Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F28 I1 R1
|
124 |
90.1 |
3003320 |
99.2% |
2979293 |
139.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,767,507 |
(C)7→8 |
intergenic (+152/‑203) |
rnlB → / → yfjP |
CP4‑57 prophage; antitoxin RnlB/CP4‑57 prophage; putative GTP‑binding protein YfjP |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,767,500 | 1 | . | C | 97.4%
| 278.2
/ ‑0.1
| 77 | intergenic (+145/‑210) | rnlB/yfjP | CP4‑57 prophage; antitoxin RnlB/CP4‑57 prophage; putative GTP‑binding protein YfjP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base C (40/35); total (42/35) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.90e-01 |
CTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTT‑‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTATGTGCATTGAAAAAATCTTCAGATAGATATCA > NC_000913/2767363‑2767634
|
ctttctAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTT‑‑c‑c < 1:492514/140‑1 (MQ=255)
ttctAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTT‑‑c‑ccc < 2:815102/140‑1 (MQ=255)
ttctAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTT‑‑c‑ccc < 1:963918/140‑1 (MQ=255)
ttctAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTT‑‑c‑ccc < 1:744065/140‑1 (MQ=255)
gatccAGTAGAGACTACACCCTTTTGCCATGGTATTATCTTGTCTAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCTCATCGTCCTGCAGAGGGTGCACGTTTTTCCCTGTGCACCCTTGGCTAACTTT‑‑C‑CCCC‑C‑Ccttta < 2:246369/137‑3 (MQ=255)
gAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTT‑‑C‑CCCC‑C‑Ccttta > 2:1212212/1‑138 (MQ=255)
aCCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTT‑‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAAc > 2:310302/1‑140 (MQ=255)
cAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACt < 1:396550/140‑1 (MQ=255)
gCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTACCCCCCCCTCAAAACGTCCTGCATAGGGAACACGTGTT‑CCCTGTGCACCCACGACTAGATTTC‑C‑CCCC‑C‑CCTTACACTTCTCAATAATGTCa > 2:144573/1‑140 (MQ=255)
gCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACATCGCCCTGCACAGGCAACTCTTATTGGGCTTTGCTTTCGCGACTAACTTT‑‑C‑CCCCAC‑CTCTAAAATTCTCAACAATGtt > 2:130893/1‑139 (MQ=255)
gCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCTACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCCATAATGTc > 1:1350344/1‑140 (MQ=255)
gCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTc > 2:717392/1‑140 (MQ=255)
gCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCAAAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATATc > 2:204481/1‑140 (MQ=255)
cATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTc < 2:842364/140‑1 (MQ=255)
tGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTg < 1:343121/140‑1 (MQ=255)
gATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTgg < 2:935447/140‑1 (MQ=255)
atatTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTTTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCCCCTTTCTGGa > 2:112830/1‑140 (MQ=255)
atatTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGa > 2:1053992/1‑140 (MQ=255)
ttGTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTat < 1:1212212/140‑1 (MQ=255)
tGTCCAATATGATCAAATAGCATTTACCCCACATCACTACGTCCCGCATAGGGAATACGATTTCCTCTTTGCACACACGGGTAAATTT‑‑CTCCCC‑C‑CTTTAAATTACTCGTAAATGTCATCAATGTTCTGCAAATcgtctg > 2:126375/1‑135 (MQ=255)
gTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTatga > 2:525729/1‑140 (MQ=255)
tCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTatgat > 1:1062897/1‑140 (MQ=255)
tCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTatgat > 2:1116087/1‑140 (MQ=255)
tCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTatgat < 1:48119/140‑1 (MQ=255)
tCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTatgat > 2:2129/1‑140 (MQ=255)
tCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTatgat > 2:656234/1‑140 (MQ=255)
tatGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCtt < 1:235189/140‑1 (MQ=255)
tatGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCtt < 1:1107896/140‑1 (MQ=255)
tatGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCtt < 1:729857/140‑1 (MQ=255)
aTCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTccc > 2:366235/1‑140 (MQ=255)
tCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAACCTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCg > 2:124689/1‑140 (MQ=255)
tCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCg > 2:310277/1‑140 (MQ=255)
ccAAAGAGCATTAAGCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAGCTCGTTTTCCCCTGTCCACCCGCGACTAAATTT‑‑C‑CCCC‑CGCCTTAAACATCTCAATAATGTCACCAATATTCTTGAAATTCTATGACGCCTTTCCCg < 2:1236147/139‑1 (MQ=255)
tAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTaaa > 1:710813/1‑140 (MQ=255)
cATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATgg > 2:1361642/1‑140 (MQ=255)
aTTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGt > 1:504352/1‑140 (MQ=255)
aCCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCtg > 2:902712/1‑140 (MQ=255)
cccccccTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCtgt > 2:1146929/1‑140 (MQ=255)
ccccTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAg < 2:203898/140‑1 (MQ=255)
cccTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGt > 2:142998/1‑140 (MQ=255)
ccTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGtt < 1:717392/140‑1 (MQ=255)
aaCGTCCAGCATAGGGAACACGGTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTTTTAATAATGTCACCAATTTTCTCTAAATCCGATGATGCCATTCCCGGTAAATGTTGCTGTGAGGTCACaaa > 2:162899/1‑140 (MQ=255)
aCGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAg < 1:585361/140‑1 (MQ=255)
gTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGAt < 2:980849/140‑1 (MQ=255)
tCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCCCCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGAtt < 2:235151/140‑1 (MQ=255)
tCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGAtt > 1:749047/1‑140 (MQ=255)
ccTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCCCCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGGGCTGTGAGTTCAGAAAGATTc > 2:602599/1‑140 (MQ=255)
ccTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTc > 1:834284/1‑140 (MQ=255)
ccTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTc < 1:656234/140‑1 (MQ=255)
tGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTg < 1:1053992/140‑1 (MQ=255)
tGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTg < 1:155380/140‑1 (MQ=255)
tGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTg > 1:553507/1‑140 (MQ=255)
tGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTg < 1:366235/140‑1 (MQ=255)
tGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTg > 1:335138/1‑140 (MQ=255)
tGCATAGGGAACACGTTTCCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTg < 2:283924/140‑1 (MQ=255)
gCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGc < 1:310277/140‑1 (MQ=255)
gCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGc > 1:285671/1‑140 (MQ=255)
gCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGc < 1:126375/140‑1 (MQ=255)
gCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGc < 1:112830/140‑1 (MQ=255)
aTAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCaa < 2:1062897/140‑1 (MQ=255)
ggAACACGTTTTCCCCTGTGGACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCCCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTa > 2:985123/1‑140 (MQ=255)
ggAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTa > 2:936896/1‑140 (MQ=255)
ggAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTa > 1:1147158/1‑140 (MQ=255)
ggAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTa > 1:753307/1‑140 (MQ=255)
ggAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGGGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCtt > 1:326441/1‑139 (MQ=255)
acacGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTAtgt > 2:986754/1‑140 (MQ=255)
cacGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTAtgtg > 2:686667/1‑140 (MQ=255)
gcGTCTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTCCC‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAGTGTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTAtgtg < 2:264619/139‑1 (MQ=255)
acGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTATGTGc > 2:1003554/1‑140 (MQ=255)
acGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTATGTGc > 1:70936/1‑140 (MQ=255)
ttCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTACCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTATGTGCATTGa > 1:875462/1‑140 (MQ=255)
cccccTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTATGTGCATTGaa > 1:1465056/2‑140 (MQ=255)
ccTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTATGTGCATTGaaaaa < 1:182538/140‑1 (MQ=255)
ccTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTATGTGCATTGaaaaa < 1:402813/140‑1 (MQ=255)
cTGTGCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTATGTGCATTGaaaaaa > 1:1070223/1‑140 (MQ=255)
tgtgCACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTATGTGCATTGAAAAAAt < 1:107773/140‑1 (MQ=255)
cACCCACGACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTATGTGCATTGAAAAAATCTTc < 2:553507/140‑1 (MQ=255)
gACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTATGTGCATTGAAAAAATCTTCagataga < 2:718586/140‑1 (MQ=255)
gACTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTATGTGCATTGAAAAAATCTTCagataga < 2:285671/140‑1 (MQ=255)
aCTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTATGTGCATTGAAAAAATCTTCagatagat > 2:1080069/1‑140 (MQ=255)
aCTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTATGTGCATTGAAAAAATCTTCagatagat > 1:1414034/1‑140 (MQ=255)
cTAAATTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTATGTGCATTGAAAAAATCTTCAgatagata > 2:127424/1‑140 (MQ=255)
aaTTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTATGTGCATTGAAAAAATCTTCAGATAGATATCa < 1:525729/140‑1 (MQ=255)
aaTTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTATGTGCATTGAAAAAATCTTCAGATAGATATCa < 2:749047/140‑1 (MQ=255)
aaTTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTATGTGCATTGAAAAAATCTTCAGATAGATATCa < 1:30086/140‑1 (MQ=255)
aaTTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTATGTGCATTGAAAAAATCTTCAGATAGATATCa < 1:130893/140‑1 (MQ=255)
aaTTTC‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTATGTGCATTGAAAAAATCTTCAGATAGATATCa < 1:1146929/140‑1 (MQ=255)
|
CTTTCTAAACGAACCAGTATAGAATTCGCCCTTTTGGCATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCCCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTT‑‑C‑CCCC‑C‑CTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTGCAATCTATGTGCATTGAAAAAATCTTCAGATAGATATCA > NC_000913/2767363‑2767634
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
