Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F28 I1 R1
|
134 |
60.5 |
2175152 |
94.0% |
2044642 |
138.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
455,159 |
A→G |
Q9Q (CAA→CAG) |
tig → |
trigger factor |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 455,159 | 0 | A | G | 100.0%
| 217.6
/ NA
| 61 | Q9Q (CAA→CAG) | tig | trigger factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (31/30); total (31/30) |
GGTAACAGGGAATGTGATTGATTATAAGAACATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAAGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAGCTGGTCAACGTTGCGAAAAAAGTACGTATTGACGGCTTCCGCAAAGGCAAAGTGCCAATGAATAT > NC_000913/455023‑455290
|
ggTAACAGGGAATGTGATTGATTATAAGAACATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGc > 1:703544/1‑140 (MQ=255)
gTAACAGGGAATGTGATTGATTATAAGAACATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGcc > 1:699918/1‑140 (MQ=255)
cAGGGAATGTGATTGATTATAAGAACATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTgg < 2:699918/140‑1 (MQ=255)
aGGGAATGTGATTGATTATAAGAACATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGgc < 2:314263/140‑1 (MQ=255)
aGGGAATGTGATTGATTATAAGAACATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGgc < 2:353899/140‑1 (MQ=255)
aGGGAATGTGATTGATTATAAGAACATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGgc > 1:353899/1‑140 (MQ=255)
aGGGAATGTGATTGATTATAAGAACATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGgc > 2:794221/1‑140 (MQ=255)
ggAATGTGATTGATTATAAGAACATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGgccg < 1:794221/140‑1 (MQ=255)
ggAATGTGATTGATTATAAGAACATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGgccg < 2:602952/140‑1 (MQ=255)
ggAATGTGATTGATTATAAGAACATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGgccg < 1:479381/140‑1 (MQ=255)
aTGTGATTGATTATAAGAACATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGccgccg > 2:632210/1‑140 (MQ=255)
tgattgatTATAAGAACATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGCTTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCgtgt < 2:970393/140‑1 (MQ=255)
tgattgatTATAAGAACATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCgtgt < 2:138218/140‑1 (MQ=255)
gattgattATAAGAACATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTa < 1:913468/140‑1 (MQ=255)
attgattATAAGAACATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGgcc < 1:390802/131‑1 (MQ=255)
attgattATAAGAACATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGgcc > 2:390802/1‑131 (MQ=255)
tgattATAAGAACATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTaa < 2:574938/138‑1 (MQ=255)
tgattATAAGAACATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTaa > 1:574938/1‑138 (MQ=255)
attATAAGAACATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGAt > 1:582359/1‑140 (MQ=255)
taataaCATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACt > 1:418872/5‑140 (MQ=255)
taAGAACATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACt > 2:192849/1‑140 (MQ=255)
aataaCATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTa < 2:418872/137‑1 (MQ=255)
aaGAACATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTa < 1:192849/140‑1 (MQ=255)
gAACATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATc < 2:582359/140‑1 (MQ=255)
cATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCgct < 1:366612/140‑1 (MQ=255)
cATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCgct > 2:369892/1‑140 (MQ=255)
cATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACAACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGAt < 1:400079/130‑1 (MQ=255)
cATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACAACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGAt > 2:400079/1‑130 (MQ=255)
cGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCgctgc > 1:81486/1‑137 (MQ=255)
cGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCgctgc < 2:81486/137‑1 (MQ=255)
ggTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGAc < 2:703544/140‑1 (MQ=255)
cgAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCg > 2:1016215/1‑140 (MQ=255)
cgAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCg > 1:358032/1‑140 (MQ=255)
cgAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCg > 1:413585/1‑140 (MQ=255)
aacaacCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGc < 1:1016215/140‑1 (MQ=255)
cTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCg < 2:774283/140‑1 (MQ=255)
tGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAg > 2:2710/1‑140 (MQ=255)
tGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAg < 2:413585/140‑1 (MQ=255)
gCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAGc > 2:381816/1‑140 (MQ=255)
cGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCg > 2:142777/1‑136 (MQ=255)
cGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCg < 1:142777/136‑1 (MQ=255)
ttGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAGCTGGTCAACGTTg > 1:83693/1‑140 (MQ=255)
gACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAGCTGGTCAACGTTGCg > 2:26335/1‑140 (MQ=255)
ccGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAGCTGGTCAACGTTGCGaa > 2:811829/1‑140 (MQ=255)
cGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAGCTGGTCAACGTTGCGaaa < 2:83693/140‑1 (MQ=255)
gCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAGCTGGTCAACGTTGCGaaaaaa > 2:547582/1‑140 (MQ=255)
cACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAGCTGGTCAACGTTGCGAAAAAAg < 1:547582/140‑1 (MQ=255)
cTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAGCTGGTCAACGTTGCGAAAAAAGTa > 2:240754/1‑140 (MQ=255)
tgtgATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAGCTGGTCAACGTTGCGAAAAAAGTAc < 1:573935/140‑1 (MQ=255)
gtgATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAGCTGGTCAACGTTGCGAAAAAAGTACg < 1:811829/140‑1 (MQ=255)
tGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAGCTGGTCAACGTTGCGAAAAAAGTACGTATTGACgg > 1:765403/1‑140 (MQ=255)
aGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAGCTGGTCAACGTTGCGAAAAAAGTACGTATTGACGGCt > 2:90147/1‑140 (MQ=255)
aTGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAGCTGGTCAACGTTGCGAAAAAAGTACGTATTGACGGCTTCCgcaaagg > 1:785685/1‑140 (MQ=255)
gCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAGCTGGTCAACGTTGCGAAAAAAGTACGTATTGACGGCTTCCgcaaaggca > 2:364972/1‑140 (MQ=255)
tttCGGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAGCTGGTCAACGTTGCGAAAAAAGTACGTATTGACGGCTTCCGCAAAGGCAAAGTg > 2:443658/1‑140 (MQ=255)
tttCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAGCTGGTCAACGTTGCGAAAAAAGTACGTATTGACGGCTTCCGCAAAGGCAAAGTg < 1:48706/140‑1 (MQ=255)
tttCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAGCTGGTCAACGTTGCGAAAAAAGTACGTATTGACGGCTTCCGCAAAGGCAAAGTg < 1:868312/140‑1 (MQ=255)
tCAGTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAGCTGGTCAACGTTGCGAAAAAAGTACGTATTGACGGCTTCCGCAAAGGCAAAGTGcc > 1:561611/1‑140 (MQ=255)
cAGTTGAAACCACTCGGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAGCTGGTCAACGTTGCGAAAAAAGTACGTATTGACGGCTTCCGCAAAGGCAAAGTGCCa < 1:743778/140‑1 (MQ=255)
gTTGAAACCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAGCTGGTCAACGTTGCGAAAAAAGTACGTATTGACGGCTTCCGCAAAGGCAAAGTGCCAAt < 1:369892/140‑1 (MQ=255)
aCCACTCAGGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAGCTGGTCAACGTTGCGAAAAAAGTACGTATTGACGGCTTCCGCAAAGGCAAAGTGCCAATGAatat > 1:123358/1‑140 (MQ=255)
|
GGTAACAGGGAATGTGATTGATTATAAGAACATCCCGGTTCCGCGAAGCCAACAACCTGTGCTTGCGGGGTAAGAGTTGACCGAGCACTGTGATTTTTTGAGGTAACAAGATGCAAGTTTCAGTTGAAACCACTCAAGGCCTTGGCCGCCGTGTAACGATTACTATCGCTGCTGACAGCATCGAGACCGCTGTTAAAAGCGAGCTGGTCAACGTTGCGAAAAAAGTACGTATTGACGGCTTCCGCAAAGGCAAAGTGCCAATGAATAT > NC_000913/455023‑455290
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A