Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F28 I1 R1
|
153 |
60.1 |
2040486 |
99.3% |
2026202 |
138.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,769,444 |
G→A |
A260A (GCG→GCA) |
yfjQ → |
CP4‑57 prophage; protein YfjQ |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,769,444 | 0 | G | A | 100.0%
| 209.8
/ NA
| 60 | A260A (GCG→GCA) | yfjQ | CP4‑57 prophage; protein YfjQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (29/31); total (29/31) |
ATGACCTTTGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACC > NC_000913/2769308‑2769580
|
aTGACCTTTGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACtg > 2:72751/1‑140 (MQ=255)
aTGACCTTTGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACtg > 1:469151/1‑140 (MQ=255)
tttGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTg < 1:72751/140‑1 (MQ=255)
accTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGCACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGGTGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGGGATCGCAGa > 2:506636/1‑140 (MQ=255)
ccTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGaa > 2:570812/1‑140 (MQ=255)
ccTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGaa > 1:555570/1‑140 (MQ=255)
aTCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAaca > 1:737796/1‑140 (MQ=255)
aTCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAaca > 1:635722/1‑140 (MQ=255)
cGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCt < 2:21433/140‑1 (MQ=255)
cGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCt < 2:635722/140‑1 (MQ=255)
gATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCa > 1:191412/1‑140 (MQ=255)
gATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCa < 2:723368/140‑1 (MQ=255)
gATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCa > 2:820717/1‑140 (MQ=255)
aTTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCAc > 1:891632/1‑140 (MQ=255)
ttCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACg < 2:469151/140‑1 (MQ=255)
cAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCa > 2:972353/1‑140 (MQ=255)
aaGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCaa < 1:570812/140‑1 (MQ=255)
aaGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCaa < 2:959809/140‑1 (MQ=255)
aGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAAc < 1:506636/140‑1 (MQ=255)
cTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTa < 2:567761/140‑1 (MQ=255)
tGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAg < 2:555570/140‑1 (MQ=255)
aTTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGAc > 1:262990/1‑140 (MQ=255)
gCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCAt > 1:200022/1‑140 (MQ=255)
cGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATg < 2:324420/140‑1 (MQ=255)
gACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGtt > 1:659667/1‑140 (MQ=255)
gACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGtt > 1:484377/1‑140 (MQ=255)
gACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGtt > 1:336692/1‑140 (MQ=255)
cAGTGGGGGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCa > 2:352351/1‑140 (MQ=255)
aGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGcc > 2:599768/1‑138 (MQ=255)
aGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGcc < 1:599768/138‑1 (MQ=255)
aGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCAc < 2:737796/140‑1 (MQ=255)
aGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCAc > 2:842056/1‑140 (MQ=255)
aGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCAc < 2:336692/140‑1 (MQ=255)
ggggGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACgtt < 1:352351/140‑1 (MQ=255)
cGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGcc > 1:140859/1‑132 (MQ=255)
cGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGcc < 2:140859/132‑1 (MQ=255)
gTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTa < 2:86769/140‑1 (MQ=255)
aTGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAata > 2:490257/1‑140 (MQ=255)
tGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAatat < 2:262990/140‑1 (MQ=255)
gCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATc > 2:30714/1‑140 (MQ=255)
aaaGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGa < 2:314274/140‑1 (MQ=255)
gACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACaccacc > 2:646760/1‑140 (MQ=255)
gACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACaccacc > 2:964729/1‑140 (MQ=255)
gACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACaccacc < 2:191412/140‑1 (MQ=255)
aCGAACTCATACTCGTGCCGTGCATGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCt > 2:357879/1‑140 (MQ=255)
aaCTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGCGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTc < 2:891632/140‑1 (MQ=255)
aCTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTcc < 2:659667/140‑1 (MQ=255)
tCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGc < 2:41705/140‑1 (MQ=255)
aTACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCAt < 2:200022/140‑1 (MQ=255)
aCTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTcc < 2:452956/134‑1 (MQ=255)
aCTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTcc > 1:452956/1‑134 (MQ=255)
ccgtgcGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTAtgtg < 1:646760/140‑1 (MQ=255)
tgcgtgGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTc > 1:21486/1‑140 (MQ=255)
cgtgGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCgt > 2:538462/1‑140 (MQ=255)
tGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCa < 1:357879/140‑1 (MQ=255)
aaGCTTAACCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTtat < 1:964729/140‑1 (MQ=255)
aaCCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCttt > 2:223875/1‑140 (MQ=255)
aCCGTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCtttt > 1:126021/1‑140 (MQ=255)
gTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAAc < 2:484377/140‑1 (MQ=255)
gTGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAAc < 2:386980/140‑1 (MQ=255)
tGCACTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAAcc < 1:842056/140‑1 (MQ=255)
|
ATGACCTTTGGACCACCTATCAGCGGATTCAAGAAAACCTGATTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACC > NC_000913/2769308‑2769580
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A