Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F28 I1 R1
|
183 |
98.6 |
3427438 |
96.9% |
3321187 |
138.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,594,053 |
(C)6→8 |
pseudogene (4034/5422 nt) |
yneO ← |
AIDA‑I family autotransporter YneO |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,594,047 | 1 | . | C | 96.8%
| 219.0
/ ‑0.8
| 63 | pseudogene (4040/5422 nt) | yneO | AIDA‑I family autotransporter YneO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/2); new base C (31/30); total (31/32) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
| * | NC_000913 | 1,594,047 | 2 | . | C | 96.8%
| 217.9
/ ‑0.8
| 63 | pseudogene (4040/5422 nt) | yneO | AIDA‑I family autotransporter YneO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/2); new base C (31/30); total (31/32) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
GCGAGTGTTCCCTTGGGTATCGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑T‑‑CCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGAC > NC_000913/1593910‑1594175
||
gcgAGTGTTCCCTTGGGTATCGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑T‑‑cc < 1:347039/140‑1 (MQ=255)
gtgtTCCCTTGGGTATCGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCACCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑T‑‑cccccc > 1:197049/1‑140 (MQ=255)
tgtTCCCTTGGGTATCGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑T‑‑ccccccc < 1:1129598/140‑2 (MQ=255)
gtTCCCTTCGGTATCGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCGGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑T‑‑CCCCCCtt < 1:1541662/140‑1 (MQ=255)
ttCCCTTGGGTATCGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑T‑‑cccccccct > 2:1210975/1‑137 (MQ=255)
ttCCCTTGGGTATCGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCACCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑T‑‑ccccccctt < 2:197049/140‑4 (MQ=255)
tCCCTTGGGTATCGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑T‑‑cccccccctt < 2:214638/140‑5 (MQ=255)
tCCCTTGGGTATCGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑T‑‑cccccccctt < 2:767736/140‑5 (MQ=255)
tCGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCAtt > 1:928535/1‑140 (MQ=255)
tCGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCAtt > 2:803595/1‑140 (MQ=255)
cGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCCTCCCTATTCAttt > 1:1620286/1‑140 (MQ=255)
cGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑T‑‑ccccccccttc < 2:1299762/129‑6 (MQ=255)
cGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑T‑‑ccccccccttc > 1:1299762/1‑124 (MQ=255)
gCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTg > 1:1329128/1‑140 (MQ=255)
tCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAAccc > 2:292479/1‑139 (MQ=255)
tCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCACTATTCATTTGAACCg > 1:311978/1‑140 (MQ=255)
tCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTgccgc > 1:1329540/1‑140 (MQ=255)
tCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTgccgc < 1:793375/140‑1 (MQ=255)
cATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTgccgcc < 2:374044/140‑1 (MQ=255)
cATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTgccgc > 1:1446196/1‑139 (MQ=255)
cATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTgccgc < 2:1446196/139‑1 (MQ=255)
cTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCAtt > 1:920694/1‑140 (MQ=255)
ggTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAg > 1:202977/1‑140 (MQ=255)
ggTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAg > 1:1626787/1‑140 (MQ=255)
tGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCa < 1:800984/130‑1 (MQ=255)
tGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCa > 2:800984/1‑130 (MQ=255)
tGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGt > 2:1199649/1‑140 (MQ=255)
ggCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTg > 2:1618702/1‑140 (MQ=255)
cGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTgcc < 1:1210975/140‑1 (MQ=255)
cGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTgcc > 1:1691094/1‑140 (MQ=255)
aaTTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTgccgc > 2:39008/1‑140 (MQ=255)
tCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATa < 1:124334/140‑1 (MQ=255)
cccAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGtt > 2:864436/1‑140 (MQ=255)
cccAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGtt > 1:134646/1‑140 (MQ=255)
ccAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGttt < 1:15549/140‑1 (MQ=255)
ccAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGttt < 2:1691094/140‑1 (MQ=255)
aGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTa < 2:202977/140‑1 (MQ=255)
cGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGc > 1:615566/1‑140 (MQ=255)
gcgTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGaca < 2:920694/140‑1 (MQ=255)
gTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACg < 2:1546630/140‑1 (MQ=255)
tGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCa < 1:15199/140‑1 (MQ=255)
tGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCa < 2:134646/140‑1 (MQ=255)
cGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGc > 1:1462951/1‑140 (MQ=255)
cGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGc < 2:1462951/140‑1 (MQ=255)
tcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcccccc < 2:1165877/140‑1 (MQ=255)
ccATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAgg > 1:1093187/1‑140 (MQ=255)
aTTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCa < 1:1618702/140‑1 (MQ=255)
ttGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCAt < 2:928535/140‑1 (MQ=255)
ttGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCAt > 1:567426/1‑140 (MQ=255)
ttGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCAt > 2:972754/1‑140 (MQ=255)
tGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATa > 2:259244/1‑140 (MQ=255)
tGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATa > 1:222736/1‑140 (MQ=255)
tGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATa < 2:1329540/140‑1 (MQ=255)
tGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGCGCCCCCCCCAGGCATa > 1:910856/1‑140 (MQ=255)
gTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCat < 2:172316/140‑1 (MQ=255)
gTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCat < 2:910856/140‑1 (MQ=255)
gTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATCCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCat < 1:851910/140‑1 (MQ=255)
taGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATc < 2:1329128/140‑1 (MQ=255)
ttGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCa < 1:942525/124‑1 (MQ=255)
ttGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCa > 2:942525/1‑124 (MQ=255)
ttGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCAcc < 1:803595/140‑1 (MQ=255)
ttGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCt > 2:1592809/1‑140 (MQ=255)
ccGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGc < 2:1620734/140‑1 (MQ=255)
cGTTAACGGTCAGTTCATTCCCCGGTTCCC‑‑CCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCa < 2:1626787/140‑1 (MQ=255)
gTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAg > 2:464976/1‑140 (MQ=255)
gTTAACGGTCAGTACATTACCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAg < 1:318450/140‑1 (MQ=255)
aCGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAgtggt > 2:990968/1‑140 (MQ=255)
ggTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGa < 2:615566/140‑1 (MQ=255)
aCATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 2:888806/140‑1 (MQ=255)
cATTCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTccc < 1:39008/140‑1 (MQ=255)
tCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACTTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGa > 2:715075/1‑139 (MQ=255)
tCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACTTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGa < 1:715075/139‑1 (MQ=255)
tCCCCGGTT‑‑TCCCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGAc > 1:1445406/1‑140 (MQ=255)
||
GCGAGTGTTCCCTTGGGTATCGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTT‑‑T‑‑CCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGAC > NC_000913/1593910‑1594175
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
