAGCCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCG‑CCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGgtggtg > 2:840499/1‑239 (MQ=255) cccGTGAGGCTGATGTCAAGCCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCG‑CCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGa > 1:353578/1‑240 (MQ=255) cGTGAGGCTGATGTCAAGCCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCG‑CCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGAcc > 2:1657582/1‑240 (MQ=255) ggCTGATGTCAGGCCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCG‑CCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAat > 1:340554/1‑201 (MQ=255) aTGTCAAGCCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCG‑CCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCg > 1:1522678/1‑240 (MQ=255) | AGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTGATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCG‑CCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCG > NC_000913/4070202‑4070660 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |