Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F60 I1 R1
|
17 |
124.2 |
4215036 |
99.0% |
4172885 |
138.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,365,784 |
(A)5→4 |
intergenic (‑164/‑126) |
ais ← / → arnB |
putative lipopolysaccharide core heptose(II)‑phosphate phosphatase/UDP‑4‑amino‑4‑deoxy‑L‑arabinose aminotransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,365,780 | 0 | A | . | 96.7%
| 486.1
/ 12.0
| 121 | intergenic (‑160/‑130) | ais/arnB | putative lipopolysaccharide core heptose(II)‑phosphate phosphatase/UDP‑4‑amino‑4‑deoxy‑L‑arabinose aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/1); new base . (55/62); total (58/63) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.49e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
AGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATATAAAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTTATAGCAAATATAAGTGGACAGGTATTCAAT > NC_000913/2365641‑2365911
|
aGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAAtata < 2:1984895/140‑1 (MQ=255)
gcgcAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATATaa < 2:793717/140‑1 (MQ=255)
gcgcAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATATaa < 2:48914/140‑1 (MQ=255)
gcgcAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATATaa > 2:2012600/1‑140 (MQ=255)
gcgcAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATATaa > 2:1849056/1‑140 (MQ=255)
gcgcAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATATaa > 2:1054299/1‑140 (MQ=255)
cgcAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATATaaa > 1:1865864/1‑140 (MQ=255)
cgcAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATATaaa > 2:1894821/1‑140 (MQ=255)
aCCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATATAAAAttt > 1:551474/1‑140 (MQ=255)
aCCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATATAAAAttt > 2:1016044/1‑140 (MQ=255)
aTTACCGTGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATAttt < 1:1395869/140‑1 (MQ=255)
aTTACCGTGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATAttt < 2:1169487/140‑1 (MQ=255)
aTTACCGTGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATAttt < 2:1449213/140‑1 (MQ=255)
gTGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCt > 1:1741259/1‑140 (MQ=255)
tGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATATAAAAttt < 2:375689/125‑1 (MQ=255)
tGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATATAAAAttt > 1:375689/1‑125 (MQ=255)
tGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATAttt > 2:950003/1‑133 (MQ=255)
tGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATAttt < 1:950003/133‑1 (MQ=255)
tGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATAttt > 1:836776/1‑133 (MQ=255)
tGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATAttt < 1:625079/133‑1 (MQ=255)
tGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATAttt > 2:625079/1‑133 (MQ=255)
tGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTa > 1:480347/1‑140 (MQ=255)
tGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTa > 1:1312201/1‑140 (MQ=255)
gAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATATaaaat < 1:782281/122‑2 (MQ=255)
gAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATATaaaat > 2:782281/1‑121 (MQ=255)
aaaTTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACg > 1:1382372/1‑134 (MQ=255)
aaaTTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACg < 2:1382372/134‑1 (MQ=255)
aaaTTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAat > 1:54373/1‑140 (MQ=255)
tGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTa > 2:657476/1‑140 (MQ=255)
aGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGt > 1:1581501/1‑140 (MQ=255)
cTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTa < 2:1389363/130‑1 (MQ=255)
cATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCtt > 1:1313849/1‑140 (MQ=255)
tGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGgtt > 1:1194440/1‑140 (MQ=255)
ggCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGgtta < 2:1324782/140‑1 (MQ=255)
ggCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGgtta < 2:1448216/140‑1 (MQ=255)
gATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGgttaagt < 1:1054299/140‑1 (MQ=255)
aTAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGgttaagtt > 2:1452224/1‑140 (MQ=255)
aaTTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGgtt < 2:446426/133‑1 (MQ=255)
aaTTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGgtt > 1:446426/1‑133 (MQ=255)
cGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATAtt < 1:1522876/140‑1 (MQ=255)
cAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCt < 2:1741259/140‑1 (MQ=255)
aGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGgtta > 1:1667476/1‑127 (MQ=255)
aGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGgtta < 2:1667476/127‑1 (MQ=255)
gTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAACTTAATATTCTAt > 1:1528868/1‑140 (MQ=255)
ggTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGgtta > 1:1237054/1‑123 (MQ=255)
ggTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGgtta < 2:1237054/123‑1 (MQ=255)
tAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCg < 1:520474/140‑1 (MQ=255)
aaaaTCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTTGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCt > 1:1883151/1‑140 (MQ=255)
aaaaTCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCt > 2:537853/1‑140 (MQ=255)
aaaaTCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCt > 2:582787/1‑140 (MQ=255)
aaaaTCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCt > 2:1884249/1‑140 (MQ=255)
ccTACGATGTCGGCAATATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCaaa > 1:600745/1‑140 (MQ=255)
ccTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTa > 1:1712587/1‑125 (MQ=255)
tACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATg > 2:930242/1‑140 (MQ=255)
tACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATg > 2:398444/1‑140 (MQ=255)
tACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATg > 1:760557/1‑140 (MQ=255)
tACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATg > 1:1649584/1‑140 (MQ=255)
tACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATg > 1:545810/1‑140 (MQ=255)
cGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGc < 2:1026294/140‑1 (MQ=255)
cGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGc < 2:1356489/140‑1 (MQ=255)
cGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGc < 2:1710598/140‑1 (MQ=255)
gATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCa < 2:545810/140‑1 (MQ=255)
gATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCa < 2:1649584/140‑1 (MQ=255)
tCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAat > 2:229026/1‑140 (MQ=255)
tCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAat > 2:68585/1‑140 (MQ=255)
tCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAat > 1:1851747/1‑140 (MQ=255)
tCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAat < 2:1313849/140‑1 (MQ=255)
cGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCt < 1:499941/125‑1 (MQ=255)
cGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCt > 2:499941/1‑125 (MQ=255)
aaaaTGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATaca < 1:1381210/140‑1 (MQ=255)
aaaaTGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATaca < 1:398444/140‑1 (MQ=255)
aaaaTGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATaca < 2:1851747/140‑1 (MQ=255)
tGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACacaac < 1:1894821/140‑1 (MQ=255)
gCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACacaaca < 1:229026/140‑1 (MQ=255)
gCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACacaaca < 2:792721/140‑1 (MQ=255)
gCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACacaaca > 1:922930/1‑140 (MQ=255)
aaTTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACAct < 1:23057/135‑1 (MQ=255)
aaTTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACAct > 2:23057/1‑135 (MQ=255)
ttttGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTtata < 2:1987485/140‑1 (MQ=255)
ttttGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTtata < 1:1452224/140‑1 (MQ=255)
ttttGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTtata < 1:930242/140‑1 (MQ=255)
ttttGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTtata < 1:1016044/140‑1 (MQ=255)
tGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTTATAGCa > 1:142057/1‑140 (MQ=255)
ccAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTTATAGCaaa < 2:855536/140‑1 (MQ=255)
aaTGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTTATAGCAAatat < 2:1566660/140‑1 (MQ=255)
tGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTTATAGCAAATATaa > 1:639133/1‑140 (MQ=255)
aGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTTATAGCAAATATAAGTGGa < 2:551474/140‑1 (MQ=255)
aGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTTATAGCAAATATAAGTGGa > 2:1534393/1‑140 (MQ=255)
aGCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTTATAGCAAATATAAGTGGa < 1:1784361/140‑1 (MQ=255)
gCCTAAATAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTTATAGCAAATATAAGTGGAc < 1:2012600/140‑1 (MQ=255)
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aaaTAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTTATAGCAAATATAAGTGGACAGGt > 1:1535226/1‑140 (MQ=255)
aaTAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTTATAGCAAATATAAGTg < 2:188965/132‑1 (MQ=255)
aaTAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTTATAGCAAATATAAGTg > 1:188965/1‑132 (MQ=255)
aaTAAGAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTTATAGCAAATATAAGTGGACAGGTa > 1:1348180/1‑140 (MQ=255)
gAAAAAATAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTTGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCTAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTTATAGCAAATATAAGTGGACAGGTATTCaa < 2:1883151/140‑1 (MQ=255)
aaaaaaTAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTTATAGCAAATATAAGTGGACAGGTATTCAAt > 1:1927438/1‑140 (MQ=255)
aaaaaaTAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTTATAGCAAATATAAGTGGACAGGTATTCAAt > 1:1382055/1‑140 (MQ=255)
aaTAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTTATAGCAAATATAAGTGGa > 2:1933889/1‑124 (MQ=255)
aaTAT‑AAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTTATAGCAAATATAAGTGGa < 1:1933889/124‑1 (MQ=255)
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AGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATATAAAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGTTAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTTATAGCAAATATAAGTGGACAGGTATTCAAT > NC_000913/2365641‑2365911
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
