Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F28 I1 R1
|
258 |
142.3 |
4824480 |
99.1% |
4781059 |
138.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,765,414 |
A→G |
intergenic (‑261/+99) |
abpA ← / ← yfjM |
CP4‑57 prophage; anti‑bacteriophage protein/CP4‑57 prophage; protein YfjM |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,765,414 | 0 | A | G | 99.3%
| 528.2
/ ‑4.8
| 150 | intergenic (‑261/+99) | abpA/yfjM | CP4‑57 prophage; anti‑bacteriophage protein/CP4‑57 prophage; protein YfjM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (82/67); total (82/68) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.92e-01 |
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
TTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCATTATTTCCTGGTTGGTAGGGTCATATCTCGATGCTCT > NC_000913/2765277‑2765549
|
tttCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcgct > 2:1023344/1‑140 (MQ=255)
gATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcgctatggca < 1:400109/140‑1 (MQ=255)
cacaAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcgctatggcactatg > 1:116805/1‑140 (MQ=255)
acaAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcgctatggcactatgg < 2:1825812/140‑1 (MQ=255)
acaAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcgctatggcactatgg < 1:2113944/140‑1 (MQ=255)
tatTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcgctatggcactatggcacta < 1:246002/140‑1 (MQ=255)
tGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcgctatggcactatggcactatgg < 1:1023344/140‑1 (MQ=255)
tGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcgctatggcactatggcactatgg > 2:1696585/1‑140 (MQ=255)
tGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcgctatggcactatggcactatgg < 2:516394/140‑1 (MQ=255)
tGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcgctatggcactatggcactatgg < 1:1797888/140‑1 (MQ=255)
tAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcgctatggcactatggcactatggca < 1:396303/140‑1 (MQ=255)
aaCCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcgctatggcactatggcactatggcac > 2:1714594/1‑140 (MQ=255)
ccTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcgctatggcactatggcactatggcactat < 1:472427/140‑1 (MQ=255)
tGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcgctgtggcactatggcactatggcactatgg < 2:668833/140‑1 (MQ=255)
tGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcgctatggcactatggcactatggcactatgg < 2:1334789/140‑1 (MQ=255)
tGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcgctatggcactatggcactatggcactatgg > 2:365205/1‑140 (MQ=255)
tGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcgctatggcactatgg > 1:1591049/1‑124 (MQ=255)
gACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcgctatggcactatggcactatggcactatggc > 1:919395/1‑140 (MQ=255)
aCGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcgctatggcactatggcactatggcactatgg > 1:1660101/1‑138 (MQ=255)
cGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcgctatggcactatggcactatggcactatggcac < 1:1696585/140‑1 (MQ=255)
cTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcgctatggcactatggcactatggcactatggcactat > 1:854746/1‑140 (MQ=255)
aaTTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCGAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcgctatggcactatggcactatggcactatggcactatgg < 1:1462967/140‑1 (MQ=255)
ttATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcgctatggcactatggcactatggcactatggcactatggcactatg > 2:386871/1‑140 (MQ=255)
ttATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcgctatggcactatggcactatggcactatggcactatggcactatg > 2:1976320/1‑140 (MQ=255)
tatataACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGcgctatggcactatggcactatggcactatggcactatggcactatgg < 1:283421/140‑1 (MQ=255)
tataACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGcgctatggcactatggcactatggcactatggcactatggcactatgg > 1:1247663/1‑138 (MQ=255)
tACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAg > 1:1572032/1‑140 (MQ=255)
tACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAg < 1:2328102/140‑1 (MQ=255)
aCTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGc > 1:1321384/1‑140 (MQ=255)
cTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCg > 2:469847/1‑140 (MQ=255)
cTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCg < 1:778932/140‑1 (MQ=255)
tGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGa > 1:1518891/1‑140 (MQ=255)
tGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGa > 1:577327/1‑140 (MQ=255)
tGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGa > 2:289722/1‑140 (MQ=255)
tGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGCTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGa > 2:20434/1‑140 (MQ=255)
gCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGAt > 2:1776101/1‑140 (MQ=255)
gCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGGTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGTCACTATGGCACCGCCAGCGAt > 2:1670031/1‑140 (MQ=255)
ccccAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCGGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGAtt > 1:621480/1‑140 (MQ=255)
ccccAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAg < 2:1604422/135‑1 (MQ=255)
ccccAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCg > 1:2164292/1‑137 (MQ=255)
ccccAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCg < 2:2164292/137‑1 (MQ=255)
ccccAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGAtt > 2:1270289/1‑140 (MQ=255)
ccccAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGAtt > 2:451254/1‑140 (MQ=255)
ccccAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGAtt > 2:1791380/1‑140 (MQ=255)
ccccAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGAtt > 2:55493/1‑140 (MQ=255)
ccccAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGAtt > 2:326924/1‑140 (MQ=255)
ccccAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGAtt > 1:2230342/1‑140 (MQ=255)
ccccAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGAtt > 1:1678431/1‑140 (MQ=255)
ccccAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGAtt > 1:1831441/1‑140 (MQ=255)
ccccAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGAtt > 1:292187/1‑140 (MQ=255)
ccccAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGAtt > 1:237220/1‑140 (MQ=255)
cccAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAg > 2:1233917/1‑134 (MQ=255)
aCTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAAt < 1:582002/140‑1 (MQ=255)
aCTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAAt < 2:1572032/140‑1 (MQ=255)
aCTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAAt < 2:1885438/140‑1 (MQ=255)
aCTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAAt > 2:1226961/1‑140 (MQ=255)
aCTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAAt < 1:1791380/140‑1 (MQ=255)
aCTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAAt > 2:790058/1‑140 (MQ=255)
cTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATc < 1:234842/140‑1 (MQ=255)
tAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATca < 1:1003372/140‑1 (MQ=255)
aaCGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATcac > 1:432899/1‑140 (MQ=255)
gTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACt < 2:432899/140‑1 (MQ=255)
gTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACt < 1:1740198/140‑1 (MQ=255)
gTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACt < 1:1576866/140‑1 (MQ=255)
gTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACt < 1:1632599/140‑1 (MQ=255)
gTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGCCACCGCCAGCGATTGTAATCACACt < 1:1861640/140‑1 (MQ=255)
aGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGa < 2:1579920/140‑1 (MQ=255)
aGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGa < 1:2293478/140‑1 (MQ=255)
aGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGa < 1:357708/140‑1 (MQ=255)
gaaGGCACAGCCTAAATCAGGTTTTGGGTTTTCAAATAGTTCAGAGTGGCGACCGCCACCCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCCCTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGata < 2:2114930/138‑1 (MQ=255)
gTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGata < 2:1410370/140‑1 (MQ=255)
gTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGata < 1:1919679/140‑1 (MQ=255)
ggCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGAtatta > 2:605144/1‑140 (MQ=255)
ggCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGAtatta > 1:114019/1‑140 (MQ=255)
cacaGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATtata < 1:198880/140‑1 (MQ=255)
cacaGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATtata > 2:2410239/1‑140 (MQ=255)
gCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAac > 2:1989678/1‑140 (MQ=255)
aTCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGtt > 2:593366/1‑140 (MQ=255)
acggttttggttttCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCa < 2:2230342/138‑1 (MQ=255)
aaGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCa > 1:864775/1‑140 (MQ=255)
aGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCAc < 2:114019/140‑1 (MQ=255)
aGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCAc < 2:919395/140‑1 (MQ=255)
tttggttttCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCat < 1:531563/140‑1 (MQ=255)
aGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCATTATTTCCtggttgg < 1:1356107/140‑1 (MQ=255)
aGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCATTATTTCCtggttgg < 2:1328534/140‑1 (MQ=255)
gTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCATTATTTCCtggttggt > 2:1774458/1‑140 (MQ=255)
ttCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCATTATTTCCTGGTTGGTa < 2:968031/140‑1 (MQ=255)
ttCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCATTATTTCCTGGTTGGTa < 2:1647336/140‑1 (MQ=255)
ttCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCATTATTTCCTGGTTGGTa > 1:1708682/1‑140 (MQ=255)
ttCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCATTATTTCCTGGTTGGTa > 1:1691197/1‑140 (MQ=255)
agagCTGAGACCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCATTATTTCCTGGTTGGTAggg < 1:2272365/140‑1 (MQ=255)
gagaCCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCATTATTTCCTGGTTGGTAGGGTCatat > 1:694164/1‑140 (MQ=255)
agaCCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCATTATTTCCTGGTTGGTAGGGTCa > 2:2046186/1‑136 (MQ=255)
agaCCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCATTATTTCCTGGTTGGTAGGGTCa < 1:2046186/136‑1 (MQ=255)
agaCCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCATTATTTCCTGGTTGGTAGGGTCATAtc > 1:832699/1‑140 (MQ=255)
agaCCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCATTATTTCCTGGTTGGTAGGGTCATAtc > 1:797519/1‑140 (MQ=255)
agaCCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCATTATTTCCTGGTTGGTAGGGTCATAtc > 1:2146681/1‑140 (MQ=255)
agaCCGCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCATTATTTCCTGGTTGGTAGGGTCATAtc > 1:1398700/1‑140 (MQ=255)
gCCAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCATTATTTCCTGGTTGGTAGGGTCATATCTCGAt < 2:235913/140‑1 (MQ=255)
cAACCGCGCTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCATTATTTCCTGGTTGGTAGGGTc < 2:2300478/128‑1 (MQ=255)
|
TTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCATTATTTCCTGGTTGGTAGGGTCATATCTCGATGCTCT > NC_000913/2765277‑2765549
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
