Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F28 I1 R1
|
116 |
72.9 |
2471836 |
99.3% |
2454533 |
138.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,922,961 |
G→A |
intergenic (‑521/+96) |
atpI ← / ← rsmG |
ATP synthase accessory factor/16S rRNA m(7)G527 methyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,922,961 | 0 | G | A | 100.0%
| 218.0
/ NA
| 61 | intergenic (‑521/+96) | atpI/rsmG | ATP synthase accessory factor/16S rRNA m(7)G527 methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (30/31); total (30/31) |
CCATTGACATTTTTAATAATGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCG > NC_000913/3922825‑3923096
|
ccATTGACATTTTTAATAATGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAAc > 2:327339/1‑140 (MQ=255)
cATTTTTAATAATGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGt > 1:479207/1‑140 (MQ=255)
cATTTTTAATAATGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGt < 1:327339/140‑1 (MQ=255)
ttAATAATGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAAt > 2:623540/1‑140 (MQ=255)
aataatGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGt > 2:117843/1‑140 (MQ=255)
taatGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTaa < 2:694769/140‑1 (MQ=255)
gTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTg > 1:645793/1‑123 (MQ=255)
gTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTg < 2:645793/123‑1 (MQ=255)
ttttAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGt < 2:1187392/140‑1 (MQ=255)
tAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTtat > 2:969551/1‑140 (MQ=255)
tAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTtat > 2:90101/1‑140 (MQ=255)
aCAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTatat < 2:479207/140‑1 (MQ=255)
cAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATc < 2:375092/140‑1 (MQ=255)
ccAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGt > 1:904256/1‑131 (MQ=255)
ccAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGt < 2:904256/131‑1 (MQ=255)
ccAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGt > 2:937030/1‑140 (MQ=255)
ccAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGCAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGt > 2:792539/1‑140 (MQ=255)
cAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTa > 2:208947/1‑140 (MQ=255)
cAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTa > 1:11791/1‑140 (MQ=255)
cAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTa < 1:937030/140‑1 (MQ=255)
gTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCt > 2:1130449/1‑140 (MQ=255)
ttCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTTATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTg > 1:1140495/1‑140 (MQ=255)
ttCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTg > 2:1188939/1‑140 (MQ=255)
tCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTTATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTgg < 2:1140495/140‑1 (MQ=255)
ttAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGgtt < 1:969551/140‑1 (MQ=255)
ttAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGgtt < 1:90101/140‑1 (MQ=255)
tAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGgttg > 2:1114043/1‑140 (MQ=255)
aGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTgg > 1:1029837/1‑136 (MQ=255)
aGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTgg < 2:1029837/136‑1 (MQ=255)
gcgcCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGgttgtt < 1:623540/140‑1 (MQ=255)
gcgcCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGgttgt > 2:1138876/1‑139 (MQ=255)
gcgcCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGgttgt < 1:1138876/139‑1 (MQ=255)
cGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTa < 1:208947/140‑1 (MQ=255)
cGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTa < 1:1188939/140‑1 (MQ=255)
gCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTaa < 1:1114043/140‑1 (MQ=255)
gACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGgttgttgtt < 1:857980/127‑1 (MQ=255)
gACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGgttgttgtt > 2:857980/1‑127 (MQ=255)
aCTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAAc > 1:429418/1‑137 (MQ=255)
aCTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAAc < 2:429418/137‑1 (MQ=255)
cTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGt < 2:11791/140‑1 (MQ=255)
tGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTc > 1:208023/1‑140 (MQ=255)
atatTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACC‑AAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAAt > 2:133569/1‑140 (MQ=255)
tAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGa > 2:665776/1‑140 (MQ=255)
aaTGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGAt > 2:1204822/1‑140 (MQ=255)
ttttCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGAt < 1:258144/140‑1 (MQ=255)
tGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAGCCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATaaaaa > 2:384570/1‑140 (MQ=255)
cTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAaaatt > 2:204110/1‑140 (MQ=255)
aCCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAaaattaaa > 1:801214/1‑140 (MQ=255)
cAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAaaattaaatt > 1:175219/1‑140 (MQ=255)
cAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAaaattaaatt > 1:1157736/1‑140 (MQ=255)
aaaaGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAAAATTAAATTTTAt < 1:204110/140‑1 (MQ=255)
ccACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCt < 1:311804/140‑1 (MQ=255)
cGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTa < 2:801214/140‑1 (MQ=255)
ttATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAGCCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAAt < 1:384570/140‑1 (MQ=255)
ttATCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAAt < 1:133569/140‑1 (MQ=255)
aTCTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATca < 1:1204822/140‑1 (MQ=255)
cTTGTTGATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATcacc < 1:312377/140‑1 (MQ=255)
ttgATGCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCAccacca > 2:662097/1‑140 (MQ=255)
gCAAAAGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGa > 2:678858/1‑140 (MQ=255)
aaGAGTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGtt < 1:1130449/140‑1 (MQ=255)
gagTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCg < 1:117843/140‑1 (MQ=255)
gagTAAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCg < 1:678858/140‑1 (MQ=255)
|
CCATTGACATTTTTAATAATGTTTTAACAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCAGACTGATATTTTCACTAATGACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCG > NC_000913/3922825‑3923096
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
