Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F80 I1 R1
|
130 |
60.2 |
1467357 |
98.1% |
1439477 |
216.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,423,373 |
T→C |
D56G (GAC→GGC) |
rpnB ← |
recombination‑promoting nuclease RpnB |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,423,373 | 0 | T | C | 100.0%
| 235.8
/ NA
| 65 | D56G (GAC→GGC) | rpnB | recombination‑promoting nuclease RpnB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (26/39); total (26/39) |
GAATAAGGATAAGGACTTCTGCAACCATGATAAAACAGCATCGGGAGCACCAATGGAAGCTCTTTATAGCCCGCATCAAGATGGTTTTGCATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGTCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATGCGGCGTGGAAGTTGTCGATATTGTCATGGCGTTCCGTCACCCCTCAAATTTAAGATGACGCGACAATAACCACGATTAACACCCAATGCAGCA > NC_000913/2423142‑2423605
|
gAATAAGGATAAGGACTTCTGCAACCATGATAAAACAGCATCGGGAGCACCAATGGAAGCTCTTTATAGCCCGCATCAAGATGGTTTTGCATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTtcatca > 2:407314/1‑240 (MQ=255)
aggataaggaCTTCTGCAACCATGATAAAACAGCATCGGGAGCACCAATGGAAGCTCTTTATAGCCCGCATCAAGATGGTTTTGCATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATaaa > 1:601270/1‑240 (MQ=255)
aggaCTTCTGCAACCATGATAAAACAGCATCGGGAGCACCAATGGAAGCTCTTTATAGCCCGCATCAAGATGGTTTTGCATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGtt > 2:230157/1‑240 (MQ=255)
cTGCAACCATGATAAAACAGCATCGGGAGCACCAATGGAAGCTCTTTATAGCCCGCATCAAGATGGTTTTGCATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTcc > 1:724878/1‑240 (MQ=255)
aataCAGCATCGGGAGCACCAATGGAAGCTCTTTATAGCCCGCATCAAGATGGTTTTGCATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATaaaa < 1:63702/212‑1 (MQ=255)
cATCGGGAGCACCAATGGAAGCTCTTTATAGCCCGCATCAAGATGGTTTTGCATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGcgtcg > 1:724299/1‑233 (MQ=255)
cATCGGGAGCACCAATGGAAGCTCTTTATAGCCCGCATCAAGATGGTTTTGCATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAAt > 2:587038/1‑239 (MQ=255)
cATCGGGAGCACCAATGGAAGCTCTTTATAGCCCGCATCAAGATGGTTTTGCATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAAt > 1:242858/1‑239 (MQ=255)
tCGGGAGCACCAATGGAAGCTCTTTATAGCCCGCATCAAGATGGTTTTGCATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATcac < 1:631218/240‑1 (MQ=255)
cGGGAGCACCAATGGAAGCTCTTTATAGCCCGCATCAAGATGGTTTTGCATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATcgc < 2:716362/239‑3 (MQ=255)
ggAAGCTCTTTATAGCCCGCATCAAGATGGTTTTGCATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAg < 1:8399/239‑1 (MQ=255)
tctTTATAGCCGGCATCAAGATGGTTTTGCATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGcgcg < 1:216605/240‑1 (MQ=255)
tttATAGCCCGCATCAAGATGGTTTTGCAGTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTATATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAACCTGTTTGGTTCCAGTTTAAGcgtcg < 2:690608/209‑1 (MQ=255)
cccGCATCAAGATGGTTTTGCATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATcac < 2:540323/211‑1 (MQ=255)
cGCATCAAGATGGTTTTGCATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAat < 1:659556/240‑1 (MQ=255)
gCATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCcgcg < 1:402667/240‑1 (MQ=255)
gCATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCcgcg < 2:97181/240‑1 (MQ=255)
gCATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCcgcg < 1:552359/240‑1 (MQ=255)
gCATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCcgcg < 2:75316/240‑1 (MQ=255)
gCATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCcgcg < 1:273091/240‑1 (MQ=255)
gCATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTCTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCcgcg < 1:407321/240‑1 (MQ=255)
cATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCcgcgc < 1:225879/240‑1 (MQ=255)
cATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCcgcg < 1:1557/239‑1 (MQ=255)
cATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCcgcg < 1:183682/239‑1 (MQ=255)
cATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCcgcg < 1:299640/239‑1 (MQ=255)
aTTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCcgcgc < 2:242855/239‑1 (MQ=255)
catcatGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTaaaa < 1:159011/239‑1 (MQ=255)
catcatGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTaaaa < 1:223658/239‑1 (MQ=255)
atcatGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTaaaaaa < 1:128934/240‑1 (MQ=255)
catGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGa > 1:656616/1‑240 (MQ=255)
gCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATAcc < 1:60777/240‑1 (MQ=255)
aTTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCcgcgc < 1:31235/203‑1 (MQ=255)
aTTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATAT‑AATAAAATCCcgcg < 2:654116/197‑1 (MQ=255)
ttcCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATcc > 2:31167/1‑190 (MQ=255)
tcCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATgcggc < 1:415770/240‑1 (MQ=255)
gCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATGCGGCGTgg > 2:233270/1‑240 (MQ=255)
cTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGtt > 2:593126/1‑142 (MQ=255)
gTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATGCGGCGTGGAAGTTGTCg > 1:322866/1‑239 (MQ=255)
tACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATGCGGCGTGGAAGTTGTCGATATTGTCATgg < 2:666131/239‑1 (MQ=255)
tACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGACCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATGCGGCGTGGAAGTTGTCGATATTGTCATgg < 1:731622/239‑1 (MQ=255)
tAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATGCGGCGTGGAAGTTGTCGATATTGTc > 2:467563/1‑231 (MQ=255)
tatcACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATAcc < 1:689480/194‑1 (MQ=255)
atcaCCCCCTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCcgcg < 2:26554/155‑1 (MQ=255)
ccgctccctccTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTGTGGTTCCATTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCcgcgc < 2:71266/151‑1 (MQ=255)
ccACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATGCGGCGTGGAAGTTGTCGATATTGTCATGGCGTTCCGTCACCCCt < 1:230160/240‑1 (MQ=255)
ctccctccTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCcgcg > 2:71792/1‑150 (MQ=255)
ctccctccTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCcgcg < 1:71792/150‑1 (MQ=255)
cctGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATGCGGCGTGGAAGTTGTCGATATTGTCATGGCGtt > 1:440971/1‑220 (MQ=255)
cGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATGCGGCGTgg < 1:15968/191‑1 (MQ=255)
ttCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATGCGGCGTGGAAGTTGTCGATATTGTCATGGCGTTCCGTCACCCCTCAAATTTAAGATGAcgc < 1:248448/240‑1 (MQ=255)
tCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATGCGGCGTGGAAGTTGTCGATATTGTCATGGCGTTCCGTCCCCCCTCAAATTTAAg > 2:234098/1‑232 (MQ=255)
tCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATGCGGCGTGGAAGTTGTCGATATTGTCATGGCGTTCCGTCACCCCTCAACTTTAAGATGAcgcg > 2:300240/1‑240 (MQ=255)
acaGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATGCGGCGt > 2:322848/1‑182 (MQ=255)
acaAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATGCGGCGTGGAAGTTGTCGATATTGTCATGGCGTTCCGTCACCCCTCAAATTTAAGATGACGCGACAATAAc < 2:154178/239‑1 (MQ=255)
caAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATGCGGCGTGGAAGTTGTCGATATTGTCATGGCGTTCCGTCACCCCTCAAATTTAAGATGACGCGACAATAAcc > 1:68847/1‑239 (MQ=255)
aaGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATGCGGCGTGGAAGTTGTCGATATTGTCATGGCGTTCCGTCACCCCTCAAATTTAAGATGACGCGACAATAACCAc < 1:381602/240‑1 (MQ=255)
gTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATGCGGCGTGGAAGTTGTCGATATTGTCATGGCGTTCCGTCACCCCTCAAATTTAAGATGACGCGACAATAACCACGATTa > 1:13630/1‑240 (MQ=255)
gTCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATGCGGCGTGGAAGTTGTCGATATTGTCATGGCGTTCCGTCACCCCTCAAATTTAAGATGACGCGACAATAACCACGATTa > 1:372664/1‑240 (MQ=255)
tCGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATGCGGCGTGGAAGTTGTCGATATTGTCa < 2:648076/187‑1 (MQ=255)
cGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCcgcg < 1:681024/117‑1 (MQ=255)
cGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCcgcg > 2:681012/1‑117 (MQ=255)
cGGAATAATATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATGCGGCGTGGAAGTTGTCGATATTGTCATGGCGTTCCGTCACCCCTCAAATTTAAGATGACGCGACAATAACCACGATTaa > 1:134413/1‑239 (MQ=255)
aataatATTGCCGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATGCGGCGTGGAAGTTGTCGATATTGTCATGGCGTTCCGTCACCCCTCAAATTTAAGATGACGCGACAATAACCACGATTAaca > 1:103361/1‑238 (MQ=255)
ccGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATGCGGCGTGGAAGTTGTCGATATTGTCATGGCGTTCCGTCACCCCTCAAATTTAAGATGACGCGACAATAACCACGATTAACACCCAATgcagca > 1:600677/1‑240 (MQ=255)
ccGCAGGCCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATGCGGCGTGGAAGTTGTCGATATTGTCATGGCGTTCCGTCACCCCTCAAATTTAAGATGACGCGACAATAACCACGATTAACACCCAATgcag > 1:270500/1‑238 (MQ=255)
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GAATAAGGATAAGGACTTCTGCAACCATGATAAAACAGCATCGGGAGCACCAATGGAAGCTCTTTATAGCCCGCATCAAGATGGTTTTGCATTGCCGCAATGGAATAACGCATCATGCGAAAAGCCATTAATTCTTCCGGCTTACTTTGGTGCTCTATCACTACATAAATATAACCCACTCCCTCCTGCGTTTTCACAGACCACAAGAGGTCGGAATAATATTGCCGCAGGTCTTCATCAATAAAACTGTTTGGTTCCAGTTTAAGCGTCGTTAAATCACACAGTTTGCGCAGCGGCGCGGGAAGATGAATATCAATAAAATCCCGCGCGGTGTCTGGATGGCGTAAAAAAGATTTAAATACCGCATCATGCGGCGTGGAAGTTGTCGATATTGTCATGGCGTTCCGTCACCCCTCAAATTTAAGATGACGCGACAATAACCACGATTAACACCCAATGCAGCA > NC_000913/2423142‑2423605
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
