Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F28 I1 R1
|
120 |
93.5 |
3664254 |
88.3% |
3235536 |
136.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,767,432 |
G→A |
intergenic (+77/‑278) |
rnlB → / → yfjP |
CP4‑57 prophage; antitoxin RnlB/CP4‑57 prophage; putative GTP‑binding protein YfjP |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,767,432 | 0 | G | A | 100.0%
| 376.0
/ NA
| 106 | intergenic (+77/‑278) | rnlB/yfjP | CP4‑57 prophage; antitoxin RnlB/CP4‑57 prophage; putative GTP‑binding protein YfjP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (59/47); total (59/47) |
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TAGAAGCCTCTGTTTTGTCTCCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGG > NC_000913/2767297‑2767564
|
tAGAAGCCTCTGTTTTGTCTCCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACa > 2:876162/1‑138 (MQ=255)
aGAAGCCTCTGTTTTGTCTCCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACAt > 1:1332089/1‑138 (MQ=255)
aGAAGCCTCTGTTTTGTCTCCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACAt > 2:1066024/1‑138 (MQ=255)
aaGCCTCTGTTTTGTCTCCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTa > 2:1355855/1‑138 (MQ=255)
ccTCTGTTTTGTCTCCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAAcc > 1:1297077/1‑138 (MQ=255)
ccTCTGTTTTGTCTCCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAAcc > 1:1665124/1‑138 (MQ=255)
ctctGTTTTGTCTCCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAAccc < 2:1635173/138‑1 (MQ=255)
tctGTTTTGTCTCCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAAcccc < 2:563464/138‑1 (MQ=255)
tctGTTTTGTCTCCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAAcccc > 2:1119706/1‑138 (MQ=255)
tctGTTTTGTCTCCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAAcacc > 2:223299/1‑138 (MQ=255)
ctGTTTTGTCTCCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAAccccc > 1:538812/1‑138 (MQ=255)
ctGTTTTGTCTCCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAAccccc < 2:1665124/138‑1 (MQ=255)
ctGTTTTGTCTCCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAAccccc < 1:1763024/138‑1 (MQ=255)
ctGTTTTGTCTCCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAAccccc < 2:1224961/138‑1 (MQ=255)
gTTTTGTCTCCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAAccccccc > 1:462899/1‑138 (MQ=255)
gTTTTGTCTCCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAAccccccc > 1:935913/1‑138 (MQ=255)
gTTTTGTCTCCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAAccccccc > 1:1487774/1‑138 (MQ=255)
ttGTCTCCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTca < 1:892000/138‑1 (MQ=255)
ttGTCTCCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTca < 1:876162/138‑1 (MQ=255)
ttGTCTCCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTca < 1:85577/138‑1 (MQ=255)
ttGTCTCCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTca < 1:1119706/138‑1 (MQ=255)
gTCTCCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTcaca < 2:1297077/138‑1 (MQ=255)
tctcCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACaa < 1:1789101/138‑1 (MQ=255)
tcCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACg < 1:1707889/138‑1 (MQ=255)
tcCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACg < 1:988205/138‑1 (MQ=255)
tcCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACg < 1:1748400/138‑1 (MQ=255)
tcCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACg < 2:1332089/138‑1 (MQ=255)
tcCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACg < 1:1830293/138‑1 (MQ=255)
gatgatGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCt < 1:119717/138‑1 (MQ=255)
atgatgTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACg < 2:673786/133‑1 (MQ=255)
atgatgTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACg > 1:673786/1‑133 (MQ=255)
gatgTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACAATAACCCCCCCTca < 2:666513/126‑1 (MQ=255)
gatgTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACAATAACCCCCCCTca > 1:666513/1‑126 (MQ=255)
cGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGa < 2:725680/138‑1 (MQ=255)
gCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGaa > 2:593016/1‑138 (MQ=255)
gCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGaa > 2:300759/1‑138 (MQ=255)
gCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGaa > 1:1776557/1‑138 (MQ=255)
gCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGaa > 2:74186/1‑138 (MQ=255)
aGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACg > 1:353901/1‑138 (MQ=255)
tCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGtt < 1:593016/138‑1 (MQ=255)
tCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGtt > 1:1410057/1‑138 (MQ=255)
tCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGtt > 2:24190/1‑138 (MQ=255)
tCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGtt > 1:472456/1‑138 (MQ=255)
ccTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTACCCCCTCATCACAACATCTACCATAGAGAATCCGttt > 1:1690884/1‑138 (MQ=255)
ccTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGttt > 2:1748247/1‑138 (MQ=255)
tGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTc < 2:1581458/138‑1 (MQ=255)
gATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGc > 1:220206/1‑138 (MQ=255)
aTTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTc > 2:145898/1‑129 (MQ=255)
aTTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTc < 1:145898/129‑1 (MQ=255)
aTTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCa > 2:698338/1‑138 (MQ=255)
tttctAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTc < 2:1487774/138‑1 (MQ=255)
tttctAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTc < 2:1409293/138‑1 (MQ=255)
tttctAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTc < 2:220206/138‑1 (MQ=255)
tttctAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTc < 1:698338/138‑1 (MQ=255)
tttctAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTc < 1:1355855/138‑1 (MQ=255)
aaCCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTa < 1:1639111/138‑1 (MQ=255)
aaCCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTa < 1:556331/138‑1 (MQ=255)
aaCCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTa < 1:1793956/138‑1 (MQ=255)
aaCCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTa < 1:24027/138‑1 (MQ=255)
ccAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACGCCCCCGTATAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTaac > 2:1257559/1‑137 (MQ=255)
ccAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTaaa < 1:300759/138‑1 (MQ=255)
cAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAAc < 2:466361/138‑1 (MQ=255)
cGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGTAACACGTTTTCCCCTCTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATg > 2:301396/1‑138 (MQ=255)
cGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATg > 2:544149/1‑138 (MQ=255)
cGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATg > 2:1007606/1‑138 (MQ=255)
cGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATg > 1:1319191/1‑138 (MQ=255)
cccTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTc > 2:327482/1‑138 (MQ=255)
cgttttGGCAGGATATTAAGTTGGCCAATATGATCAAATAACATTAA‑CCCCCCTCACAAAATCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCAc > 2:62446/3‑138 (MQ=255)
ccTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCa > 2:226270/1‑138 (MQ=255)
ccTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCa > 2:519487/1‑138 (MQ=255)
ccTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCa > 2:570203/1‑138 (MQ=255)
ccTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCa > 2:1245822/1‑138 (MQ=255)
ccTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCa > 1:1475033/1‑138 (MQ=255)
ccTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCa > 1:243453/1‑138 (MQ=255)
ccTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCa > 2:797124/1‑138 (MQ=255)
ccTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCGGCATAGGGAACACGTTTTCCCCAGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCa > 1:689815/1‑138 (MQ=255)
ccTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCACCTAACAAAATCCTTCATCTGGAACACGTTTTCCCCTATAAACCCCCGACTAAATTTCACCCCCTTCAAACTTCTCAATAATCTCa > 2:1770004/1‑138 (MQ=255)
tGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCt < 1:1748247/138‑1 (MQ=255)
tGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCt < 2:472456/138‑1 (MQ=255)
tGATATTAAC‑TGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTg < 1:1336498/138‑1 (MQ=255)
tatTAACTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGa < 1:24190/138‑1 (MQ=255)
aCTTGTCCAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATcc < 1:1738379/138‑1 (MQ=255)
ccAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTatgat > 2:1128123/1‑138 (MQ=255)
ccAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTatgat > 2:554088/1‑138 (MQ=255)
cAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGCACACGTTTTCCACTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTatgatg > 1:1539898/1‑138 (MQ=255)
cAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCATGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTatgatg > 1:484812/1‑138 (MQ=255)
cAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCt < 2:450760/123‑1 (MQ=255)
cAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCt > 1:450760/1‑123 (MQ=255)
cAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTatgatg > 1:1200633/1‑138 (MQ=255)
cAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTatgatg > 2:40532/1‑138 (MQ=255)
cAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTatgatg > 2:1671416/1‑138 (MQ=255)
cAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTatgatg > 2:1366753/1‑138 (MQ=255)
cAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTatgatg > 2:1063625/1‑138 (MQ=255)
cAATATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTatgatg > 1:760092/1‑138 (MQ=255)
aaTATGATCAAATAACATTAGCCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGc < 1:74186/138‑1 (MQ=255)
aaTATGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGc > 1:908094/1‑138 (MQ=255)
atGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCtt < 1:554088/138‑1 (MQ=255)
tGATCAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCttt < 2:353901/138‑1 (MQ=255)
cAAATAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCg < 1:737488/138‑1 (MQ=255)
aaaTAACATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCAACAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCgg > 1:770982/1‑138 (MQ=255)
|
TAGAAGCCTCTGTTTTGTCTCCCGATGATGTACGCCAAGTCCTGTCAATGGATTTTTGAAACTCTTCTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGG > NC_000913/2767297‑2767564
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
