Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F28 I1 R1
|
183 |
98.6 |
3427438 |
96.9% |
3321187 |
138.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,709,721 |
A→G |
T194A (ACC→GCC) |
rsxD → |
SoxR [2Fe‑2S] reducing system protein RsxD |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,709,721 | 0 | A | G | 100.0%
| 364.5
/ NA
| 97 | T194A (ACC→GCC) | rsxD | SoxR [2Fe‑2S] reducing system protein RsxD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (49/48); total (49/48) |
TGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAA > NC_000913/1709585‑1709855
|
tGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCct > 1:409661/1‑140 (MQ=255)
tGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCct < 1:127041/140‑1 (MQ=255)
tGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCct > 1:1166454/1‑140 (MQ=255)
tGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCct < 2:606962/140‑1 (MQ=255)
ggTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTg > 2:827139/1‑140 (MQ=255)
ggTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTg < 1:755349/140‑1 (MQ=255)
ggTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTg > 1:1016703/1‑140 (MQ=255)
gTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGt < 1:928502/140‑1 (MQ=255)
gTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGt < 1:85665/140‑1 (MQ=255)
gTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGt < 2:387400/140‑1 (MQ=255)
aaCATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCg > 2:1143235/1‑140 (MQ=255)
aaCATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCg > 2:376658/1‑140 (MQ=255)
tCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGcc < 2:1010114/140‑1 (MQ=255)
cccTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCg > 2:794726/1‑140 (MQ=255)
tGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTc > 2:1652448/1‑140 (MQ=255)
tGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTc > 2:1685352/1‑140 (MQ=255)
gTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCg > 2:777952/1‑135 (MQ=255)
gTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCg < 1:777952/135‑1 (MQ=255)
ttttATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCAtt < 2:820651/140‑1 (MQ=255)
tATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCgg < 1:1652448/140‑1 (MQ=255)
aTCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGt > 1:789997/1‑140 (MQ=255)
tCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTCCGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGtt > 2:211219/1‑140 (MQ=255)
gACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGa < 1:140692/140‑1 (MQ=255)
gACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGa < 1:1102013/140‑1 (MQ=255)
aCGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGaa < 2:439917/140‑1 (MQ=255)
cGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAAc > 1:606879/1‑140 (MQ=255)
cGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAAc < 2:663074/140‑1 (MQ=255)
gCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACa > 1:1705103/1‑140 (MQ=255)
cATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGa < 1:1313119/140‑1 (MQ=255)
aTCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGAt < 2:429393/140‑1 (MQ=255)
aGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATg < 2:1016703/140‑1 (MQ=255)
aGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATg < 1:1427876/140‑1 (MQ=255)
aGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATg < 2:1166454/140‑1 (MQ=255)
gTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCa < 1:1143235/140‑1 (MQ=255)
gTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCa < 2:1705103/140‑1 (MQ=255)
gTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCa > 2:946188/1‑140 (MQ=255)
tATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAat < 2:884660/140‑1 (MQ=255)
tATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAat < 2:409661/140‑1 (MQ=255)
tATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAat < 2:59116/140‑1 (MQ=255)
tttttAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGGTTATGCAatat < 2:789997/140‑1 (MQ=255)
ttttAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCa < 1:1344595/135‑1 (MQ=255)
ttttAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCa > 2:1344595/1‑135 (MQ=255)
cATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAg < 1:794726/140‑1 (MQ=255)
aGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCt > 1:730976/1‑140 (MQ=255)
tggtggtgATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCg < 1:28404/131‑1 (MQ=255)
tggtggtgATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCg > 2:28404/1‑131 (MQ=255)
tggtggtgATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTgg > 1:583803/1‑140 (MQ=255)
tggtggtgATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTgg > 2:783827/1‑140 (MQ=255)
tggtggtgATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTgg < 2:450932/140‑1 (MQ=255)
gcgATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTggcgggc > 2:1608463/3‑140 (MQ=255)
tgATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTggcgggcg < 1:410171/140‑1 (MQ=255)
gAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGtt > 2:1447275/1‑140 (MQ=255)
aaCACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTg > 2:1648006/1‑140 (MQ=255)
acTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAAt > 2:1091052/1‑140 (MQ=255)
acTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAAt > 2:385949/1‑140 (MQ=255)
acTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAAt > 2:1321774/1‑140 (MQ=255)
acTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAAt > 1:1453924/1‑140 (MQ=255)
tACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATgg > 2:31346/1‑140 (MQ=255)
aCGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATggg > 1:30988/1‑140 (MQ=255)
aCGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATggg < 1:1511218/140‑1 (MQ=255)
cGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGt < 2:30988/140‑1 (MQ=255)
aGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAAtc > 2:549829/1‑140 (MQ=255)
ggTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGt < 2:681876/123‑1 (MQ=255)
ggTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGt > 1:681876/1‑123 (MQ=255)
tATTGATGGCATTAGTCAGGCTACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCaa < 2:1061654/127‑1 (MQ=255)
tATTGATGGCATTAGTCAGGCTACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCaa > 1:1061654/1‑127 (MQ=255)
tATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCaa > 1:397549/1‑127 (MQ=255)
tATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCaa < 2:397549/127‑1 (MQ=255)
tATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCg > 1:117375/1‑140 (MQ=255)
ttGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGcc > 2:394912/1‑140 (MQ=255)
aTGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctgg > 1:61565/1‑140 (MQ=255)
ggCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctggct > 1:407590/1‑140 (MQ=255)
ggCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctggct > 1:1322770/1‑140 (MQ=255)
ggCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctgg > 2:1488741/1‑138 (MQ=255)
ggCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctgg < 1:1531596/138‑1 (MQ=255)
ggCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctgg < 1:1488741/138‑1 (MQ=255)
ggCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctgg > 2:1531596/1‑138 (MQ=255)
gCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctggctg > 1:1683988/1‑140 (MQ=255)
cATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctggctgg > 1:1229181/1‑140 (MQ=255)
cATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctggctgg < 2:1140551/140‑1 (MQ=255)
cATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctggctgg > 2:1444605/1‑140 (MQ=255)
cATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctggctgg > 1:1140551/1‑140 (MQ=255)
cATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctgg > 1:1027661/1‑136 (MQ=255)
cATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctgg < 2:1027661/136‑1 (MQ=255)
aTTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctggctggc > 1:716266/1‑140 (MQ=255)
tAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctggctggctg < 2:61565/140‑1 (MQ=255)
aGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctggctggctgg < 1:1091052/140‑1 (MQ=255)
aGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTggcggc < 1:1648006/140‑1 (MQ=255)
ggCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGTAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGgcggcg < 2:998709/140‑1 (MQ=255)
cacCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGgcggcg > 2:1631225/1‑135 (MQ=255)
cacCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGgcggcg < 1:1631225/135‑1 (MQ=255)
acCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGt < 2:440201/140‑1 (MQ=255)
acCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGt < 2:1453924/140‑1 (MQ=255)
acCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGt < 1:946188/140‑1 (MQ=255)
acCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGt > 1:1310716/1‑140 (MQ=255)
cGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTg < 2:581457/140‑1 (MQ=255)
aTTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGa > 1:1704770/1‑140 (MQ=255)
ttAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGaaa > 2:1490501/1‑140 (MQ=255)
|
TGCGGTCAACATCCCTGGTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAA > NC_000913/1709585‑1709855
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
