Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F28 I1 R1
|
140 |
77.1 |
2730754 |
94.9% |
2591485 |
138.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,544,435 |
T→C |
pseudogene (285/336 nt) |
yddJ ← |
uncharacterized protein YddJ |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,544,435 | 0 | T | C | 100.0%
| 318.7
/ NA
| 89 | pseudogene (285/336 nt) | yddJ | uncharacterized protein YddJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (36/53); total (36/53) |
CTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGTTTTTAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATG > NC_000913/1544299‑1544568
|
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ttCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCct < 1:1321790/140‑1 (MQ=255)
ttCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCct < 2:1233389/140‑1 (MQ=255)
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aaaGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGc > 2:908448/1‑134 (MQ=255)
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aCATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTaataat > 1:384807/1‑140 (MQ=255)
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ttAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGtta < 2:220779/140‑1 (MQ=255)
tAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGttat < 2:384807/140‑1 (MQ=255)
tAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGttat > 2:561374/1‑140 (MQ=255)
tAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGttat > 1:636920/1‑140 (MQ=255)
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aaCTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGttatt < 2:242407/140‑1 (MQ=255)
aaCTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGttatt < 2:1283033/140‑1 (MQ=255)
aCTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCg < 2:547853/134‑1 (MQ=255)
aCTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCg > 1:547853/1‑134 (MQ=255)
cTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTAc < 2:391121/140‑1 (MQ=255)
tataTTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACa > 1:524099/1‑140 (MQ=255)
atatTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGtta < 2:1331449/134‑1 (MQ=255)
atatTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGtta > 1:1331449/1‑134 (MQ=255)
tattatCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGtta > 2:1304226/1‑133 (MQ=255)
tattatCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGtta < 1:1304226/133‑1 (MQ=255)
tattatCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACagt < 2:282706/140‑1 (MQ=255)
tattatCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACagt > 2:158387/1‑140 (MQ=255)
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acaaGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTg > 2:47279/1‑140 (MQ=255)
aaGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGtt > 1:110844/1‑140 (MQ=255)
gACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTAt < 1:497814/134‑1 (MQ=255)
gACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTAt > 2:497814/1‑134 (MQ=255)
gACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTa > 1:1315270/1‑140 (MQ=255)
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tataGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAg > 1:967180/1‑140 (MQ=255)
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aGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGttt > 2:1143217/1‑140 (MQ=255)
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aaaaGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGTTTTTAACTTTTATATTCATCt > 1:333457/1‑140 (MQ=255)
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gaggaAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGTTTTTAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCctc < 1:1104461/140‑1 (MQ=255)
gaggaAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGTTTTTAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCctc < 1:158387/140‑1 (MQ=255)
ggaAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGTTTTTAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTg < 1:323586/140‑1 (MQ=255)
ggaAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGTTTTTAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTg < 1:1115019/140‑1 (MQ=255)
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tGTCCAGAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGTTTTTAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAgtg < 2:1200856/140‑1 (MQ=255)
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gAAGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGTTTTTAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGtata < 2:1315270/140‑1 (MQ=255)
aGGTCTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGGAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGTTTTTAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGtatatt > 1:616095/1‑140 (MQ=255)
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cTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGTTTTTAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGtatattatat < 1:256872/140‑1 (MQ=255)
cTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGTTTTTAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGtatattatat > 2:881310/1‑140 (MQ=255)
cTATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGTTTTTAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGtatattatat > 1:1051411/1‑140 (MQ=255)
tATCGGCTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGTTTTTAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATg < 2:1039414/140‑1 (MQ=255)
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CTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGTTTTTAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATG > NC_000913/1544299‑1544568
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
