Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F60 I1 R1
|
17 |
124.2 |
4215036 |
99.0% |
4172885 |
138.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,560,183 |
C→T |
intergenic (+117/‑74) |
intZ → / → yffL |
CPZ‑55 prophage; putative phage integrase IntZ/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein YffL |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,560,183 | 0 | C | T | 100.0%
| 392.1
/ NA
| 110 | intergenic (+117/‑74) | intZ/yffL | CPZ‑55 prophage; putative phage integrase IntZ/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein YffL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (49/61); total (49/61) |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGCTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGTTCGAAAATAGGATCAACACAAATAAAAGCCCCCGGA > NC_000913/2560048‑2560317
|
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tCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGttttt > 2:1683374/1‑140 (MQ=255)
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aatTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAattattccat < 1:1811872/140‑1 (MQ=255)
aatTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAattattccat < 2:1925015/140‑1 (MQ=255)
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aGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAattattccattattc < 2:1533216/140‑1 (MQ=255)
aGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAattattccattattc > 1:109830/1‑140 (MQ=255)
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cGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAAttattccattattcca < 2:1991252/140‑1 (MQ=255)
cGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAAttattccattattcca > 2:2006534/1‑140 (MQ=255)
cGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAAttattccattattcca > 1:1348974/1‑140 (MQ=255)
cGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAAttattccattattcca > 2:56956/1‑140 (MQ=255)
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cTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAattat > 2:31877/1‑125 (MQ=255)
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ttttGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAg < 1:56956/140‑1 (MQ=255)
ttttGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAg < 2:707808/140‑1 (MQ=255)
ttttGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAg < 2:1449880/140‑1 (MQ=255)
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gcgcAATTTTGCATTTTGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATaaa < 2:1253322/140‑1 (MQ=255)
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cgcAATTTTGCATTTTGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAAttattccattattcca > 2:1574358/1‑124 (MQ=255)
cgcAATTTTGCATTTTGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAat > 2:754632/1‑140 (MQ=255)
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ttGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAg < 2:1348974/140‑1 (MQ=255)
ttGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAg < 2:1215993/140‑1 (MQ=255)
tGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAattatt > 2:564393/1‑129 (MQ=255)
tGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAattatt < 1:564393/129‑1 (MQ=255)
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gTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGATCTTaaa < 2:1049288/140‑1 (MQ=255)
tttgttttgtGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATcc > 1:1528913/1‑140 (MQ=255)
gtgtgGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGc > 2:817812/1‑140 (MQ=255)
gtgtgGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGc > 1:1976600/1‑140 (MQ=255)
tgtgGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCa > 2:757863/1‑140 (MQ=255)
tgtgGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCa > 2:2069396/1‑140 (MQ=255)
gtgGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCaa > 2:1253741/1‑140 (MQ=255)
ggTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACg < 1:1843224/140‑1 (MQ=255)
gTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGa < 2:1976600/140‑1 (MQ=255)
tttAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGaa > 2:1605447/1‑140 (MQ=255)
cTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGaaa > 2:1970770/1‑136 (MQ=255)
cTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGaaa < 1:1970770/136‑1 (MQ=255)
cTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATc < 1:754632/140‑1 (MQ=255)
cTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATc < 1:817812/140‑1 (MQ=255)
tCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGTTTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTg > 1:853215/1‑125 (MQ=255)
cACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCaga > 1:25782/1‑140 (MQ=255)
aCCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCa < 2:1813091/125‑1 (MQ=255)
aCCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCa > 1:1813091/1‑125 (MQ=255)
tGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGTTc < 2:136394/140‑1 (MQ=255)
aTAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATc > 1:1240833/1‑130 (MQ=255)
aTAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATc < 2:1240833/130‑1 (MQ=255)
aTAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGTTCGa > 1:1412616/1‑140 (MQ=255)
aTAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGTTCGa > 2:1846009/1‑140 (MQ=255)
aTAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGTTCGa > 2:459096/1‑140 (MQ=255)
tAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGTTCGaa > 1:1969174/1‑140 (MQ=255)
gAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGTTCGAAAAt < 1:1253741/140‑1 (MQ=255)
aaaCCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGTTCGAAAATa > 2:1934271/1‑140 (MQ=255)
ccTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGTTCGAAAATAGGa < 2:25782/140‑1 (MQ=255)
cTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGTTCGAAAATAGGAt < 2:1969174/140‑1 (MQ=255)
tGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGTTCGAAAATAGGATc > 2:517379/1‑140 (MQ=255)
tATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGTTCGAAAATAGGATCaa > 2:536855/1‑140 (MQ=255)
tATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGTTCGAAAATAGGATCaa > 1:1937489/1‑140 (MQ=255)
aTTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGTTCGAAAATAGGATCAac < 1:459096/140‑1 (MQ=255)
ttCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGtt < 1:771693/123‑1 (MQ=255)
ttCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGtt > 2:771693/1‑123 (MQ=255)
ttCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGTTCGAAAATAGGATCAaca > 2:225362/1‑140 (MQ=255)
tCAATTTGCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGTTCGAAAATAGGATCAacac < 1:1846009/140‑1 (MQ=255)
gCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGTTCGAAAATAGGATCAACACAAATaaa > 2:454186/1‑140 (MQ=255)
gCCGGATTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGTTCGAAAATAGGATCAACACAAATaaa > 2:409401/1‑140 (MQ=255)
aTTCGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGTTCGAAAATAGGATCAACACAAATAAAAGccc > 2:248272/1‑140 (MQ=255)
cGTCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGTTCGAAAATAGGATCAACACAAATAAAAGCCCCCg < 1:417994/140‑1 (MQ=255)
tCCGGTTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGTTCGAAAATAGGATCAACACAAATAAAAGCCCCCGGa > 2:562847/1‑140 (MQ=255)
|
TCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGCTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGTTCGAAAATAGGATCAACACAAATAAAAGCCCCCGGA > NC_000913/2560048‑2560317
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
