Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F80 I1 R1
|
130 |
60.2 |
1467357 |
98.1% |
1439477 |
216.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,330,676 |
(G)5→6 |
coding (175/1503 nt) |
proP → |
osmolyte:H(+) symporter ProP |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,330,671 | 1 | . | G | 95.9%
| 261.6
/ 3.0
| 73 | coding (170/1503 nt) | proP | osmolyte:H(+) symporter ProP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/2); new base G (31/39); total (32/41) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 |
CCTTTTGCGGCCGTCGCGCTGATTTTTCTGGCGTTTGCGGAAATGGGCCAACTCTGCGAGGAAAGCTATGCTGAAAAGGAAAAAAGTAAAACCGATTACCCTTCGTGATGTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCC‑GGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCTTAATACCGTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGCACCGATTCTGCTGTTGATCTGTAA > NC_000913/4330435‑4330902
|
ccTTTTGCGGCCGTCGCGCTGATTTTTCTGGCGTTTGCGGAAATGGGCCAACTCTGCGAGGAAAGCTATGCTGAAAAGGAAAAAAGTAAAACCGATTACCCTCCGTGATGTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCC‑ggg < 1:706703/240‑1 (MQ=255)
tttttCTGGCGTTTGCGGAAATGGGCCAACTCTGCGAGGAAAGCTATGCTGAAAAGGAAAAAAGTAAAACCGATTACCCTTCGTGATGTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGa < 1:344146/239‑1 (MQ=255)
gCGGAAATGGGCCAACTCTGCGAGGAAAGCTATGCTGAAAAGGAAAAAAGTAAAACCGATTACCCTTCGTGATGTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACtt < 2:666631/239‑1 (MQ=255)
ggAAATGGGCCAACTCTGCGAGGAAAGCTATGCTGAAAAGGAAAAAAGTAAAACCGATTACCCTTCGTGATGTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCa < 2:637590/214‑1 (MQ=255)
aTGGGCCAACTCTGCGAGGAAAGCTATGCTGAAAAGGAAAAAAGTAAAACCGATTACCCTTCGTGATGTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACtt < 1:555976/240‑1 (MQ=255)
gCGAGGAAAGCTATGCTGAAAAGGAAAAAAGTAAAACCGATTACCCTTCGTGATGTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATTACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCtt > 1:667841/1‑240 (MQ=255)
aaaGCTATGCTGAAAAGGAAAAAAGTAAAACCGATTACCCTTCGTGATGTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGAt > 1:716464/1‑240 (MQ=255)
tGCTGAAAAGGAAAAAAGTAAAACCGATTACCCTTCGTGATGTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAcc < 1:389040/239‑1 (MQ=255)
tGAAAAGGAAAAAAGTAAAACCGATTACCCTTCGTGATGTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCtt > 2:216708/1‑240 (MQ=255)
aaGGAAAAAAGTAAAACCGATTACCCTTCGTGATGTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCg < 2:524454/240‑1 (MQ=255)
aaGGAAAAAAGTAAAACCGATTACCCTTCGTGATGTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCg < 1:653588/240‑1 (MQ=255)
gAAAAAAGTAAAACCGATTACCCTTCGTGATGTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGa < 2:274770/239‑1 (MQ=255)
gAAAAAAGTAAAACCGATTACCCTTCGTGATGTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGAc > 2:400611/1‑240 (MQ=255)
aaaGTAAAACCGATTACCCTTCGTGATGTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACtctt < 1:13460/240‑1 (MQ=255)
aaaaCCGATTACCCTTCGTGATGTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTg < 1:343372/240‑1 (MQ=255)
tGTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATg < 1:583115/240‑1 (MQ=255)
tGTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATg < 2:730726/240‑1 (MQ=255)
aCCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCg > 1:685372/1‑240 (MQ=255)
ccATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGc > 1:636418/1‑240 (MQ=255)
attGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCagaa > 2:216143/1‑240 (MQ=255)
tgatgaCGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCagaag > 2:21430/1‑239 (MQ=255)
gatgaCGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTCCCG‑GGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATc < 1:538040/240‑1 (MQ=255)
atgaCGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGc < 1:127700/155‑1 (MQ=255)
atgaCGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGc > 2:127698/1‑155 (MQ=255)
ggTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCttt > 2:143642/1‑169 (MQ=255)
tAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCt < 2:65448/239‑1 (MQ=255)
aaaCTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTAt < 1:129085/240‑1 (MQ=255)
aaCTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATc > 2:62588/1‑240 (MQ=255)
cGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTa > 2:567744/1‑239 (MQ=255)
cGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTAt > 2:312125/1‑240 (MQ=255)
gTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTAtt > 1:477026/1‑240 (MQ=255)
aaaGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTAt < 1:552754/231‑1 (MQ=255)
aGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATtgtg > 1:598541/1‑239 (MQ=255)
ttACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTAt > 1:551197/1‑239 (MQ=255)
ttACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTAt > 1:650110/1‑239 (MQ=255)
ttACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTAt > 2:341466/1‑239 (MQ=255)
caTCACTGGGTAATGTAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGt < 2:191473/240‑1 (MQ=255)
caTCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATc < 1:524385/237‑1 (MQ=255)
caTCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATc > 2:524376/1‑237 (MQ=255)
caTCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGt < 2:398153/240‑1 (MQ=255)
caTCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGt < 1:216711/240‑1 (MQ=255)
caTCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGt < 1:400616/240‑1 (MQ=255)
tCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGt < 2:433236/238‑1 (MQ=255)
aaTGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTAt < 1:229734/240‑1 (MQ=255)
aaTGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTAt < 2:46383/240‑1 (MQ=255)
aaTGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTAt < 1:454370/240‑1 (MQ=255)
aaTGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTAt < 1:434356/240‑1 (MQ=255)
aaTGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTAt < 1:292868/240‑1 (MQ=255)
aTGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTAt < 2:28591/239‑1 (MQ=255)
aTGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTGATGGTTTTGTTGCGTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTAt < 2:699563/239‑1 (MQ=255)
tGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGAc > 2:657742/1‑150 (MQ=255)
tGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTAtt > 1:689673/1‑239 (MQ=255)
tGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTAtt > 1:56149/1‑239 (MQ=255)
tGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTAtt > 1:135827/1‑239 (MQ=255)
tGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTAtt > 2:241524/1‑239 (MQ=255)
tGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTATTg > 1:388356/1‑240 (MQ=255)
aatggaatggTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCt < 1:96503/240‑1 (MQ=255)
tggaatggTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGa < 1:299212/217‑1 (MQ=255)
tggaatggTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGa > 2:299209/1‑217 (MQ=255)
tggaatggTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATc < 2:403038/219‑1 (MQ=255)
tggaatggTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGt < 2:364256/226‑1 (MQ=255)
ggaatggTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGtt < 2:538763/226‑1 (MQ=255)
gaatggTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGtt < 1:88310/225‑1 (MQ=255)
atggTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCTTAATa < 1:299414/239‑1 (MQ=255)
tggTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCTTAATAcc > 1:504267/1‑240 (MQ=255)
gtgtTTATAGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTGCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGACGGACTCTTCTATGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCTTAATACCGTCCTACGACACg > 2:305687/1‑240 (MQ=255)
aTGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCTTAATACCGTCCTACGACACGAt < 2:216065/236‑1 (MQ=255)
tACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTAt > 1:136400/1‑195 (MQ=255)
tACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTAt < 2:136398/195‑1 (MQ=255)
ttAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCTTAATACCGTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGCACCGATTctg > 1:365905/1‑238 (MQ=255)
ttttcCCG‑GGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCTTAATACCGTCCTACGACACGAt > 1:706365/1‑203 (MQ=255)
ttttcCCG‑GGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCTTAATACCGTCCTACGACACGAt < 2:706353/203‑1 (MQ=255)
ttttCCCGGGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCTTAATACCGTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGCACCGATTCTGCTGTTGATCTGTaa > 1:152864/1‑239 (MQ=255)
tgttCCCGGGGGGCTGACCCCCGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGtt < 2:498854/168‑1 (MQ=255)
|
CCTTTTGCGGCCGTCGCGCTGATTTTTCTGGCGTTTGCGGAAATGGGCCAACTCTGCGAGGAAAGCTATGCTGAAAAGGAAAAAAGTAAAACCGATTACCCTTCGTGATGTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCC‑GGGGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCACTATTGTGATTATGTCGATCAGTACGTTCTGTATTGGCTTAATACCGTCCTACGACACGATTGGTATTTGGGCACCGATTCTGCTGTTGATCTGTAA > NC_000913/4330435‑4330902
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
